R pro život - MB162P13

• Anglický název: R for life
• Český název: R pro život
• Zajišťuje: Katedra botaniky (31-120)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2024
• Semestr: zimní
• E-Kredity: 2
• Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
• Rozsah, examinace: zimní s.:1/1, Z+Zk [HT]
• Počet míst: 50
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Další informace: https://dl2.cuni.cz/course/view.php?id=5715
• Poznámka: povolen pro zápis po webu; při zápisu přednost, je-li ve stud. plánu
• Garant: Mgr. Martin Weiser, Ph.D.
• Vyučující: Mgr. Anna Tószögyová, Ph.D.; Mgr. Martin Weiser, Ph.D.
• Neslučitelnost : MB120P147E
• Je neslučitelnost pro: MB120P147E, MB120C15E, MB120C15

Anotace

čeština

Hlavním cílem kurzu je zbavit účastníky strachu z programování; ukázat, že programování může efektivně používat každý
(R je intuitivní a "blbuvzdorné"), a to pro řešení běžných problémů; naučit účastníky základům programování v R; dále
ukázat, že pomocí R se dá dělat mnohem více věcí než jen statistika (např. práce s grafikou, databázemi, simulacemi, GIS).
Cílová skupina není nijak vymezena ročníkem studia ani studijním programem, nicméně předpokládáme že účastníci budou
biologové s elementárním ponětím o tom, jak se v oboru pracuje s daty a co je to graf. Kurz je vhodný pro všechny, kteří si
chtějí usnadnit práci s počítačem a rozšířit tvůrčí možnosti. Zvláště doporučeno studentům kteří u počítače tráví více než
~3 hodiny denně.

Poslední úprava: Weiser Martin, Mgr., Ph.D. (09.08.2024)

angličtina

The main purpose of the course is to teach participants how to program (in R) and effectively use programming for solving common problems. We would like to show that programming is, in principle, easy and anybody can do it (R is very intuitive). Moreover, we would like to demonstrate that R is not just statistics but can be used to work with graphics, databases, simulations or GIS.
We intend to make the course comprehensible for all students, there are no restrictions concerning year, degree or programme. However, we assume that the attendants will be mostly biologists with elementary experience with biological data and with simple graphs. The course is especially suitable for all who spend more than ~3 hours a day working with computer.

If you are interested in the English version of the course, look at the MB120P147E - "R for life", or MB120C15 - "Flash R course" if you are in hurry.

Poslední úprava: Weiser Martin, Mgr., Ph.D. (09.08.2024)

Literatura

čeština

Grolemund G (2014) Hands-On Programming with R. O'Reilly (https://rstudio-education.github.io/hopr/)
Crawley MJ (2007) The R book. John Wiley & Sons. (vyšlo i druhé vydání)
Venables WN & Smith DM (2008) An introduction to R. R development core team.
http://www.r-project.org

Poslední úprava: Weiser Martin, Mgr., Ph.D. (09.08.2024)

angličtina

Grolemund G (2014) Hands-On Programming with R. O'Reilly (https://rstudio-education.github.io/hopr/)
Crawley MJ (2007) The R book. John Wiley & Sons. (second edition exists already)
Venables WN & Smith DM (2008) An introduction to R. R development core team.
http://www.r-project.org

Poslední úprava: Weiser Martin, Mgr., Ph.D. (09.08.2024)

Požadavky ke zkoušce

čeština

Zápočet je udělován na základě písemného testu (práce s daty, řešení problémů, řízení směrování kódu).  Lze získat dodatečné body v testech v průběhu semestru.
Zkouška je udělena za naprogramování funkčního programu, který student krátce představí. Očekáváme, že student bude schopen program popsat a vysvětlit mechanismus jeho fungování. Kvalita a funkčnost zkouškového programu musí překonávat příklady z hodin. Zisk zápočtu musí předcházet finálnímu představení programu (zkoušce), ale vítáme průběžné konzultace.

Poslední úprava: Weiser Martin, Mgr., Ph.D. (09.08.2024)

angličtina

"Zápočet" is based on the test (written exam) score. Extra points are available via tests completed throughout the semester.

"Zkouška" is based on the own code (program) the student makes. The code is supposed to solve a selected problem and the student is supposed to explain its purpose and inner mechanisms in detail. The code is expected to exceed the complexity and functionality of the examples presented during the lectures or in the suggested textbooks. The meeting when a student presents the code ("Zkouška") happens after the students completes "Zápočet", not earlier, but we welcome consultations prior to that.

Poslední úprava: Weiser Martin, Mgr., Ph.D. (09.08.2024)

Sylabus

čeština

Proběhne jako interaktivní přednáška (s počítači), při které budou představeny základy práce s daty, grafikou a programování v R (prostě takové ty základní, nestatistické kejkle). Tato část volně koresponduje s kapitolami 1-5 v Crawley (2007).

Témata teoretické části:

1. Úvod do R. Nápověda a literatura. Prostředí R a specifické fígle; R-editor, RStudio; import a export dat z/do různých souborů. Základní syntaxe, operátory, znaménka, závorky.

2. Základní struktury v R. Proměnné, vektory, matice, data frames, arrays, strings, characters vs. numbers. Indexování jako zcela zásadní věc.

3. Stručný ?bestiář" některých zásadních funkcí. Generování náhodných čísel. Operace s vektory a maticemi (sample, order, sort, diff, max, min, unique, sums, which, ...). Operace s řetězci. Základní matematické operace.

4. Paní skriptů a programování - velmi důležité, budeme se tomu snažit dost věnovat. Funkce, argumenty funkce. Control flow & smyčky (if, else, for, while, repeat). Funkce uvnitř funkcí.

5. Dobré zvyklosti při programování.

6. Vizualizace a grafika v R. Obecné zásady vizualizace dat. Plot, lines, points, abline, text, image, par atd. jako nástroje na vizualizaci prakticky čehokoliv. Lattice (Trellis) graphics. Propojení grafiky a programování - kreslení a animace v R.

Poslední úprava: Weiser Martin, Mgr., Ph.D. (09.08.2024)

angličtina

An interactive lecture (with computers). We will introduce basics of work with data, graphics and programming in R (all the non-statistical tricks). This part roughly corresponds with chapters 1-5 in Crawley (2007).

Topics of the theoretical part:

1. Introduction to R. Help and literature. R environment and specifics of R. R-editor, RStudio; data import and export, basics of syntax, operators, signs and brackets.

2. Basic structures in R. Variables, vectors, matrices, data frames, arrays, strings, characters vs. numbers. Indexes as a crucial concept.

3. Brief "bestiary" of some useful functions. Random number generation. Operations with vectors and matrices (sample, order, sort, diff, max, min, unique, sums, which). Operations with strings. Basic mathematical functions.

4. Scripting and programming (code writing). Most important, we will dedicate extra time to make sure anybody understand this.
Functions, arguments of functions. Control flow & loops (if, else, for, while, repeat). Functions within/inside function.

5. Good programming practice.

6. Data visualisation and graphics in R. Good practice in data visualization. Plot, lines, points, abline, text, image, par etc. as tools to visualize nearly anything. Lattice (Trellis) graphics. Connection of graphics and programming ? drawing and animations in R.

Poslední úprava: Weiser Martin, Mgr., Ph.D. (09.08.2024)