|
|
|
||
Poslední úprava: doc. RNDr. Radovan Fišer, Ph.D. (14.02.2024)
|
|
||
Poslední úprava: doc. RNDr. Radovan Fišer, Ph.D. (02.02.2021)
Materiály k předmětu budou aktualizovány v prostředí Moodle https://dl2.cuni.cz/ Online přednášky a cvičení budou probíhat pomocí systému Zoom. Studenti budou mít k dispozici nahrávky přednášek. On-line zdroje: |
|
||
Poslední úprava: doc. RNDr. Radovan Fišer, Ph.D. (14.02.2024)
Průběžné testy Během cvičení se vyplňují online celkem 3 průběžné testy (A, B, C), jejichž výsledky se projeví na výsledné známce. Rozpis výuky: -- 21.02.2024 << výuka zrušena !!
Student má povinnost absolvovat alespoň jeden průběžný test! Na "výsledku" průběžného testu nezáleží, alespoň jedna účast je však povinná. Průběžné testy online proběhnou vždy od 13:10 (nebo od 18:30, časy budou předem nahlášeny). Jiné náhradní termíny pro průběžné testy nejsou možné. Výsledné známky "výborně" lze dosáhnout i bez průběžných testů. Průběžný test má stejnou strukturu, jako zkouška. Jen probíhá výhradně online.
Zkouška se koná formou testu z následujích dvou částí: 1) V online části zkoušky bude zadána jednoduchá práce s modely ve formátu PDB (program PyMOL, prostředí Moodle). 2) V prezenční části zkoušky se bude vyplňovat test z následujících témat: Vzorce, názvy a zkratky podjednotek a prekurzorů nukleových kyselin odvozených od majoritních bází. Prostorové uspořádání a vlastnosti těchto struktur, keto-enol, amino-imino tautomery, číslování atomů a značení torzních úhlů, analogy bází, mutabilita, hydratace, vodíkové můstky, Watson-Crickovy páry bází. Kódované aminokyseliny - názvy, třípísmenové zkratky, strukturní vzorce, disociace a asociace, přibližné hodnoty pKa skupin a jejich názvy, kyselé, bázické neutrální aminokyseliny, polární a nepolární, aromatické, obsahující S, -OH a různé další skupiny. Chiralita, vodíkové můstky a hydratace, peptidická a isopeptidická vazba, mesomerie. Základní pojmy, vzorce a drobné úlohy k řešení okolo struktury a vlastností biopolymerů, metody pro analýzu a separaci biopolymerů. Načasování této hybridní zkoušky (například): Na známce se projeví následující výsledky: A = 1. průběžný test -> max. 7 bodů Pokud je Z > 60, pak platí: Pokud je Z < 60, pak platí: Známky: X > 90 => známka 1 Znamená to tedy, že kdo neprojde testem při zkoušce (X<60), průběžné testy mu nepomohou. Ostatním se může zlepšit známka vlivem průběžných testů. Cvičení Účast na cvičení není povinná, s výjimkou vyplnění alespoň jednoho průběžného testu. Výuka je doplněna úlohami zadávanými během cvičení v prostředí Moodle. Řešení těchto úloh (mimo testy) není nutné, ale je vhodné. Některé otázky u zkoušky budou na úlohy z Moodlu přímo navazovat. |
|
||
Poslední úprava: doc. RNDr. Radovan Fišer, Ph.D. (16.01.2023)
Přednáška bude nahrávána vyučujícím (zvuk + promítaný obraz). Tyto materiály budou přístupné on-line. TÉMATA: Struktura a vlastnosti DNA, RNA a jejich stavebních podjednotek Konformační polymorfismus, sekvenční polymorfismus, strukturní anomálie a topologie DNA
Sanovení molární hmotnosti proteinových molekul Přehled separačních a purifikačních technik Sedimentační analýza biopolymerů, metoda pohyblivého rozhraní, diferenciální, izokinetická a izopyknická centrifugace Stanovení koncentrace informačních biopolymerů (spektrofotometrie, fluorimetrie a kolorimetrie) Detaily kvantitativní polymerázové řetězové reakce (Real-time PCR neboli qPCR) Sekvenování DNA, RNA a proteinů Určování struktury a interakcí DNA, RNA a proteinů (základy využítí MS, NMR, RTG-difrakce) Velká část praktických cvičení využívá program PyMOL. Je vhodné nosit s sebou na cvičení vlastní notebook (vyučující ohlásí předem, kdy to ne/bude potřeba). |