PředmětyPředměty(verze: 945)
Předmět, akademický rok 2023/2024
   Přihlásit přes CAS
Molekulární evoluce rostlin - MB120P79
Anglický název: Plant Molecular Evolution
Český název: Molekulární evoluce rostlin
Zajišťuje: Katedra botaniky (31-120)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2023
Semestr: zimní
E-Kredity: 3
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:2/0, Zk [HT]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
4EU+: ne
Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Poznámka: povolen pro zápis po webu
předmět má cyklickou výuku
Garant: RNDr. Helena Štorchová, CSc.
Vyučující: RNDr. Helena Štorchová, CSc.
Anotace -
Poslední úprava: PhDr. Gabriela Kubátová, Ph.D. (13.05.2005)
Seznámení s analýzou DNA sekvencí a jejím uplatněním v populační genetice a evoluční biologii. Důraz je kladen na analýzu ontogeneticky významných genů. Součástí kurzu je demonstrace bioinformatických postupů a diskuse nad novými publikacemi.
Literatura
Poslední úprava: PhDr. Gabriela Kubátová, Ph.D. (13.05.2005)

Wen-Hsiung Li: Molecular evolution, Sinauer 1997

Vybrané kapitoly

Požadavky ke zkoušce
Poslední úprava: RNDr. Alena Kubátová, CSc. (23.04.2012)

Písemná a ústní zkouška je založena na řešení konkretních problémů. Podmínkou úspěchu je kritický rozbor jedné publikace z oboru, která bude studentovi zadána.

Sylabus -
Poslední úprava: RNDr. Alena Kubátová, CSc. (10.10.2008)

Blok 1. Rostlinné geny a genomy

1. Úvod. Struktura DNA a chromozomu. Replikace, transkripce, translace, reverzní transkripce. Struktura genu. Typy rostlinných genomů.

2. Chloroplastový genom, jeho evoluce u nižších a vyšších rostlin. Příklady genů a intergenových oblastí užívaných jako markery v populační genetice a v rostlinné fylogenetice.

3. Mitochondriální genom, jeho evoluce. Rekombinace a mutace, přenos genů z mtch genomu do jádra a chloroplastu. Srovnání evoluce mitochondriálního a chloroplastového genomu u vyšších rostlin.

4. Jaderný genom vyšších rostlin. Transpozony a retropozony, jejich aktivace a umlčení. Mechanismy genové duplikace.

5. Polyploidizace a její genetické důsledky. Auto- a allopolyploidi. Silencing a změna funkce genů. Chování repetitivních sekvencí při polyploidizaci. Recentní a dávní polyploidi. Příklady z okruhu vyšších rostlin

Blok 2. Analýza sekvencí

6. Princip sekvenování, editace sekvencí, alignment. BLAST, FASTA, GenBank, CLUSTALX

7. Praktikum ? BLAST, alignment atd. v počítačové učebně

8. Genetická vzdalenost, korekce mnohonasobne substituce (multiple hit), kdy je vhodné kterou korekci použít.

9. Kodujici a nekodujici sekvence, typy dendrogramů - MP, ML

10. Neutralita vs. selekce (Tajima D, HKA), užití při hledání vhodných markerů adaptace

11. Diskuse publikací (molekulární evoluce vyšších rostlin) ? studenti debatují nad připravenými referáty se současné odborné literatury.

Blok 3. Ontogeneze a evoluce

12. Ontogeneze vyšších rostlin. Molekulární základy regulace vegetativního růstu rostlin, genetická determinace meristému a rostlinných orgánů

13. Indukce kvetení a ontogeneze květu. ABC model. Fylogeneze genu LEAFY u suchozemských rostlin

14. Molekulární základy rostlinné reprodukce. Pylová selfinkompatibilita. Gynodiecie, oddělená pohlaví a pohlavní chromozomy rostlin

15. Evo-devo, aneb syntéza studia ontogeneze a evoluce- nový směr v evoluční genetice rostlin; příklady.

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK