Základy praktické bioinformatiky - GBN018

• Anglický název: Introduction to applied Bioinformatics
• Zajišťuje: Katedra biochemických věd (16-16160)
• Fakulta: Farmaceutická fakulta v Hradci Králové
• Platnost: od 2022
• Semestr: letní
• Body: 0
• E-Kredity: 2
• Způsob provedení zkoušky: letní s.:
• Rozsah, examinace: letní s.:0/28, Z+Zk [HS]
• Počet míst: neurčen / neurčen (30)
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Způsob výuky: prezenční
• Způsob výuky: prezenční
• Je zajišťováno předmětem: GF332
• Vysvětlení: 1.ZBN - akreditace
• Poznámka: předmět je možno zapsat mimo plán; povolen pro zápis po webu
• Garant: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D.
• Patří mezi: 1.ročník 2023/24 BLDZ volitelné

Anotace

Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)

Bioinformatika je mezioborová disciplína zabývající se ukládáním, tříděním, analýzou a interpretací souborů biologických dat. V rámci předmětu Základy praktické bioinformatiky se studenti dozvědí o možnostech využití dostupných bioinformatických databází a programů. Prakticky se studenti naučí vyhledávat informace a sekvenční data a seznámí se s možnostmi jejich využití. Tento předmět je založen hlavně na praktické práci u počítače a samostatném vyzkoušení různých webových aplikací. Probíraná témata zahrnují: vyhledávání literatury, databáze proteinových a nukleotidových sekvencí, porovnávání sekvencí a analýza jejich vlastností, hledání podobných sekvencí, restrikční analýza, návrh primerů, specializované databáze atd.

Podmínky zakončení předmětu

Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)

Získání zápočtu je podmíněno docházkou (alespoň 80%), zpracováním a odevzdáním všech krátkých cvičení probíraných na seminářích (odevzdání prostřednictvím Moodle).

Zkouška probíhá písemně u počítačů zpracováním zadaného souboru úkolů (s možností využít všech dostupných materiálů).

Literatura

Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)

Recommended:

• Selzer, Paul M. Marhöfer, Richard J., Koch, Oliver (eds.). Applied bioinformatics : an introduction. New York, NY: Springer Berlin Heidelberg, 2018, 183 s. ISBN 978-3-319-68299-0.
• Cvrčková, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 148 s. ISBN 80-200-1360-1.
• null. . In Slabý, Ondřej. Molekulární medicína . null: null, 2015, s. -. ISBN 978-80-7492-121-6..

Sylabus

Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)

1. Možnosti vyhledávání dostupné literatury

• UKAŽ, Pubmed, Web of Science, Scopus

• citační programy (Web EndNote, EndNote, Mendeley)

• impakt faktor, H-index, predátorské časopisy

2.-4. Proteiny

• proteinové databáze a vyhledávání sekvencí

• formáty sekvencí a manipulace se sekvencemi

• vlastnosti sekvencí, predikce domén a transmembránových úseků

• porovnávání sekvencí, párové, mnohonásobné, vyhledání podobných sekvencí (BLAST), konstrukce fylogenetických stromů

5.-9. Nukleové kyseliny

• databáze DNA sekvencí

• analýza nukleotidové sekvence, vyhledání polymorfismů, restrikční analýza, klonování in silico

• návrh primerů pro různé aplikace (qPCR, mutageneze)

• hledání a identifikace genů, analýza „neznámých“ sekvencí, identifikace otevřeného čtecího rámce 

10. Genomové projekty - přístup k databázím, vyhledávání podobných genů

11. mikroRNA databáze - vyhledávání sekvencí, vyhledávání cílových genů

12. Specializované databáze - Expression Atlas, Enzyme apod.