Bioinformatické algoritmy, databáze a nástroje - NDBI044

• Anglický název: Algorithms, databases and tools in bioinformatics
• Zajišťuje: Katedra softwarového inženýrství (32-KSI)
• Fakulta: Matematicko-fyzikální fakulta
• Platnost: od 2020
• Semestr: zimní
• E-Kredity: 5
• Rozsah, examinace: zimní s.:2/2, Z+Zk [HT]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Způsob výuky: prezenční
• Způsob výuky: prezenční
• Garant: doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D.

Anotace

čeština

Poslední úprava: RNDr. Michal Kopecký, Ph.D. (17.04.2018)

Přednáška představí aktuálně používané algoritmy a přístupy pro analýzu DNA, RNA a proteinů. Především půjde o algoritmy pro podobnostní modelování sekvencí a struktur biomolekul, fylogenetickou analýzu a predikci struktury. Studenti se také dozví, jaké existují hlavní repositáře souvisejících biologických dat, jaká je struktura těchto dat a jak s nimi pracovat na programové úrovni.

angličtina

Poslední úprava: RNDr. Filip Zavoral, Ph.D. (26.05.2023)

The lecture will introduce currently used algorithms and approaches for DNA, RNA and protein analysis. In particular, it will cover algorithms for sequence similarity modeling and structures of biomolecules, phylogenetic analysis and structure prediction. Students will also learn what the major repositories of related biological data exist, what the structure of these data is, and how to work with them at the programmatic level.

Podmínky zakončení předmětu

čeština

Poslední úprava: doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. (05.02.2024)

Písemní zkouška v rozsahu dle sylabu předmětu.

Účast na cvičeních.

angličtina

Poslední úprava: doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. (05.02.2024)

Written exam to the extent covered by the syllabus.

Attendance at tutorials.

Literatura

Poslední úprava: T_KSI (18.04.2015)

• Z: Zvelebil, M., Baum J.: Understanding Bioinformatics, Garland Science; 1 edition, 2007, 0815340249

• Z: Durbin, R., et al.: Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, 1998, 0521629713

• D: Mount, D.W.: Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004, 0879696087

• D: Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees and Sequences - Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997, 0521585198

• D: Jones, N.C., Pevzner, P.A.: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press, 2004, 0262101068

Sylabus

čeština

Poslední úprava: doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. (26.05.2023)

• Úvod. Existující nukleotidové a proteinové databáze.

• Sekvenční podobnost DNA, RNA a protenů.

• Efektivní vyhledávání v databázích proteinových sekvencí.

• Vyhledávání motivů.

• Vícenásobná sekvenční podobnost.

• Stavba fylogenetických stromů.

• Algoritmy pro uření podobnost proteinových struktur

• Predikce proteinové struktury.

angličtina

Poslední úprava: doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. (26.05.2023)

• Introduction. Existing nucleotide and protein databases.

• Sequence similarity of DNA, RNA, and proteins.

• Efficient searching in protein sequence databases.

• Searching motifs.

• Multiple sequence similarity.

• Construction of phylogenetic trees.

• Algorithms for learning the similarity of protein structures.

• Protein structure prediction.