Rozšířené základní praktikum z molekulární biologie - MB140C72

• Anglický název: Practical course essentials in molecular biology II
• Český název: Rozšířené základní praktikum z molekulární biologie
• Zajišťuje: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2020
• Semestr: zimní
• E-Kredity: 1
• Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
• Rozsah, examinace: zimní s.:0/2, Z [DS]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: 10
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Úroveň: základní
• Poznámka: povolen pro zápis po webu
• Garant: Mgr. Václav Vopálenský, Ph.D.
• Vyučující: Mgr. Kamila Horáčková; Mgr. Martin Kubů; Mgr. Kristýna Ľalíková; RNDr. Tomáš Mašek, Ph.D.; Mgr. Kristina Roučová; Khushboo Sharma, M.Sc.; Mgr. Václav Vopálenský, Ph.D.
• Třída: Ultracentrifuga a 3 rotory; Gradientový PCR cycler
• Neslučitelnost : MB140C71
• Je neslučitelnost pro: MB140C71

Anotace

čeština

Poslední úprava: Mgr. Václav Vopálenský, Ph.D. (09.10.2020)

Výuka Rozšířeného základního praktika z molekulární biologie se bude konat klasickou prezenční formou za dodržení všech platných nařízení v době konání praktického kurzu. Pokud to nebude možné, výuka praktika se přesune do zkouškového období či jarního semestru nebo proběhne distanční formou.

Kurz se skládá z teoretické a praktické části. Absolvování přednáškových kurzů Základy molekulární biologie, Molekulární biologie, Biologie buňky, Biochemie a Genetika je výhodou, nikoliv však podmínkou.

angličtina

Poslední úprava: Mgr. Václav Vopálenský, Ph.D. (25.10.2019)

The course consists of theoretical and practical part.

Literatura

čeština

Poslední úprava: Mgr. Václav Vopálenský, Ph.D. (25.10.2019)

K tomuto kurzu není doporučená literatura. Studenti obdrží protokoly s dalšími informacemi v průběhu praktických cvičení.

angličtina

Poslední úprava: Mgr. Václav Vopálenský, Ph.D. (25.10.2019)

Students will receive protocols with further information during practical exercises.

More information, texts, protocols and presentations are available at http://web.natur.cuni.cz/~pospisek.

Požadavky ke zkoušce

čeština

Poslední úprava: Mgr. Václav Vopálenský, Ph.D. (25.10.2019)

Studenti ukončí praktikum vypracováním protokolů a složením zápočtového testu. Více informací, texty, protokoly a presentace jsou pro studenty zapsané do kurzu k dispozici na http://web.natur.cuni.cz/~pospisek

 

angličtina

Poslední úprava: Mgr. Václav Vopálenský, Ph.D. (25.10.2019)

Students will finish this practocal course by elaborating protocols.

Sylabus

čeština

Poslední úprava: Mgr. Václav Vopálenský, Ph.D. (25.10.2019)

V teoretické části tohoto kurzu budou vysvětleny základní principy metod genového inženýrství a molekulární biologie se zřetelem na úlohy prováděné v praktické části tohoto kurzu, přičemž každý účastník si vyzkouší následující techniky:

1/ Purifikace plazmidové DNA z buněk Escherichia coli pomocí alkalické metody a následná analýza izolované DNA pomocí restrikčních endonukleáz.

2/ PCR amplifikace vybraného genu a jeho následná charakterizace pomocí agarózové elektroforézy.

3/ Chemická transformace bakterií rekombinantním DNA vektorem a výpočet transformační účinnosti, následné pozorován exprese cizorodých bílkovin v kultuře E.coli (proteinová elektroforéza, sledování fluorescence zeleného fluorescenčního proteinu in vivo).

 

4/ Ve skupině 2-3 studentů - analýza proteinů pomocí elektroforézy v polyakrylamidovém gelu v přítomnosti dodecylsíranu sodného (SDS – PAAGE) včetně přípravy vzorků a následného barvení  PAAGE gelů Coomassie Brilliant Blue. V případě zájmu (a při dostatku času) bude možno začlenit imuonodetekci proteinů na pevném nosiči, tj. western blot.

 

V průběhu celého praktika – práce s molekulárně biologickými databázemi, anotace sekvencí nukleových kyselin in silico, návrh primerů apod.

angličtina

Poslední úprava: Mgr. Václav Vopálenský, Ph.D. (01.03.2021)

Please note, that the practical course is given in Czech language only.

The theoretical part of this course will explain the basic principles of genetic engineering and molecular biology techniques. This theoretical introduction will be used in the followed-up tasks performed in the practical part of this course. Each participant will try the following techniques:

1 / Isolation of plasmid DNA from Escherichia coli cells using the alkaline method followed by analysis of isolated DNA using restriction endonucleases.

2 / PCR amplification of the selected gene and its characterization using agarose electrophoresis.

3 / Chemical transformation of bacteria with DNA vector and determination of transformation efficiency. Analysis of the recombinant protein expression in E. coli culture (protein electrophoresis, a fluorescence analysis of green fluorescent protein in vivo).

4 / In a group of 2-3 students - analysis of proteins using polyacrylamide gel electrophoresis in the presence of sodium dodecyl sulphate (SDS - PAAGE). This includes sample preparation and staining of the PAGE gels with Coomassie Brilliant Blue. In case of interest (and if enough time), it will be possible to incorporate protein immunodetection on a solid support matrix, i.e. a western blot.

During the whole practice - work with molecular biological databases, annotation of nucleic acid sequences in silico, primers design, etc.

The theoretical part of this course will explain the basic principles of genetic engineering and molecular biology techniques. This theoretical introduction will be used in the followed-up tasks performed in the practical part of this course. Each participant will try the following techniques:

1 / Isolation of plasmid DNA from Escherichia coli cells using the alkaline method followed by analysis of isolated DNA using restriction endonucleases.

2 / PCR amplification of the selected gene and its characterization using agarose electrophoresis.

3 / Chemical transformation of bacteria with DNA vector and determination of transformation efficiency. Analysis of the recombinant protein expression in E. coli culture (protein electrophoresis, a fluorescence analysis of green fluorescent protein in vivo).

4 / In a group of 2-3 students - analysis of proteins using polyacrylamide gel electrophoresis in the presence of sodium dodecyl sulphate (SDS - PAAGE). This includes sample preparation and staining of the PAGE gels with Coomassie Brilliant Blue. In case of interest (and if enough time), it will be possible to incorporate protein immunodetection on a solid support matrix, i.e. a western blot.

During the whole practice - work with molecular biological databases, annotation of nucleic acid sequences in silico, primers design, etc.