Základy praktické bioinformatiky - GDXP09

• Anglický název: Introduction to applied bioinformatics
• Zajišťuje: Katedra biochemických věd (16-16160)
• Fakulta: Farmaceutická fakulta v Hradci Králové
• Platnost: od 2019
• Semestr: oba
• Body: 0
• E-Kredity: 0
• Způsob provedení zkoušky: ústní
• Rozsah, examinace: 0/0, Zk [HT]
• Počet míst: zimní:neurčen / neurčen (neurčen); letní:neurčen / neurčen (neurčen)
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Způsob výuky: prezenční
• Poznámka: předmět je určen pouze pro doktorandy; předmět lze zapsat v ZS i LS
• Garant: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D.
• Záměnnost : GDPX09
• Je záměnnost pro: GDPX09

Anotace

čeština

Bioinformatika je mezioborová disciplína zabývající se ukládáním, tříděním, analýzou a interpretací souborů biologických dat. V rámci předmětu Základy praktické bioinformatiky se studenti dozvědí o možnostech využití dostupných bioinformatických databází a programů. Prakticky se studenti naučí vyhledávat informace a sekvenční data a seznámí se s možnostmi jejich využití. Tento předmět je založen hlavně na praktické práci u počítače a samostatném vyzkoušení různých webových aplikací. Probíraná témata zahrnují: vyhledávání literatury, databáze proteinových a nukleotidových sekvencí, porovnávání sekvencí a analýza jejich vlastností, hledání podobných sekvencí, restrikční analýza, návrh primerů, specializované databáze atd.

Poslední úprava: Matoušková Petra, doc. Ing., Ph.D. (25.03.2025)

angličtina

Bioinformatics is an interdisciplinary field of science dealing with the storage, classification, analysis, and interpretation of biological data. In the subject Introduction to Applied Bioinformatics, students learn about possibilities of how to find and use bioinformatics databases and tools. This subject is focused mainly on practical usage and training of various web-based programs and software tools. Topics include scientific literature search, protein and nucleotide sequences databases, sequences comparison and their feature analysis, restriction analysis, primer design, specialized databases, etc.

Poslední úprava: Matoušková Petra, doc. Ing., Ph.D. (25.03.2025)

Podmínky zakončení předmětu

čeština

"Písemná" zkouška u počítače. Praktické splnění zadaných úkolů.

Poslední úprava: Matoušková Petra, doc. Ing., Ph.D. (25.03.2025)

angličtina

Practical test by computer of practical knowledge of the subject with the possibility to use gained materials.

Poslední úprava: Matoušková Petra, doc. Ing., Ph.D. (25.03.2025)

Literatura

čeština

Doporučená:

• null. . In Selzer, Paul M. Marhöfer, Richard J., Koch, Oliver (eds.). Applied bioinformatics : an introduction . New York, NY: Springer Berlin Heidelberg, 2018, s. -. ISBN 978-3-319-68299-0..

Poslední úprava: Matoušková Petra, doc. Ing., Ph.D. (25.03.2025)

angličtina

Recommended:

• null. . In Selzer, Paul M. Marhöfer, Richard J., Koch, Oliver (eds.). Applied bioinformatics : an introduction . New York, NY: Springer Berlin Heidelberg, 2018, s. -. ISBN 978-3-319-68299-0..

Poslední úprava: Matoušková Petra, doc. Ing., Ph.D. (25.03.2025)

Sylabus

čeština

1. Možnosti vyhledávání dostupné literatury

UKAŽ, Pubmed, Web of Science, Scopus

citační programy (Web EndNote, EndNote, Mendeley)

impakt faktor, H-index, predátorské časopisy

2.-4. Proteiny

proteinové databáze a vyhledávání sekvencí

formáty sekvencí a manipulace se sekvencemi

vlastnosti sekvencí, predikce domén a transmembránových úseků

porovnávání sekvencí, párové, mnohonásobné, vyhledání podobných sekvencí (BLAST), konstrukce fylogenetických stromů

5.-9. Nukleové kyseliny

databáze DNA sekvencí

analýza nukleotidové sekvence, vyhledání polymorfismů, restrikční analýza, klonování in silico

návrh primerů pro různé aplikace (qPCR, mutageneze)

hledání a identifikace genů, analýza „neznámých“ sekvencí, identifikace otevřeného čtecího rámce

10. Specializované databáze - Expression Atlas, Enzyme apod.

Poslední úprava: Matoušková Petra, doc. Ing., Ph.D. (25.03.2025)

angličtina

1. Literature Search Options

UKAŽ, PubMed, Web of Science, Scopus

Citation management software (Web EndNote, EndNote, Mendeley)

Impact factor, H-index, predatory journals

2–4. Proteins

Protein databases and sequence search

Sequence formats and sequence manipulation

Sequence properties, domain prediction, and transmembrane region prediction

Sequence comparison: pairwise and multiple alignment, similarity search (BLAST), phylogenetic tree construction

5–9. Nucleic Acids

DNA sequence databases

Nucleotide sequence analysis: polymorphism detection, restriction analysis, in silico cloning

Primer design for various applications (qPCR, mutagenesis)

Gene search and identification, analysis of "unknown" sequences, open reading frame (ORF) identification

10. Specialized Databases

Expression Atlas, Enzyme, and others

Poslední úprava: Matoušková Petra, doc. Ing., Ph.D. (25.03.2025)