Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)
Bioinformatika je mezioborová disciplína zabývající se ukládáním, tříděním, analýzou a interpretací souborů biologických dat. V rámci předmětu Základy praktické bioinformatiky se studenti dozvědí o možnostech využití dostupných bioinformatických databází a programů. Prakticky se studenti naučí vyhledávat informace a sekvenční data a seznámí se s možnostmi jejich využití. Tento předmět je založen hlavně na praktické práci u počítače a samostatném vyzkoušení různých webových aplikací. Probíraná témata zahrnují: vyhledávání literatury, databáze proteinových a nukleotidových sekvencí, porovnávání sekvencí a analýza jejich vlastností, hledání podobných sekvencí, restrikční analýza, návrh primerů, specializované databáze atd.
Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)
Bioinformatics is an interdisciplinary field of science dealing with the storage, classification, analysis, and interpretation of biological data. In the subject Introduction to Applied Bioinformatics, students learn about possibilities of how to find and use bioinformatics databases and tools. This subject is focused mainly on practical usage and training of various web-based programs and software tools.
Topics include scientific literature search, protein and nucleotide sequences databases, sequences comparison and their feature analysis, restriction analysis, primer design, specialized databases, etc.
Podmínky zakončení předmětu -
Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)
Zápočet: absolvování seminářů (povoleny dvě absence) + vypracování domácích úkolů
Zkouška: písemně (u počítače)-nutno napsat alespoň na 50%
Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)
Credits are obtained based on presence (at least 80%), all homeworks hand.
The exam is written by the computer (possible to use all materials from lectures).
Literatura -
Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (04.10.2021)
Doporučená:
. . In Selzer, Paul M. Marhöfer, Richard J., Koch, Oliver (eds.). Applied bioinformatics : an introduction . New York, NY: Springer Berlin Heidelberg, 2018, s. -. ISBN 978-3-319-68299-0..
Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (27.09.2021)
Obligatory:
. . In Selzer, Paul M. Marhöfer, Richard J., Koch, Oliver (eds.). Applied bioinformatics : an introduction . New York, NY: Springer Berlin Heidelberg, 2018, s. -. ISBN 978-3-319-68299-0..
Sylabus -
Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)
1. Možnosti vyhledávání dostupné literatury
UKAŽ, Pubmed, Web of Science, Scopus
citační programy (Web EndNote, EndNote, Mendeley)
impakt faktor, H-index, predátorské časopisy
2.-4. Proteiny
proteinové databáze a vyhledávání sekvencí
formáty sekvencí a manipulace se sekvencemi
vlastnosti sekvencí, predikce domén a transmembránových úseků