Cell - D1101001

• Title: Buňka
• Guaranteed by: Department of Biology and Medical Genetics (13-716); Department of Medical Chemistry and Clinical Biochemistry (13-352); Department of Histology and Embryology (13-715)
• Faculty: Second Faculty of Medicine
• Actual: from 2022
• Semester: winter
• Points: 3
• E-Credits: 3
• Examination process: winter s.:
• Hours per week, examination: winter s.:28/0, C+Ex [HS]
• Extent per academic year: 14 [weeks]
• Capacity: unlimited / unknown (unknown)
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Teaching methods: full-time
• Teaching methods: full-time
• Guarantor: prof. Ing. Zdeněk Sedláček, DrSc.
• Is pre-requisite for: D1103447, D1104339, D1103338, D1103040

Annotation

Jde o povinný studijní předmět, který patří mezi základní teoretické předměty profilujícího základu. Jeho absolvováním student získá základní znalosti a dovednosti v oblasti biochemie, buněčné biologie a genetiky, které jsou nezbytným předpokladem pro další úspěšné studium ve specializovaných předmětech a ve vyšších ročnících. Jedním z hlavních cílů předmětu je také vyrovnat různé úrovně znalostí těchto základních oborů, se kterými přicházejí studenti z různých středních škol. V rámci předmětu se student naučí popsat základy struktury a funkce živých systémů na úrovních molekul, organel a buněk, a pochopí přesah těchto principů do úrovní tkání, orgánů a celých organismů.

Last update: Procházka Zdeněk (04.09.2020)

Course completion requirements

Please scroll down for the English version

Pravidla pro úspěšné studium předmětu Buňka

Během semestru

 Účast na přednáškách je nepovinná, ale důrazně doporučená. Elektronicky dostupné prezentace nemají

a ani nemohou nahrazovat osobní účast na přednáškách.

 Prezentace z přednášek, další materiály (sylabus, otázky, literatura apod.) a aktuální informace

k předmětu jsou v MS Teams (přihlášení: univerzitní_čí[e-mail], kód týmu: ktk1n9b).

V případě technických problémů s MS Teams se prosím obraťte na [e-mail].

 Konzultace jsou možné přednostně formou položení otázky e-mailem vyučujícímu, který vedl příslušnou

přednášku. Otázky (anonymně) a odpovědi budou pro poučení ostatních umístěny také do MS Teams.

 V poslední přednášce každého ze tří bloků výuky zajišťovaných jednotlivými ústavy budou studenti psát

dobrovolný průběžný multiple-choice test s 10 otázkami z látky přednesené v daném bloku. Výsledek

každého ze tří testů bude hodnocen 0-10 body. Pokusy o podvádění budou potrestány hodnocením

testu 0 body. Pro poučení se z chyb může student požádat e-mailem vyučujícímu odpovědnému za

příslušný test během sedmi dnů po konání testu o jeho náhled a konzultaci.

Zápočet

 Celkový zisk ze tří průběžných testů tedy bude 0-30 bodů a student dostane zápočet automaticky,

pokud získá za průběžné testy aspoň 16 bodů.

 Studenti se ziskem 0-15 bodů absolvují komplexní zápočtový multiple-choice test s 10 otázkami z látky

celého předmětu hodnocený 0-10 body. Zápočet bude udělen při zisku aspoň 6 bodů. První termín

tohoto testu bude v prvním týdnu zkouškového období zimního semestru. Studentům je důrazně

doporučeno absolvovat první pokus v tomto termínu. Při neúspěchu je možné zápočtový test ještě 2x

opakovat v termínech vyhlášených na další týdny tohoto zkouškového období. Po jeho ukončení již

nebude možné zápočet získat.

Zkouška

 Podmínkou pro konání zkoušky je splněný zápočet.

 Student má na zkoušku tři pokusy. Řádný a první opravný pokus budou mít formu multiple-choice testu

obsahujícího 15 otázek s možným ziskem 0-15 bodů. Podle zisku bude výsledek zkoušky "výborně" (15-

13 bodů), "velmi dobře" (12-11 bodů), "dobře" (10-8 bodů) nebo "nevyhověl/a" (7-0 bodů). Druhý

opravný pokus bude mít formu komisionální ústní zkoušky, při které si student vylosuje a zodpoví trojici

otázek.

 Pro poučení se z chyb v zápočtových a zkouškových testech se může student během sedmi dnů po

konání testu obrátit na [e-mail] s žádostí o náhled testu.

 Pro zkoušky je určeno zkouškové období a studentům je důrazně doporučeno absolvovat alespoň první

pokus během něj. Po zkouškovém období bude už pouze jeden další zkušební termín v květnu a jeden

v září. Nevyužití žádného termínu ve zkouškovém období zimního semestru tedy znamená, že student

má v daném akademickém roce již jen dva pokusy.

Epidemická situace

 Výuka předmětu může být převedena na distanční formu v MS Teams a některá z výše uvedených

pravidel mohou být modifikována, pokud si to vynutí aktuální epidemická situace a platná opatření.

English

Rules for successful study of the subject Cell

During the semester

 Attendance at lectures is voluntary, but strongly recommended. Presentations available electronically do

not and cannot replace your personal participation at the lectures.

 Lecture presentations, other materials (syllabus, exam questions, literature etc.) and up-to-date

information on the subject are in MS Teams (login: [e-mail], team code:

bvwhl4u). In case of technical problems with MS Teams please contact [e-mail].

 Consultations are possible preferably by asking the question via e-mail to the teacher of the respective

lecture. Questions (anonymously) and answers will also be placed in MS Teams to be available to all.

 In the last lecture of each of the three blocks of teaching provided by the three departments, students

will write an optional multiple-choice test with 10 questions covering the topics presented in the

respective block. The results of each of these three tests will be evaluated 0-10 points. Attempts to

cheat will be punished by evaluating the test 0 points. To learn from the mistakes students can within

seven days after sitting the test ask via e-mail to the teacher responsible for the respective test for a

review of the test and consultation.

Credit

 The total gain from the three tests during the semester will thus be 0-30 points, and students will obtain

the credit automatically if they achieve at least 16 points for these tests.

 Students who gain 0-15 points will sit a comprehensive multiple-choice credit test with 10 questions

covering all themes. The test will be evaluated 0-10 points. Credit will be granted to those who gain at

least six points. The first possibility to sit the credit test will be in the first week of the winter semester

exam period. Students are strongly advised to take the first attempt in this week. In case of failure it will

be possible to repeat the credit test twice at dates announced for the remaining weeks of this exam

period. After the end of this exam period it will no longer be possible to obtain the credit.

Exam

 The condition for taking the exam is a granted credit.

 Students will have three attempts to sit the exam. The regular and first retake attempts will have the

format of a multiple-choice test with 15 questions. The test will be evaluated 0-15 points. The final result

of the exam will depend on the point yield: "výborně" (15-13 points), "velmi dobře" (12-11 points),

"dobře" (10-8 points), or "nevyhověl/a" (7-0 points). The second retake attempt will have the format of a

commission oral exam during which the student will draw and answer a triplet of questions.

 To learn from the mistakes in credit and exam tests students can ask [e-mail]

within seven days after sitting the test for a review of the test.

 The exam period is dedicated to exams and students are strongly advised to take at least the first

attempt during this period. After the end of the exam period there will be only one additional date in May

and one in September. Failure to take an attempt in the winter term exam period therefore means that

the student has only two attempts left in the respective academic year.

Epidemic situation

 Teaching of the subject can be switched to the distance mode in MS Teams and some of the above

rules can be modified if required by the current epidemic situation and measures.

Last update: Dimitriou Alena, Bc. (30.09.2022)

Literature

Please scroll down for the English version

Literatura pro předmět Buňka

Povinná literatura:

• Vaše poznámky z přednášek a prezentace a další materiály z výuky uložené v MS Teams

• Alberts, B. a kol.: Základy buněčné biologie. Espero publishing, 2005 – pouze kapitoly 1-7

• Vajner, L. a kol.: Lékařská histologie I. Cytologie a obecná histologie. Praha: Karolinum, 2019.

• Pritchard, D.J., Korf, B.R.: Základy lékařské genetiky. Praha: Galén, 2007

• Sadler, T. W.: Langmanova lékařská embryologie. Překlad 10. vyd., Praha: Grada, 2011

Doporučená literatura:

• Goetz P. et al.: Vybrané kapitoly z lékařské biologie II. Praha: Karolinum, 2002

English

Literature for the subject Cell

Compulsory textbooks:

• Your notes from the lectures and presentations and other materials from classes archived in MS Teams

• Alberts, B. et al.: Essential Cell Biology. 5th Ed., W. W. Norton & Company, 2019 – only chapters 1-7

• Mescher, A. L.: Junqueira’s Basic Histology: 16th Ed. McGraw-Hill, 2021

• Pritchard D.J., Korf B.R.: Medical Genetics at a Glance. 3rd Edition. Wiley-Blackwell, 2013

• Sadler, T. W.: Langman's Medical Embryology. 14th ed., Wolters Kluwer, 2019

Recommended textbooks:

• Bolsover, S.R. et al.: Cell Biology: A Short Course. 3rd Edition, Willey-Blackwell, 2011

Last update: Dimitriou Alena, Bc. (30.09.2022)

Requirements to the exam

Please scroll down for the English version

Okruhy a otázky ke zkoušce z předmětu Buňka

• okruhy k řádnému a 1. opravnému pokusu (formou testu)

• otázky ke 2. opravnému pokusu (formou komisionální ústní zkoušky)

Blok I. (ÚHE)

1. Buňka a její součásti

2. Struktura biologické membrány

3. Membránový transport

4. Buněčná signalizace a adheze

5. Mitochondrie

6. Ribosomy a další nemembránové organely

7. Granulární endoplasmatické retikulum

8. Hladké endoplasmatické retikulum

9. Golgiho komplex

10. Lysosomy a peroxisomy

11. Mikrofilamenta

12. Intermediální filamenta

13. Mikrotubuly

14. Centriol

15. Cytoplasmatické inkluse

16. Jádro buněčné

17. Buněčný cyklus a mitotické dělení

18. Meiotické dělení

19. Fertilizace a rýhování vajíčka

20. Blastocysta a její implantace

Blok II. (ÚLCHKB)

21. Chemická vazba

22. Vodíkový můstek a hydrofobní interakce

23. Biologicky významné organické sloučeniny

24. Chemická rovnováha a základy bioenergetiky

25. Struktura a funkce enzymů

26. Termodynamické aspekty enzymové katalýzy

27. Mechanizmy enzymové katalýzy

28. Struktura sacharidů

29. Struktura aminokyselin

30. Struktura lipidů a steroidů

31. Struktura nukleových kyselin

32. Struktura bílkovin

33. Přehled energetického metabolizmu

34. Glykolýza

35. Glukoneogeneze

36. Citrátový cyklus

37. Oxidační fosforylace

38. Syntéza mastných kyselin

39. Degradace mastných kyselin

40. Propojení metabolických drah

Blok III. (ÚBLG)

41. Definice života a základní znaky živých organismů

42. Základní procesy v evoluci organismů a biodiverzita života na planetě

43. Centrální dogma molekulární biologie

44. Replikace DNA a enzymy, které se na ní podílejí

45. Transkripce a enzymy, které se na ní podílejí

46. Posttranskripční úpravy

47. Translace a struktury a enzymy, které se na ní podílejí

48. Posttranslační úpravy

49. Genetický kód a jeho vlastnosti

50. Regulace genové exprese

51. Možnosti vzniku mutací

52. Klasifikace mutací

53. Základní typy reparace DNA

54. Základní rozdíly mezi prokaryotickou a eukaryotickou buňkou

55. Genom a karyotyp člověka

56. Struktura a modifikace chromatinu

57. Struktura lidského genu

58. Typy RNA v lidské buňce a jejich funkce

59. Typy variant v lidském genomu

60. Mechanismy ovlivnění fenotypu genetickou variabilitou

English

Topics and questions for the exam in the subject Cell

• topics for the regular and 1st retake attempts (in a test format)

• questions for the 2nd retake attempt (in the format of a commission oral exam)

Block I. (DHE)

1. Cell and its components

2. Structure of biological membrane

3. Membrane transport

4. Cell signalization and adhesion

5. Mitochondria

6. Ribosomes and other non-membranous organelles

7. Rough endoplasmic reticulum

8. Smooth endoplasmic reticulum

9. Golgi complex

10. Lysosomes and peroxisomes

11. Microfilaments

12. Intermediate filaments

13. Microtubules

14. Centriole

15. Cytoplasmic inclusions

16. Nucleus

17. Cell cycle and mitotic division

18. Meiotic division

19. Fertilization and cleavage of oocyte

20. Blastocyst and its implantation

Block II. (DMCCB)

21. Types of chemical bonds

22. Hydrogen bonding and hydrophobic interactions

23. Biologically important organic compounds

24. Chemical equilibrium and principles of bioenergetics

25. Structure and function of enzymes

26. Thermodynamic aspects of enzyme catalysis

27. Catalytic mechanisms of enzymes

28. Structure of carbohydrates

29. Structure of amino acids

30. Structure of lipids and steroids

31. Structure of nucleic acids

32. Structure of proteins

33. Energy metabolism overview

34. Glycolysis

35. Gluconeogenesis

36. Citric acid cycle

37. Oxidative phosphorylation

38. Fatty acid synthesis

39. Fatty acid degradation

40. Integration of metabolism and metabolic pathways

Block III. (DBMG)

41. Definition of life and basic features of living organisms

42. Basic processes in the evolution of organisms and biodiversity of life on the planet

43. Central dogma of molecular biology

44. DNA replication and enzymes involved

45. Transcription and enzymes involved

46. Posttranscriptional modifications

47. Translation and structures and enzymes involved

48. Posttranslational modifications

49. Genetic code and its properties

50. Regulation of gene expression

51. Origin of mutations

52. Classification of mutations

53. Basic types of DNA repair

54. Basic differences between prokaryotic and eukaryotic cell

55. Human genome and karyotype

56. Chromatin structure and modifications

57. Structure of a human gene

58. Types of RNA in human cells and their functions

59. Types of variants in human genome

60. Mechanisms how phenotype is influenced by genetic variability

Last update: Dimitriou Alena, Bc. (30.09.2022)