|
|
|
||
|
Předmět Praktická cvičení z mikrobiologie je navazujícím předmětem pro předmět Mikrobiologie. Důraz v tomto předmětu je primárně kladen na metodické přístupy volené v rámci mikrobiologických laboratoří. Student během studia tohoto předmětu získá přehled a praktické dovednosti ohledně metodik, které se váží jak k problematice farmaceutické mikrobiologie, tak i lékařské mikrobiologie. Cílem výuky je připravit studenty rozvíjet získané poznatky při dalším studiu a aplikovat je ve zdravotnické praxi.
Poslední úprava: Konečná Klára, RNDr., Ph.D. (14.02.2025)
|
|
||
|
Podmínky pro udělení zápočtu:
Poslední úprava: Konečná Klára, RNDr., Ph.D. (14.02.2025)
|
|
||
|
Povinná:
Doporučená:
Poslední úprava: Konečná Klára, RNDr., Ph.D. (14.02.2025)
|
|
||
|
- PPT prezentace, semináře - diskuse na dané téma - praktická cvičení - úvod do základních technik využívaných v mikrobiologické laboratoři Poslední úprava: Konečná Klára, RNDr., Ph.D. (14.02.2025)
|
|
||
|
Znalosti k problematice metodických přístupů volených v mikrobiologických laboratořích - problematika dezinfekce, sterilizace, mikrobiologické kontroly čistoty prostředí - mikroskopické techniky, nativní a barvený preparát, barvícíc techniky - kultivace, podmínky kultivace, typy kultivačních půd, využití kultivačních půd, očkování kultivačních půd - testování citlivosti mikroorganismů vůči antimikrobním látkám - laboratorní diagnostika gram-pozitivních, gram-negativních bakterií - laboratorní diagnostika mykotických agens - laboratorní diagnostika parazitárních agens - metody identifikace mikrobiálních původců Znalosti definované v rámci otázek dokumentů Výstupy učení Poslední úprava: Konečná Klára, RNDr., Ph.D. (14.02.2025)
|
|
||
|
Metodické přístupy v mikrobiologické laboratoři - dezinfekce, sterilizace, stěrové metody - mikroskopické techniky, nativní a barvený preparát, barvící techniky - kultivace, podmínky kultivace, typy kultivačních půd, využití kultivačních půd - testování citlivosti mikroorganismů vůči antimikrobním látkám - laboratorní diagnostika gram-pozitivních, gram-negativních bakterií - laboratorní diagnostika mykotických agens - laboratorní diagnostika parazitárních agens - metody identifikace mikrobiálních původců Poslední úprava: Konečná Klára, RNDr., Ph.D. (14.02.2025)
|
|
||
|
Studijní materiály | Intranet FAF (cuni.cz) Katedra biologických a lékařských věd | Intranet FAF (cuni.cz) Katedra biologických a lékařských věd | Intranet FAF (cuni.cz) Poslední úprava: Konečná Klára, RNDr., Ph.D. (14.02.2025)
|
|
||
|
Pracoviště: katedra Biologických a lékařských věd, Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové
Název předmětu (kurzu): GF397 Praktická cvičení z mikrobiologie (Farmacie, 2. ročník) Téma: Bezpečnost a ochrana zdraví při práci, dezinfekce, sterilizace, mikrobiologické laboratoře, odběry a typy biologického materiálu Sylabus – bezpečnostní opatření při práci v mikrobiologických laboratořích, ochranné pomůcky, laboratoře a jejich třídění dle BSL, laminární box, pojem dezinfekce a sterilizace, fyzikální sterilizace – horkovzdušný sterilizátor, autokláv, chemická sterilizace – etylenoxid, formaldehyd, předsterilizační příprava materiálu, kontrola sterilizace, typy vzorků pro mikrobiologické šetření, sterilní a nesterilní biologický materiál, pomůcky k odběru, transport materiálu, předávání výsledků Cíl výuky – Studenti by se měli seznámit s pojmy jako je sterilizace či dezinfekce. Měli by rozlišovat mezi přirozeně sterilním a nesterilním materiálem, měli by znát pojem BSL, či laminární box. V praktické části se seznámí s odečtem výsledků stěrové metody (studium mikrobiálního zatížení prostoru/povrchů), naučí se vyhodnocovat vliv dezinfekčního prostředku na kvasinkové agens, vyhodnotí správnost postupu dezinfekce rukou. Zadání pro znalosti: · Určete, zda je vhodné v rámci mikrobiologické laboratoře jíst, či pít. · Vyjmenujte alespoň tři ochranné pracovní pomůcky pro práci v mikrobiologické laboratoři. · Určete, co znamená zkratka BSL. Určete, jaký stupeň BSL laboratoří si klade nejvyšší nároky na technické zabezpečení a proč. Určete, zda je potřeba s běžnými nepatogenními agens pracovat v laboratořích BSL3 či BSL 4. · Vysvětlete, k čemu slouží dezinfekce, co je cílem dezinfekčního procesu. · Vysvětlete, co znamená pojem sterilizace, co je cílem sterilizace. · Uveďte, dle čeho se volí dezinfekce. · Uveďte způsoby fyzikální sterilizace. Určete, za jakých podmínek probíhá sterilizační cyklus v horkovzdušném sterilizátoru, za jakých podmínek v autoklávu. Vysvětlete principiální rozdíl mezi těmito dvěma sterilizačními přístupy. · Uveďte alespoň dva příklady chemické sterilizace. · Jmenujte alespoň pět různých klinických materiálu k mikrobiologickému šetření. · Určete, které biologické materiály patří mezi přirozeně sterilní, a které mezi přirozeně nesterilní.
Téma: Úvod do mikroskopických technik a barvení Sylabus – mikroskopie, mikroskopický průkaz, typy mikroskopie – ve světlém poli, temném poli, fázového kontrastu, fluorescenční mikroskopie, elektronová mikroskopie -TEM, SEM, suchý systém, imerzní systém, pracovní vzdálenost objektivu, rozlišení, numerická apertura, základní tvary a seskupení bakteriálních buněk, mikroskopické preparáty – nativní, barvené, orientační barvení, diagnostické barvení, barvení acidorezistentních bakterií a struktur, vizualizace pouzder, barvení dle Giemsy, barvení dle Wirtz-Conklina Cíl výuky – Studenti by se měli seznámit s mikroskopickými a barvícími technikami, které lze volit pro mikrobiologické šetření. Dále, by se měli seznámit s přípravou nativních preparátů a určení mikrobiálních kmenů barvených dle Grama. Zadání pro znalosti: · Uveďte, jaký je rozdíl mezi mikroskopií ve světlém (světelném) poli, mikroskopií v zástinu a mikroskopií fázového kontrastu – popište, jak se studovaný objekt jeví. · Určete, zda je mikroskopie fázového posunu vhodná (ideální) pro pozorování bakterií. · Určete, co je při přípravě preparátů pro fluorescenční mikroskopii vhodné použít, aby bylo možné zachytit světélkující objekt. · Určete, k čemu se využívá transmisní elektronová mikroskopie a k čemu rastrovací (skenovací) elektronová mikroskopie. Jmenujte typ elektronové mikroskopie, který poskytuje větší zvětšení. · Vysvětlete pojem suchý a imerzní systém. · Určete, jaký je vztah mezi hodnotou numerické apertury a pracovní vzdálenosti pro pozorování objektu. · Určete, jak se vyjadřuje celkové zvětšení při pozorování. · Jmenujte základní tvary a základní seskupení bakteriálních buněk. · Určete, k čemu slouží nativní preparát. · Jmenujte, zda mezi trvalé preparáty patří nativní či barvené preparáty. · Jmenujte možné způsob fixace mikrobiálních agens na sklíčko pro následnou přípravu barvených preparátů. · Rozhodněte, zda lze pohyb mikrobiálních agens sledovat v nativním, či fixovaném preparátu. · Určete rozdíl mezi orientačním a diagnostickým barvením. · Rozhodněte, zda je pro mikroskopické sledování bakterií nejvhodnější nativní preparát. Určete případně pro studium jakých mikrobiálních agens je tento typ preparátu vhodný. · Vysvětlete, na čem je založeno barvení dle Grama. Vysvětlete, proč se některé bakterie barví do modra (modrofialova), či do růžova (růžovo-červené barvy). · Určete, jakou barvu budou v mikroskopu mít Gram-pozitivní bakterie, a jakou Gram-negativní bakterie. · Jmenujte, pro barvení a následné pozorování jakých agens je volena technika barvení dle Ziehl-Neelsena. Určete, jak se barevně jeví acidorezistentní struktury. · Vysvětlete, proč není snadné mykobakterie barvit dle Grama, a jmenujte techniku barvení, kterou lze tato agens mikroskopicky vizualizovat. · Určete, k čemu slouží barvící technika dle Burriho. Určete, jakým způsobem odlišíme (jak se jeví) struktura, která je pomocí této barvící techniky vizualizována. · Jmenujte, v jakém mikrobiologickém oboru nachází nejvíce uplatnění barvící techniky dle Giemsy. · Jmenujte, co lze vizualizovat pro mikroskopické pozorování při volbě barvící techniky dle Wirtz-Conklina. · Určete, zda jsou běžně nativní preparáty pozorovány školním mikroskopem při celkovém zvětšení 1000X.
Téma: Kultivační průkaz infekčního agens – podmínky kultivace, druhy očkování, rozdělení kultivačních půd, druhy kultivace Sylabus – pojem kultivace, L. Pasteur, R. Koch, podmínky kultivace, nutrice, vhodné teploty pro kultivaci, pojmy: psychrofil, mezofil, termofil, role vody pro příjem nutrice, vhodné pH pro kultivaci, pojem: acidofil, role osmotického tlaku, pojem: halofil, halotoleratní bakterie, pozitivní a negativní redox potenciál, závislost na kyslíku, pojem: aerob, anaerob, fakultativní anaerob, mikroaerofil, očkování tuhých a tekutých půd, křížový roztěr, dělení půd dle složení, dělení půd dle konzistence, dělení půd dle účelu a použití, McConkey agar, Loewenstein-Jensen agar, chromogenní půdy, druhy kultivace – povrchová, submerzní, statická, dynamická, anaerobní kultivace, anaerostat, Fortnerova plotna, testování mikrobiální nezávadnosti přípravku, membránová filtrace, makroskopický popis kolonií, biochemické testy – KOH test, test na produkci katalázy, oxidázy. Cíl výuky – Studenti by měli být schopni vysvětlit principy kultivace, volbu vhodných podmínek pro kultivaci. Dále by měli být schopni popsat makroskopické znaky mikrobiálních kolonií, provést základní biochemické testy – vyhodnotit schopnost produkce katalázy, či oxidázy, rozlišit na základě KOH testu, zda je studovaný kmen Gram-pozitivní, či Gram-negativní. Zadání pro znalosti: · Vysvětlete pojem kultivace. · Jmenujte osobu, která jako první přišla s kultivací v tekutých půdách a osobu, která představila jako první kultivaci na tuhých půdách. · Určete, jaký zdroj uhlíku a energie primárně využívá většina patogenních mikroorganismů. · Uveďte teplotu vhodnou pro kultivaci patogenních bakterií. · Uveďte teplotu vhodnou pro kultivaci většiny patogenních plísní a kvasinek. · Vysvětlete pojem psychrofilní, mezofilní a termofilní mikroorgnaismus. · Určete, proč je vlhkost zásadní pro růst a množení mikroorganismů. · Určete optimální hodnotu pH pro většinu patogenních mikroorganismů. · Vysvětlete pojem acidofilní bakterie. · Vysvětlete pojem halofilní a halotolerantní mikroorganismus. · Určete vztah ke kyslíku u aerobní, anaerobní, fakultativně-anaerobní bakterie. · Jmenujte, jakým způsobem lze provést očkování tekuté půdy a očkování tuhé půdy. · Vysvětlete pojem křížový roztěr. Určete, k čemu se využívá. · Jmenujte, jak lze dělit půdy dle složení. · Jmenujte, jak lze dělit půdy dle konzistence. · Jmenujte, do jakých kategorií lze dělit půdy dle účelu a použití. · Zařaďte do kategorie dle účelu a použití krevní agar a Sabouraudův agar. Určete, pro kultivaci jakých agens se dané půdy využívají. · Vysvětlete, k čemu se používají diagnostické půdy. · Uveďte, k čemu se využívají selektivní půdy, a jaké složky mohou obsahovat (alespoň dvě). · Určete, k čemu lze využít selektivně-diagnostické půdy. Jmenujte alespoň dvě půdy z této kategorie. · Uveďte, jaká půda je volena pro antibiotické zkoušky. · Určete, k čemu slouží transportní půda. · Určete, jak lze pomocí McConkey agaru odlišit laktóza- pozitivní a laktóza negativní bakterie. · Jmenujte, jaká agens jsou kultivována na Loewenstein-Jensenově půdě. · Vysvětlete pojem chromogenní půda. · Určete, jaký je rozdíl mezi statickou a dynamickou kultivací, submerzní a povrchovou. · Jmenujte, jakým způsobem lze provést anaerobní kultivaci. · Vysvětlete pojem anaerostat a Fortnerova plotna. · Určete, pro jaké vzorky v rámci šetření mikrobiální nezávadnosti přípravku lze využít membránové filtrace. · Popište, jak se provádí KOH test. Určete, podle čeho se hodnotí test jako pozitivní a jako negativní. Uveďte, zda Gram-pozitivní bakterie vykazují při KOH testu pozitivní, či negativní výsledek. · Popište, jak se provádí katalázový test. Určete skupinu bakterií, pro které se přednostně daný test provádí. · Popište, jak se provádí oxidázový test. Určete skupinu bakterií, pro které se přednostně daný test provádí.
Téma: Laboratorní testování antibiotik Sylabus – antibiotika, antiinfektiva, antibiotická rezistence, MRSA, VRSA, VRE, PRP, mykobakterie, dělení antibiotik dle mechanismu účinku, dělení dle intenzity, faktory ovlivňující účinnost antibiotik in vitro, metody pro určení citlivosti, jejich dělení dle výsledku a dle prostředí, testy kvantitativní, testy kvalitativní, diluční a difúzní testy, diskový difúzní test, difúzní test – E-test, MIC, MLC (MBC, MFC), EUCAST Cíl výuky – Studenti by měli být schopni definovat pojem antibiotikum. Měli by dále být schopni dělit metody dle výsledku a dle prostředí, ve kterém se provádí. Dále by měli umět definovat zkratku MIC, MBC, MBC. Studenti se prakticky seznámí s hodnocením diskového difúzního testu, mikrodilučního bujónového testu, s hodnocením dle EUCAST. Zadání pro znalosti: · Definujte pojem antibiotikum. · Vysvětlete závažnost antibiotické rezistence pro lidstvo. · Určete, co znamená zkratka MRSA, VRSA, VRE, PRP. · Vysvětlete, co napomáhá vzniku a šíření rezistence. · Uveďte, jaké je optimální pH pro média určená pro testování citlivosti in vitro. · Určete, jak lze dělit metody pro stanovení citlivosti dle výsledku a dle prostředí. · Vysvětlete pojem diluční metoda/diluční test a difúzní metoda/difúzní test. Jmenujte příkladem metody, které patří mezi diluční a difúzní. · Vysvětlete princip diskového difúzního testu. Určete, jaké kultivační medium se pro danou metodu využívá. · Určete, jak jsou hodnoceny výsledky diskového difúzního testu. · Vysvětlete princip E-testu. Určete, do jaké skupiny metod lze tento test zařadit. · Vysvětlete zkratku MIC. Uveďte, jak je tato zkratka definována. · Vysvětlete zkratku MBC a MFC. Uveďte, jak je tato zkratky definovány. · Popište, jak se odečítá hodnota MIC. Určete, jak se hodnotí MBC/MFC. · Uveďte, k čemu lze využít informace dostupné na webových stránkách organizace EUCAST.
Téma: Laboratorní diagnostika G+/G- koků, G- tyček Sylabus – klinicky významné skupiny G+ koků, katalázový test, rod Streptococcus, dělení streptokoků do skupin dle hemolýzy, dělení streptokoků do skupin dle antigenní struktury (dělení dle Lancefieldové), rod Staphylococcus, dělení stafylokoků dle produkce koagulázy, dělení stafylokoků dle hemolýzy, klinicky významné skupiny G- koků, rod Neisseria, test pro průkaz tvorby cytochromoxidázy, laboratorní diagnostika neiserií, antigenní typizace neiserií, dělení G- do skupin dle produkce laktózy, biochemická identifikace bakterií, HISu test/HISU řada, sérotypizace salmonel, auxanogram. Cíl výuky – Studenti se seznámí základními poznatky z problematiky klinicky významných G+/G- koků a G- tyček. Studenti se seznámí s biochemickou identifikací bakterií, s určením typu hemolýz, s biochemickou identifikací kvasinek pomocí auxanogramů.
Zadání pro znalosti: · Vyjmenujte tři klinicky významné rody fakultativně anaerobních G+ koků. · Určete, k čemu se využívá test na průkaz tvorby katalázy. Vysvětlete princip biochemické reakce. Jmenujte, zda katalázu produkují stafylokoky či streptokoky. · Popište, jaké typy hemolýz rozlišujeme u streptokoků. Popište, jaké uspořádání buněk streptokoků lze pozorovat v mikroskopu. · Popište, jaké uspořádání buněk v mikroskopu lze pozorovat u stafylokoků. · Uveďte, k čemu slouží test na průkaz tvorby koagulázy. Určete, jaká klinicky nejvýznamnější bakterie vykazuje pozitivní reakci při koagulázovém testu. · Jmenujte dva klinicky nejvýznamnější druhy bakterií rodu Neisseria. Popište, jaký tvar a uspořádání buněk je pro tyto tyto bakterie typické. · Určete, zda se lze setkat s nepatogenními neiseriemi i v dutině ústní. · Uveďte, zda se pro typizaci neiserií provádí sérotypizace a určete, jaký klinický materiál se pro šetření využívá. · Uveďte, na základě čeho lze do skupin dělit klinicky významné G- tyčky. Určete, do jaké skupiny patří Escherichia coli, Klebsiella spp., Salmonella spp., či Shigella spp.. · Jmenujte, jaké G- střevní bakterie patří mezi obligátně patogenní, a jaké mezi oportunně patogenní. · Uveďte, jakým způsobem se provádí identifikace G- tyček. · Vysvětlete princip biochemické identifikace. · Jmenujte alespoň tři selektivně diagnostické půdy pro biochemickou identifikaci G- tyček. · Vysvětlete co znamená HISU test. Určete, z čeho vychází akronym, tj. proč je voleno písmeno H, I, S a U. · Uveďte, za jakého důvodu se provádí sérotypizace salmonel. Vysvětlete princip sérotypizace. Uveďte, jaké povrchové antigeny salmonel rozlišujeme. · Určete, k čemu se používá auxanogram. Vysvětlete princip tohoto testu a jmenuj, jak jsou hodnoceny výsledky. · Popište, jakým způsobem se provádí hodnocení biochemického testu (Enterotest, Staphytest). · Popište, jak se provádí hodnocení auxanogramu. · Popište, jaký je rozdíl mezi viridací a úplnou hemolýzou u streptokoků.
Téma: Mykologie, parazitologie Sylabus – diagnostika mykotických a parazitárních infekcí, mikroskopické techniky v mykologii a parazitologii, louhový preparát, fluorescenční mikroskopie, průkaz pouzder kryptokoků, technika stříbření dle Grocotta, kultivace mykotických agens, kultivační média, kultivační podmínky, biochemická identifikace kvasinek, identifikace plísní, gyrifikace, gutace, odběr vzorku pro parazitologické šetření, typy vyšetřovaného materiálu, mikroskopické techniky v parazitologii. Cíl výuky – Studenti by se měli seznámit se základními přístupy v diagnostice mykotických a parazitárních infekcí. Studenti budou seznámeny s kultivací mykotických agens, mikroskopií mykotických agens a s mikroskopickým průkazem infekce helminty. Zadání pro znalosti: · Určete, o jaké laboratorní šetření se může opírat diagnostika mykotických infekcí. · Jmenujte, jaké mikroskopické techniky bývají využívány pro diagnostiku mykotických infekcí. · Určete, zda se kvasinky barví dle Grama. · Jmenujte, k čemu se využívá louhový preparát v mykologii. · Uveďte fluorescenční barvivo, které se využívá v mykologii k mikroskopickému průkazu mykotických agens. · Jmenujte, jaké uplatnění má tuš v mykologii. · Uveďte, k čemu se využívá technika stříbření dle Grocotta. · Jmenujte univerzální půdu v mykologii. Určete, čím je tato půda obohacena tak, aby bylo zabráněno růstu bakterií. · Určete, jak je obohacena univerzální půda pro mykotická agens v případě potřeby kultivovat dermatofyty. · Uveďte, k čemu se volí kukuřičný/rýžový agar a k čemu Czapek-Dox médium. · Jmenujte, jaká teplota se volí pro kultivaci kandid, aspergilů, či mukorů, a jaká teplota pro kultivaci ostatních mykotických agens. · Určete délku kultivace mykotických agens – odlište mezi kvasinkami, a dermatofyty. · Uveďte, zda se běžně využívají biochemické jako je auxanogram, či zymogram pro identifikaci plísní. · Vysvětlete pojem auxanogram. Vysvětlete pojem zymogram. · Vysvětlete pojem test klíčních hyf, či chlamydospora. · Uveďte, co znamená pojem gyrifikace a co pojem gutace. · Uveďte, jaký materiál je odebírán v případě podezření na parazitární infekci. · Určete, k čemu se využívá technika dle Grahama a Schűffnera. Uveďte, jak se preparát připravuje. · Určete, k čemu se využívá tlustý nátěr dle Kato. Uveďte, jak se preparát připravuje. · Uveďte, jaký materiál se odebírá při podezření na malárii? Uveďte, jak se nazývá technika přípravy preparátů pro diagnostiku malárie.
Poslední úprava: Konečná Klára, RNDr., Ph.D. (31.03.2025)
|