Pokročilé metody hodnocení sekvencí DNA a multilokusových dat - MB120P143

• Anglický název: Advanced methods in DNA sequence and mulilocus data analyses
• Český název: Pokročilé metody hodnocení sekvencí DNA a multilokusových dat
• Zajišťuje: Katedra botaniky (31-120)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2019
• Semestr: zimní
• E-Kredity: 3
• Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
• Rozsah, examinace: zimní s.:1/2, Z+Zk [HT]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Poznámka: povolen pro zápis po webu
• Garant: RNDr. Filip Kolář, Ph.D.
• Vyučující: Juan Manuel de Gorospe Ballesteros; Mgr. Tomáš Fér, Ph.D.; Martha Kandziora, Dr. rer. nat.; RNDr. Filip Kolář, Ph.D.; Nelida Maria Padilla Garcia, Ph.D.; doc. Mgr. Pavel Škaloud, Ph.D.; Mgr. Eliška Záveská, Ph.D.

Anotace

čeština

Poslední úprava: RNDr. Filip Kolář, Ph.D. (04.10.2023)

Cílem kurzu je naučit studenty samostatně zpracovat soubor molekulárních dat (takových které mohou reálně získat při řešení magisterské/dizertační práce) a výsledky interpretovat v souladu s biologickým pozadím daného problému. Kurz je zaměřen na základní i odvozené analýzy sekvenčních a multilokusových dat běžně užívaných v současné evoluční biologii: sekvence DNA, vč. mnoha=genových stromů získaných analýzou transkriptomů nebo target-capture metodami, mikrosatelity, SNPs. V průběhu semestru si student vyzkouší samostatnou práci se vzorovými datasety - k dispozici bude mít jednoduché návody a konzultace s vyučujícími (6 čtyřhodinových bloků).
Kurz je určen především pokročilým studentům magisterského stupně a začínajícím doktorandům, kteří již mají teoretický základ o metodách analýzy molekulárních dat.

Kurz poběží v angličtině, polo-blokově vzdy půlden v pátek 9:00 - 13:00. Blizsi informace vcetne rozpisu terminu viz https://www.plantecologicalgenomics.cz/advanced-methods-in-dna-sequence-and-mulilocus-data-analyses-mb120p143/

angličtina

Poslední úprava: RNDr. Filip Kolář, Ph.D. (04.10.2023)

The main aim is to learn how to perform an independent analysis of a dataset of molecular markers in an extent faced by students during their research work. The core of the work is thus hands-on practical experience with analysis of empirical data, supervised by the teachers - the format is approximating real work on own data generated during their independent research work (e.g. during master or PhD project). Sample datasets will be always provided, an analysis of own data in the project work is possible and welcomed but not required. Previous experience with scripting / R environment is welcome but not strictly required.

Course will be taught in English, in six half-days blocks on Fridays 9:00-13:00. For more info incl actual schedule see https://www.plantecologicalgenomics.cz/advanced-methods-in-dna-sequence-and-mulilocus-data-analyses-mb120p143/

Literatura

čeština

Poslední úprava: RNDr. Filip Kolář, Ph.D. (04.10.2023)

Hall BG (2011) Phylogenetic trees made easy. 4th edition. Sinauer
Hartl DL & Clark AG (2007): Principles of Population Genetics. 4th edition. Sinauer

Požadavky ke zkoušce

čeština

Poslední úprava: RNDr. Filip Kolář, Ph.D. (14.09.2021)

V průběhu kurzy student/ka vypracuje "projekt" - samostatnou analýzu a interpretaci konkrétního reálného datasetu - a v průběhu jednoho z kurzů jej odprezentuje ostatním účastníkům kurzu (vlastní data výhodou, ale ne nutností). Zápočet se uděluje za vhodně zpracovaný a prezentovaný "projekt".

angličtina

Poslední úprava: RNDr. Filip Kolář, Ph.D. (14.09.2021)

Every student selects a topic and will run such a "homework project" i. e. will process a provided sample/own dataset using the presented tools and share their results with others during a short presentation. Credits will be given for the presentation of such own project work.

 

Vstupní požadavky

čeština

Poslední úprava: RNDr. Filip Kolář, Ph.D. (26.08.2013)

Přihlášení studenti by měli mít základní teoretické znalosti o analýze sekvenčních a multilokusových molekulárních dat, tvorbě fylogenetických stromů a populační genetice. Před přihlášením je vhodné mít absolvovaný alespoň jeden z následujících kurzů: Využití molekulárních markerů v systematice a pop. biol. rostlin (MB120P44, T. Fér), nebo Kladistika a další metody rekonstrukce evoluce (MB120P83, K. Marhold) nebo Molekulární taxonomie (MB160P21, V. Hampl)

angličtina

Poslední úprava: RNDr. Filip Kolář, Ph.D. (26.10.2019)

Enrolled students should have basic theoretical knowledge of DNA sequence and multilocus molecular data analysis, phylogenetic tree construction and population genetics.
 Before enrolling, it is advisable to have completed at least one of the following courses: Use of molecular markers in systematics and pop. biol. of plants (MB120P44, T. Fér), 
or Cladistics and other methods of reconstruction of evolution (MB120P83, K. Marhold) or Molecular taxonomy (MB160P21, V. Hampl)