General mycology - MB120P46E

• Anglický název: General mycology
• Český název: Obecná mykologie
• Zajišťuje: Katedra botaniky (31-120)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2023
• Semestr: zimní
• E-Kredity: 4
• Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
• Rozsah, examinace: zimní s.:3/0, Zk [HT]
• Počet míst: 20
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: nevyučován
• Jazyk výuky: angličtina
• Poznámka: povolen pro zápis po webu; předmět má cyklickou výuku
• Garant: Mgr. Miroslav Kolařík, Ph.D.

Anotace

čeština

Poslední úprava: Mgr. Michal Štefánek (02.05.2022)

Přednáška podává základní přehled o morfologii, evoluci, genetice, diverzitě a sekundárním metabolismu hub. Jednotlivé lekce shrnují: 1) názory na klasifikaci hub, nepohlavní rozmnožování a struktury s ním spojené, konidiogeneze, 3) houby jako modelové organismy, genetické aspekty sexuální a asexuální reprodukce u hub, stavba genomu, základy molekulární taxonomie hub, analýza environmentálních vzorků, 4) využití mol. genetiky v taxonomii a populační genetice, definice druhu, studium speciace a vymezení druhové hranice u hub, 5) příjem živin a fyziologie výživy, transport, těžké kovy, fyziologie růstu a rozmnožování, vliv fyzikálních a chemických vlastností prostředí na houbový organizmus, komunikace a přenos informací mezi houbovou buňkou a vnějším prostředím, 6) sekundární metabolismus hub – mykotoxiny, biosyntéza, faktory růstu a produkce a metodická průprava (extrakce, purifikace a identifikace), 7) biodiverzitu hub v ČR, Evropě a ve světě, metody studia biodiverzity hub, faktory ovlivňující biodiverzitu hub, 8) dekompozice opadu, houby v půda, typy rozkladu dřeva, koprofilní, keratinofilní a anthrakofilní houby, huby v horninách a nerostech, zvětrávání, houby ve vodním prostředí, symbiózy, kompetice hub.

angličtina

Poslední úprava: Mgr. Michal Štefánek (02.05.2022)

Status of Fungi and their position in the Kingdoms of living nature, phylogeny of Fungi. The cell level: biology of the
fungus' cell, the comparative ultrastructure of Fungi, the membrane systems and transport, communication of
fungus' cell and environment. The organismal level: fungal thallus, dimorphism and pleomorphism in fungi,
dikaryotic fungi, expression of sexuality, sexual and asexual reproduction, conidiogenesis. Physiology of the
nutrition, growth and reproduction. Genetics of sexual reproduction, genetic analysis of meiospores sets,
parasexual hybridization. Molecular taxonomy and DNA based identification. Genome structure. Moleuclar markers used. Databases. Analysis of environmental samples.

Literatura

Poslední úprava: Mgr. Michal Štefánek (02.05.2022)

Základní literatura:

Alexopoulos C.J., Mims C. W. et Blackwell M. (1996): Introductory mycology. - J. Wiley and Sons, Inc., New York.

Beckett A., Heath I. B. & McLaughlin D. J. (1974): An atlas of fungal ultrastructure. - Longman, London.

Bennett J.W., Lasure L. L. [edts.](1991): More gene manipulations in fungi. - Academic Press, London.

Burnett J. H. (1975): Mycogenetics. - J. Wiley & Sons, London.

Esser K. & Lemke P.A. [edts.] (1994-2001): The Mycota I -VIII. - Springer-Verlag, Berlin.

Nečas O., Bártek J., Hašek J., Streiblová E. & Viklický V. (1991): Cytoskelet. - Academia , Praha.

Weber H. (1993): Allgemeine Mykologie. - G. Fischer Verlag, Jena - Stuttgart.

Požadavky ke zkoušce

Poslední úprava: Mgr. Michal Štefánek (02.05.2022)

Zkouška je písemná, 10 otázek vybere přednášející, za každou otázku je maximálně 5 bodů

hodnocení: 50 - 42  bodů  -  klasifikace  výborně

                  41 - 34  bodů  -  klasifikace velmi dobře

                  33 - 26  bodů  -  klasifikace  dobře

                  25 a méně  - neprospěl          

        

Sylabus

čeština

Poslední úprava: Mgr. Michal Štefánek (02.05.2022)

      Rozvrh lekcí pro zimní semestr šk. roku 2020/21

e-mail: [e-mail], tel. [phone]

                      

Kde?Kolokvium OŽP, Benátská 2 (učebna vedle vrátnice)

Kdy? čtvrtek 12:20 - 14:35

Kdo? Miroslav Kolařík (katedra botaniky Přf UK/MBÚ AVČR)

       Milan Gryndler (UJEP Ústí nad Labem)

       Ondřej Koukol (katedra botaniky Přf UK)

       Karel Prášil (katedra botaniky Přf UK)

       Jan Holec (Národní Muzeum v Praze)

       Miroslav Flieger   (MBÚ AVČR)

 

ÚVOD A ORGANIZMÁLNÍ ÚROVEŇ

1.  Názory na klasifikaci a postavení v říších živých organizmů.

2.  Nepohlavní rozmnožování a struktury s ním spojené, základní typy konidiogeneze.

     1. lekce (Prášil) čtvrtek 1.10.

 

GENETIKA HUB

1. Houby jako modelové organismy. Genetické aspekty sexuální reprodukce u hub.

2. Genetické aspekty asexuální reprodukce u hub. Indukce sporulace. Parasexuální hybridizace.

          2. lekce (Kolařík) čtvrtek 8.10

3. Stavba houbového genomu. Průtoková cytometrie u hub.
4. Základy molekulární taxonomie hub, izolace houbové DNA. Povaha a typy molekulárních znaků používaných v mykologii. Biochemické markery.

           3. lekce (Kolařík) čtvrtek 15.10

5. DNA sekvence, jejich zpracování a práce s databázemi. PCR fingerprinting. Analýza environmentálních vzorků.

         4. lekce (Kolařík) čtvrtek 22. 10.

6. Příklady využití v taxonomii a populační genetice. Definice druhu. Studium speciace a vymezení druhové hranice u hub. Využití mol. metod při studiu diverzity hub.

          5. lekce (Kolařík) čtvrtek 29.10

 

FYZIOLOGIE HUB

1. Úvod, příjem živin a fyziologie výživy, transport, houby a těžké kovy. Fyziologie růstu a rozmnožování.

        6. lekce (Gryndler) čtvrtek 5.11

2. Vliv fyzikálních a chemických vlastností prostředí na houbový organizmus. Komunikace a přenos informací mezi houbovou buňkou a vnějším prostředím.
       7. lekce (Gryndler) čtvrtek 12.11

 

SEKUNDÁRNÍ METABOLISMU – BIOLOGICKY AKTIVNÍ LÁTKY 

1. Mykotoxiny - výskyt a význam, základní typy onemocnění. Rozdělení dle způsobu biosyntézy.    Mykotoxiny a jejich koncentrace v potravinách. Faktory růstu a produkce.

2 Přehled základních mykotoxinů: struktura, výskyt, význam, limity, toxicita, stabilita

       8. lekce (Flieger) čtvrtek 19. 11

3 Metodická průprava. Extrakci, purifikaci, separaci a detekci. TLC, HPLC, MS, NMR. Identifikace neznámých látek.

       9. lekce (Flieger) čtvrtek 26.11

 

BIODIVERZITA HUB

1. Biodiverzita hub v ČR, Evropě a ve světě, metody studia biodiverzity hub.

2. Počty druhů hub v různých ekosystémech a v různých částech světa.

3. Faktory ovlivňující biodiverzitu hub na nejrůznějších úrovních s příklady z některých dobře prozkoumaných skupin hub.

          10. lekce (Holec) čtvrtek 3.12

 

EKOLOGIE HUB

1. Dekompozice opadu, půda. Typy rozkladu dřeva. Koprofilní, keratinofilní a anthrakofilní houby. Houby v horninách a nerostech, zvětrávání. Houby ve vodním prostředí.

        11. lekce (Koukol) čtvrtek 10.12

2. Endofyti a další symbiózy s rostlinami. Trofické interakce hub s bakteriemi, protisty, bezobratlými a obratlovci. Nematofágní houby a houby asociované s hmyzem. Kompetice hub.

        12. lekce (Koukol) čtvrtek 17.12

angličtina

Poslední úprava: Mgr. Michal Štefánek (02.05.2022)

e-mail: [e-mail], tel. [phone]

Rozvrh lekcí pro zimní semestr šk. roku 2016/17

 

Where?Seminárium B2, Benátská 2, Praha 2

When?Thursday, 12:20-14:40.

Who? Miroslav Kolařík (katedra botaniky Přf UK/MBÚ AVČR)

       Milan Gryndler (MBÚ AVČR)

       Ondřej Koukol (katedra botaniky Přf UK)

       Karel Prášil (katedra botaniky Přf UK)

       Jan Holec (Národní Muzeum v Praze)

 

1. Introduction and organismal level

1.1. History of fungal classification and their position in tree of the tree of live

1.2. Vegetative thalus, dimorphism, polymorphism, pleomorphism

1.3. Sexual reproduction and associated morphological structures

1.4. Asexual reproduction and associated structures, conidiogenesis

     1. lesson (Prášil) 6.10.

 

2. FUNGAL PHYSIOLOGY

2. 1. Introduction, nutrient income, physiology, transport. Fungi and heavy metals.

           3. lesson (Gryndler) 13. 10

2. 2. Physiology of growth and reproduction.

       4. lesson (Gryndler)  20.10

2.3. Effect of physical and chemical characters on fungi.
2.4. Communication between fungi and with their environment.

           5. lesson (Gryndler) 27.10

 

3. FUNGAL ECOLOGY  

3. 1. Decomposition of litter and wood. Soil, excrement, keratinophylic and anthracophylic fungi. Rock fungi. Aquatic fungi.

        6. lesson (Koukol) 3.11

3.2 Endophyte and other symbiosis with plants. Trophic interactions with bacteria, protists, invertebrates and vertebrates. Nematophagous fungi and fungi associated with insect. Competition in fungi.

        7. lesson (Koukol) 10.11

3.3 Fungi and humans, biotechnology, fungi in silico. Fungi versus technology - contamination and degradation.

        8. lesson (Koukol) 17.11

 

4. BIODIVERSITY OF FUNGI

4.1. Fungal diversity of fungi in Czech R, Europe and worldwide. Methods used in diversity inventories.

4.2. Species numbers in relation to various habitats and geographical regions.

4.3. Factors affecting fungal diversity on various levels.

           2. lesson (Holec)  24.11

 

5. FUNGAL GENETICS

5. 1. Genetics of sexual reproduction.

5. 2. Genetics of asexual reproduction. Parasexual cycle.

          9. lesson (Kolařík) 1.12

5.3. Fungal genome. Flow cytometry in mycology.

5.4. Fundamentals of molecular taxonomy, isolation of fungal DNA. Molecular markers used.

           10. lesson (Kolařík)8.12

5.5. PCR fingerprinting. Environmental sample analysis.

         11. lesson (Kolařík) 15.12

 5.6. Genes used in molecular taxonomy and identification. Paralogs. Databases. Hybridization.

          12. lesson (Kolařík) 5.1