Parazitologické laboratorní techniky - MB160C34

• Anglický název: Parasitological Laboratory Techniques
• Český název: Parazitologické laboratorní techniky
• Zajišťuje: Katedra parazitologie (31-161)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2021 do 2023
• Semestr: zimní
• E-Kredity: 4
• Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
• Rozsah, examinace: zimní s.:0/4, Z [HT]
• Počet míst: 16
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Poznámka: povolen pro zápis po webu
• Garant: doc. RNDr. Ivan Hrdý, Ph.D.
• Vyučující: RNDr. Jana Brzoňová, Ph.D.; doc. RNDr. Ivan Hrdý, Ph.D.; RNDr. Nikola Polanská, Ph.D.

Anotace

čeština

Základní laboratorní kurz seznamující s metodami experimentální biologie specificky používanými v parazitologii i v jiných experimentálních oborech. Předmětem praktik je mj. demonstrace a nácvik kultivačních technik, manipulace s laboratorními hlodavci, axenizace a klonování prvoků, příprava nativních a trvalých preparátů pro diagnostiku a cytologii, izolace DNA, ELISA a PCR v diagnostice, příprava a značení preparátů pomocí nepřímé immunofluorescence, izolace rekombinantních proteinů, elektroforetické metody aj. Předmět je vhodný především pro studenty 3. ročníku bakalářského studia, kteří plánují magisterské studium na katedře parazitologie a ještě nemají extenzivní zkušenosti s prací v laboratoři.

Studenti musí mít během praktika laboratorní plášť a předem se musí seznámit s aktuálními proticovidovými opatřeními na stránce https://www.natur.cuni.cz/fakulta/aktuality/archiv-2020/koronavirus-odkazy-na-oficialni-zdroje-informaci-a-zavazne-pokyny


Pozor: V roce 2021 praktikum zahájí ve středu 6. října.

Poslední úprava: Hrdý Ivan, doc. RNDr., Ph.D. (02.09.2024)

angličtina

Basic parasitological and general experimental laboratory methods including staining procedures (preparation and staining of blood smears according to Giemsa-Romanowski or using Dade Diff-Quik), handling of laboratory mice, cultivation techniques (maintenance of axenic cultures, cell counting and cloning, growth and axenization experiments, calculation of growth parameters), immunological methods (ELISA, indirect immunofluorescence), DNA isolation, diagnostic PCR, isolation of recombinant protein, electrophoretic methods etc.

Poslední úprava: Hrdý Ivan, doc. RNDr., Ph.D. (02.09.2024)

Literatura

čeština

studenti dostávají (každý přítomný) na každém praktiku xeroxované návody k úlohám

http://web.natur.cuni.cz/parasitology/vyuka/para_lab_techniky_Hrdy/Parazitol_lab_tech_Hrdy.htm

Poslední úprava: Hrdý Ivan, doc. RNDr., Ph.D. (02.09.2024)

angličtina

Printed protocols for actual methds and tasks are provided to every student at the course.

 

http://web.natur.cuni.cz/parasitology/vyuka/para_lab_techniky_Hrdy/Parazitol_lab_tech_Hrdy.htm

Poslední úprava: Hrdý Ivan, doc. RNDr., Ph.D. (02.09.2024)

Požadavky ke zkoušce

čeština

Aktivní účast na praktiku, maximálně 1 omluvená absence. V závislosti na průběhu praktik může být aplikován závěrečný zkušební test, jehož úspěšné splnění bude podmínkou zápočtu.

Poslední úprava: Hrdý Ivan, doc. RNDr., Ph.D. (02.09.2024)

angličtina

Active presence at the course is required. One justified absence is acceptable. Final test may be required, in relation to the performance of the students during the course.

Poslední úprava: Hrdý Ivan, doc. RNDr., Ph.D. (02.09.2024)

Sylabus

čeština

Technika suchých nátěrů, manipulace s laboratorní myší

- krevní roztěr, tlustá kapka
- nátěry z kultur prvoků (trichomonády)
- barvení suchých nátěrů metodou Giemsy-Romanowského
- rychlé barvení Dade Diff-Quik
- manipulace s laboratorní myší, pasážování Trypanosoma brucei, Plasmodium berghei
- zmražovací techniky, kryoprezervace prvoků

Fluorescenční barvící metody

- vitální barvení acridinovou oranží
- jaderné barvení Hoechstem nebo DAPI
- fluorescenční sondy citlivé k pH
- značení FITC
- imunofluorescence

Základní kultivační technika

- příprava zásobních roztoků antibiotik
- izolace axenické kultury Tritrichomonas foetus pomocí migrační rourky
- pasážování axenických kultur, zkouška sterility

Klonování

- izolace klonů zřeďovací metodou (Tetrahymena pyriformis)
- izolace klonů metodou mezního ředění (Trichomonas vaginalis)
- izolace klonů bičíkovců z čeledi Trypanosomatidae na agarových plotnách

Kvantitativní práce s prvoky

- práce s Burkerovou počítací komůrkou
- výpočet koncentrace buněk
- kvantitativní nasazení růstového pokusu
- vyhodnocení růstového pokusu

ELISA

- využití v diagnostice
- test na přítomnost protilátek proti Toxoplasma gondii

PCR

- využití v diagnostice
- test na přítomnost lidských patogenů/komensálů
- detekce DNA na gelech
- elektroforetické metody

Příprava a izolace rekombinantního proteinu

- práce s bakteriální kulturou, podmínky indukce a exprese cizorodého proteinu
- izolace proteinu v nativní a denaturované formě afinitní chromatografií
- analýza proteinového vzorku elektroforézou
- elektroforetické metody

Experimentální sání na modelu Trypanosoma culicavium – Culex p. quinquefasciatus

-příprava kultury, počítání v komůrce, ředění kultury
-deaktivace krve v teplé lázni, příprava krmítka s membránou
-sání
-pitva dříve nasátých komárů
-fixace a barvení pozitivních preparátů 

V roce 2020 bude zavedena další úloha týkající se helmintologie.

Poslední úprava: Hrdý Ivan, doc. RNDr., Ph.D. (02.09.2024)

angličtina

Staining methods, manipulation with laboratory mouse

 

- blood smear, thick drop

- staining of dry smears by Giemsy-Romanowski method

- fast staining by Dade Diff-Quik

- manipulation with laboratory mouse, infection with Trypanosoma brucei, Plasmodium berghei

 

Fluorescent staining methods

 

- vital staining with acridine orange

- nuclear staining by Hoechst or DAPI

- pH sensitive fluorescent probes

- FITC labeling

- immunofluorescence on wet mounts

 

Basic cultivation techniques

 

- preparation of antibiotic stock solutions

- isolation of the Tritrichomonas foetus axenic culture using a migration tube

- passage of axenic cultures, sterility test

- freezing techniques, cryopreservation of protozoa

 

 Cloning

 

- Isolation of clones by dilution method (Tetrahymena pyriformis)

- isolation of clones by limiting dilution method (Trichomonas vaginalis)

- isolation of clones on agar plates (Crithidia fasciculata)

 

Quantitative work with protists

 

- Work with Burker's counting chamber

- calculation of cell concentration

- evaluation of the growth experiment, calculation of doubling time from growth curves

 

ELISA

 

- use in diagnostics

- test for the presence of antibodies against Toxoplasma gondii

 

PCR

 

- use in diagnostics

- PCR test for human pathogens / commensals

- DNA isolation methods

- DNA electrophoresis, visualization

 

Preparation and isolation of recombinant protein

 

- work with bacterial culture, conditions of induction and expression of foreign protein

- protein isolation in native and denatured form by affinity chromatography

- analysis of protein sample by electrophoresis

- electrophoretic methods

 

In 2020, new methods will be introduced from the insect vector and helminthology fields.

Poslední úprava: Hrdý Ivan, doc. RNDr., Ph.D. (02.09.2024)