Spatiotemporal modeling and simulation of biological systems - MB151P115E

• Anglický název: Spatiotemporal modeling and simulation of biological systems
• Český název: Časoprostorové modelování a simulace biologických systémů
• Zajišťuje: Katedra buněčné biologie (31-151)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2024
• Semestr: letní
• E-Kredity: 4
• Způsob provedení zkoušky: letní s.:kombinovaná
• Rozsah, examinace: letní s.:1/0, Zk [TS]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: angličtina
• Poznámka: povolen pro zápis po webu; při zápisu přednost, je-li ve stud. plánu
• Garant: prof. Ivo Sbalzarini, Ph.D.

Anotace

čeština

Modelování biologických systémů se stává stále populárnějším a důležitějším nástrojem k porozumění biologických mechanizmů. Souhra mezi experimentem, teorií a simulacemi poskytuje vhled do dynamického chování komplexních mnohasložkových biologických systémů, které nemohou být snadno uchopeny tradičními vědeckými přístupy. Výpočetní přístupy tvoří jádro modelování a simulací biologických systémů. Kurz se zaměřuje na modelování technik časově rozlišených systémů. Studenti se naučí brát v potaz geometrii systémů a transport v prostoru. Po opakování základní matematiky a fyziky se studenti naučí modelovat procesy jako difuze či tok a simulovat je na poočítači.

Poslední úprava: Novotný Marian, Mgr., Ph.D. (26.03.2018)

angličtina

Modeling of biological systems is becoming an increasingly popular and important tool for understanding biological mechanisms. The interplay between experiment, theory and simulation provides insight into the dynamic behavior of complex multicomponent biological systems that cannot be easily grasped by traditional scientific approaches. Computational approaches form the core of modeling and simulation of biological systems. The course focuses on modeling of time resolved systems techniques. Students will learn to consider the geometry of systems and transport in space. After repeating basic mathematics and physics, students learn to model processes such as diffusion or flow and simulate them on a computer.

Poslední úprava: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (24.10.2019)

Literatura

čeština

I. F. Sbalzarini, Spatiotemporal Modeling and Simulations. Lecture Notes, 2015.

 

I. F. Sbalzarini. Modeling and simulation of biological systems from image data. Bioessays, 35(5):482–490, 2013.

Poslední úprava: Novotný Marian, Mgr., Ph.D. (26.03.2018)

angličtina

I. F. Sbalzarini, Spatiotemporal Modeling and Simulations. Lecture Notes, 2015.

 

I. F. Sbalzarini. Modeling and simulation of biological systems from image data. Bioessays, 35(5):482–490, 2013.

Poslední úprava: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (24.10.2019)

Požadavky ke zkoušce

čeština

Budou prověřovány praktické i teoretické znalosti získané v kurzu.

Poslední úprava: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (24.10.2019)

angličtina

Practical and theoretical knowledge acquired in the course will be tested.

Poslední úprava: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (24.10.2019)

Sylabus

čeština

Pokryté oblasti:

i)               analýza prostorovosti

ii)             příčinové diagramy

iii)            vektorová pole

iv)            částicové metody

v)             rovnice difuze a toku

vi)            hybridní metody počítačové simulace

Nedílnou součástí kurzu je studentský projekt zaměřující se na simulaci skutečného biologického systému.

Poslední úprava: Novotný Marian, Mgr., Ph.D. (26.03.2018)

angličtina

Areas covered:

(i) spatial analysis

(ii) cause diagrams

(iii) vector field

(iv) particle methods

v) diffusion and flow equations

(vi) hybrid methods of computer simulation

An integral part of the course is a student project aimed at simulating a real biological system.

Poslední úprava: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (24.10.2019)

Vstupní požadavky

čeština

Tento kurz je vyučován v angličtině.

Poslední úprava: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (24.10.2019)

angličtina

This course is taught in English.

Poslední úprava: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (24.10.2019)