|
|
|
||
|
Student bude provedený základní klasifikací cytometrických metod s jejich historickým kontextem. Technologické výhody a nevýhody jednotlivých vývojových směrů cytometrie budou dokumentované na aplikacích ve více oborech: imunologii, reprodukční biologii, botanice, mikrobiologii, protistologii, hydrobiologii, molekulární biologii, genetice a biomedicíně obecně.
Součástí je i práce s daty a praktická cvičení ve 4 tematických celcích: - analýza dat (základní) - návrh experimentu - příprava vzorku a měření multiparametrických dat - reportování a analýza dat (pokročilá) Aplikační využití cytometrie zahrnuje široké vědecké postupy a experimenty: analýzu a třídění různých velikostí částic od submikronových (chromozomů, bakterií, organel a vesiklů) přes buňky do velikosti stovek mikronů, ale i celých organismů až do velikosti 1mm. Analýza se neomezuje pouze na statické jednoparametrické "screeningové" experimenty, ale hlavní síla cytometrie je v multiparametrické analýze heterogenních vzorků a jejich funkčních vlastností. S objevem nových fluorochromů, včetně různých variant fluorescenčních proteinů, dnes můžeme studovat funkční projevy buněk až na úrovni protein-protein interakcí. Proto se stala cytometrie jedním ze stavebních bloků systémové biologie a umožňuje nám měřit desítky parametrů na miliónech buněk současně. Technologie cytometrie i vlastní cytometrická data jsou velmi komplexní, plně standardizovaná a umožňují nám použití robustních statistických metod pro jejich analýzu. Součástí předmětu je proto praktická ukázka a detailní procvičení analýzy dat. Důraz je kladený hlavně na klasickou fluorescenční průtokovou cytometrii. Další varianty cytometrie, včetně hmotnostní a obrazové, budou probírané, ale nebudou předmětem vlastních praktických cvičení. Absolventi budou mít po složení zápočtu a zkoušky: - znalost principů jednotlivých směrů cytometrie - znalost o funkci přístrojů a souvisejícím využití vhodných fluorochromů a prób - znalost o stávajících aplikacích průtokové cytometrie v širokém spektru vědních oborů - schopnost posoudit vhodnost zvolené metody při řešení konkrétního problému - schopnost analyzovat a interpretovat výsledky získané průtokovou cytometrií - schopnost kriticky hodnotit kvalitu cytometrických dat ve vědeckých publikacích Poslední úprava: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (23.09.2024)
|
|
||
|
Pro začátečníky: Pro pokročilé: Metodické učebnice a návody: Cytometrie v kostce: Youtube kanál v češtině https://www.youtube.com/channel/UC04XHayL2NcUVEjzh11odzA?sub_confirmation=1 Poslední úprava: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (23.09.2024)
|
|
||
|
Výuka probíhá prezenčně. Zápočet se skládá z: Zkouška: Studenti mají na výběr ze dvou variant hodnocení studia, přičemž přechod z Varianty 1 na Variantu 2 je možný: Varianta 1 - Průběžné hodnocení: Kontrola studia bude probíhat průběžně během semestru, a to formou krátkých dílčích testů zadávaných ke každé lekci. Jejich vypracování bude možné vždy v týdnu následujícím po dané lekci. Studenti budou moci k vypracování dílčího testu použít všechny dostupné materiály. Pro vypracování dílčího testu bude k dispozici pouze jeden pokus ve stanoveném časovém limitu. Na závěr semestru bude zařazen 1 test průřezový (9.1.2025). Výsledné hodnocení bude studentovi zapsáno pouze za předpokladu, že se v SIS přihlásí k předtermínu zkoušky, který bude pro forma vypsán na 9. ledna 2025. Pokud se student k tomuto termínu v SIS nepřihlásí, nebude mu výsledné hodnocení na základě průběžného hodnocení do SIS zapsáno. Varianta 2 - Závěrečná zkouška: V souladu se SZŘ budou během zkouškového období vypsány tři termíny zkoušky. Zkouška proběhne formou písemného testu, při němž studenti nesmí nahlížet do žádných materiálů. Test bude zahrnovat otázky typu „multiple-answer“, kdy správně či chybně může být nula až všechny možnosti. Část otázek bude zaměřená na krátké slovní odpovědi. K úspěšnému složení zkoušky je nutné získat ve zkouškovém testu minimálně 60 % bodů. Výsledné hodnocení bude stanoveno následovně: výborně = 90-100 %, velmi dobře = 71-89 %, dobře = 60-70 %, neprospěl = 0-59 %. Do výsledného hodnocení se NEZAPOČÍTÁVAJÍ body z dílčích testů a z průřezového testu. V případě nerozhodného výsledku, pochybností nebo při odůvodněné žádosti bude následovat ústní část zkoušky. Poslední úprava: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (23.09.2024)
|
|
||
|
Témata: 1. Jak funguje cytometr - fluidika, optika, elektronika 2. Fluorescence a kompenzace přesvitů, design vícebarevného panelu 3. Příprava vzorku, nastavení cytometru 4. Analýza DNA - obsah DNA, viabilita, buněcný cyklus, proliferace 5. Imunofenotypizace - studium Ag-specifických T lymfocytů 6. Buněčná smrt a apoptóza 7. Cytometrie v klinické diagnostice 8. Další zajímavé aplikace 9. Buněčný sorting 10. Obrazová cytometrie 11.-13. Projekty, prezentace, procvičování Základní struktura každé lekce: Přivítání - teorie - design experimentu - analýza dat - možnosti uplatnění v reálném životě - shrnutí. Poslední úprava: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (01.10.2024)
|