Poslední úprava: doc. RNDr. Marek Minárik, Ph.D. (09.09.2021)
1. Fyzikálně-chemické vlastnosti DNA/RNA: extrakce, denaturace, absorbance 2. Fluorescence v genomické analýze: interkalace, FRET, quenching, kvantové tečky (teorie, aplikace) 3. Separace DNA/RNA: elektromigrační separace (gelová, kapilární a mikročipová elektroforéza, teorie a aplikace), Chromatografie (iontová, reverzní a iontově-párová HPLC) 4. Enzymatické metody v analýze DNA/RNA: Enzymy (polymerázy, restriktázy, ligázy) 5. PCR metodiky: obecné principy, optimalizace, modifikace, real-time PCR (Ct, kvantifikace, kalibrace), digital PCR, emulzní a bridge PCR 6. DNA sekvenování I. - Sangerova metoda: ireverzibilní terminátory, elektroforetická separace fragmentů 7. DNA sekvenování II. - NGS: 454/Roche pyrosekvenování, Solexa/Illumina sekvenování (reverzibilní terminátory), Ion Torrent/Thermo (polovodičové sekvenování) 8. DNA sekvenování III. - nové trendy: nanoporové sekvenování (PacBio, Oxford), sekvenace pomocí expanze (Stratos/Roche) 9. DNA sekvenování IV. - sekvenační postupy (geno(mové) knihovny, klonální amplifikace, kvalita sekvenace, pokrytí), přístrojová technika, patenty 10. DNA mutace a mutační analýza: Klasifikace mutací, typy a klinické aplikace 11. DNA fragmentační analýza: Fingerprinting, STR markery (genetická identita a určování otcovství), prenatální diagnostika, MSI, LOH 12. DNA methylační analýza: epigenetika, bisulfitová konverze, nové přístupy a aplikace 13. Genomická analýza v molekulární onkologii I.: vznik a průběh nádorových onemocnění, epidemiologie, diagnostika, stádia (staging), léčebné modality, predikce, prognóza
Poslední úprava: doc. RNDr. Marek Minárik, Ph.D. (09.09.2021)
1. Physico-chemical properties of DNA / RNA: extraction, denaturation, absorbance 2. Fluorescence in genomic analysis: intercalation, FRET, quenching, quantum dots (theory, applications) 3. Separation of DNA/RNA: Electromigration methods (theory, gel, capillary and microchip electrophoresis), Chromatographic methods (ion, reversed phase and ion-pair HPLC) 4. Enzymatic methods in DNA/RNA analysis: polymerases, restrictases, ligases (properties, usage) 5. PCR methods: general principles, optimization, modification, real-time PCR (Ct, quantification, calibration), digital PCR, emulsion and bridge PCR 6. Mutation and mutation analysis: point, chromosomal, mutation vs. mutation. polymorphisms, sensitivity, specificity, scanning vs genotyping, haplotypes, GWAS, applications 7. Sequencing I. and fragmentation analysis: history, Sanger, pyrosequencing, STR markers (genetic identity and paternity determination), prenatal diagnostics, MSI, LOH 8. Sequencing II .: NGS / MPS, libraries, instrumentation, targeted / deep sequences, coverage, applications 9. Molecular oncology: origin and course of cancer, epidemiology, diagnostics, staging, treatment modalities, prediction, prognosis 10. Genomic analysis in oncology: cell signaling, oncogenes, tumor suppressors, epigenomics (DNA methylation, miRNA), molecular markers 11. New trends |