Biological imaging and image analysis - MB151P114E

• Anglický název: Biological imaging and image analysis
• Český název: Biologické zobrazování a analýza obrazu
• Zajišťuje: Katedra buněčné biologie (31-151)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2023
• Semestr: letní
• E-Kredity: 6
• Způsob provedení zkoušky: letní s.:kombinovaná
• Rozsah, examinace: letní s.:1/1, Zk [TS]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: angličtina
• Garant: Mgr. Pavel Tomančák, Ph.D.

Anotace

čeština

Většina primárních dat v biologii pochází z mikroskopických obrázků. K získání smysluplných informací z mikroskopických dat je nezbytné použít výpočetní nástroje a to jednak k odstranění šumu a subjektivních chyb, tak vzhledem k množství a dostupnosti mikroskopických dat, které neumožňuje manuální inspekci a vyžaduje tvorbu automatických procesů pro analýzu dat.

Poslední úprava: Novotný Marian, Mgr., Ph.D. (26.03.2018)

angličtina

Most of the primary data in biology comes from microscopic images. To obtain meaningful information from microscopic data, it is necessary to use computational tools both to eliminate noise and subjective errors, and because of the amount and availability of microscopic data, which does not allow manual inspection and requires the creation of automatic data analysis processes.

Poslední úprava: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (24.10.2019)

Literatura

čeština

James Pawley "Handbook of Biological Confocal Microscopy" Springer Verlag, ISBN 978-0-387-45524-2

Spencer Shorte and Friedrich Frischknecht "Imaging Cellular and Molecular Biological Functions" Springer Verlag, ISBN 978-3-540-71331-9

Special issue of Nature Methods "Focus on Bioimage Informatics"

http://www.nature.com/nmeth/focus/bioimageinformatics/index.html

ImageJ User Guide http://imagej.nih.gov/ij/docs/guide/user-guide.pdf

Poslední úprava: Novotný Marian, Mgr., Ph.D. (26.03.2018)

angličtina

James Pawley "Handbook of Biological Confocal Microscopy" Springer Verlag, ISBN 978-0-387-45524-2

Spencer Shorte and Friedrich Frischknecht "Imaging Cellular and Molecular Biological Functions" Springer Verlag, ISBN 978-3-540-71331-9

Special issue of Nature Methods "Focus on Bioimage Informatics"

http://www.nature.com/nmeth/focus/bioimageinformatics/index.html

ImageJ User Guide http://imagej.nih.gov/ij/docs/guide/user-guide.pdf

Poslední úprava: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (24.10.2019)

Požadavky ke zkoušce

čeština

Budou prověřovány teoretické i praktické znalosti získané na kurzu.

Poslední úprava: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (24.10.2019)

angličtina

The theoretical and practical knowledge acquired in the course will be tested.

Poslední úprava: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (24.10.2019)

Sylabus

čeština

V předkládaném kurzu se studenti nejprve seznámí po teoretické i praktické stránce se širokým spektrem experimentálních mikroskopických technik a také s celým mikroskopickým procesem – od připravy mikroskopů, integrace mikroskopu a softwaru, přípravy vzorku, zobrazení a následnou analýzou obrazu. V druhé části budou představeny základní a mirně pokročilé techniky analýzy obrazu a studenti budou řešit skutečné biologické problémy za použití open source softwaru jako je Fiji. Ve výsledku studenti získají ucelený obrázek o analýze mikroskopického obrazu a snad se pro tuto slibnou oblast někteří i nadchnou natolik, že se pro ni rozhodnou ve své vědecké kariéře.

Poslední úprava: Novotný Marian, Mgr., Ph.D. (26.03.2018)

angličtina

In this course, students will first learn the theoretical and practical aspects of a wide range of experimental microscopic techniques and the whole microscopic process - from microscope preparation, microscope and software integration, sample preparation, imaging and subsequent image analysis. In the second part, basic and moderately advanced image analysis techniques will be presented and students will solve real biological problems using open source software such as Fiji. As a result, students will gain a comprehensive picture of microscopic image analysis, and perhaps some will be enthusiastic about this promising area so much that they decide to do so in their scientific career.

Poslední úprava: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (24.10.2019)

Vstupní požadavky

čeština

Tento kurz je vyučován v angličtině.

Poslední úprava: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (24.10.2019)

angličtina

This course is taught in English.

Poslední úprava: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (24.10.2019)