PředmětyPředměty(verze: 953)
Předmět, akademický rok 2023/2024
   Přihlásit přes CAS
Pokročilé metody hodnocení sekvencí DNA a multilokusových dat - MB120P143
Anglický název: Advanced methods in DNA sequence and mulilocus data analyses
Český název: Pokročilé metody hodnocení sekvencí DNA a multilokusových dat
Zajišťuje: Katedra botaniky (31-120)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2019
Semestr: zimní
E-Kredity: 3
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:1/2, Z+Zk [HT]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
4EU+: ne
Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Poznámka: povolen pro zápis po webu
Garant: RNDr. Filip Kolář, Ph.D.
Vyučující: Juan Manuel de Gorospe Ballesteros
Mgr. Tomáš Fér, Ph.D.
Martha Kandziora, Dr. rer. nat.
RNDr. Filip Kolář, Ph.D.
Nelida Maria Padilla Garcia, Ph.D.
doc. Mgr. Pavel Škaloud, Ph.D.
Mgr. Eliška Záveská, Ph.D.
Anotace -
Cílem kurzu je naučit studenty samostatně zpracovat soubor molekulárních dat (takových které mohou reálně získat při řešení magisterské/dizertační práce) a výsledky interpretovat v souladu s biologickým pozadím daného problému. Kurz je zaměřen na základní i odvozené analýzy sekvenčních a multilokusových dat běžně užívaných v současné evoluční biologii: sekvence DNA, vč. mnoha=genových stromů získaných analýzou transkriptomů nebo target-capture metodami, mikrosatelity, SNPs. V průběhu semestru si student vyzkouší samostatnou práci se vzorovými datasety - k dispozici bude mít jednoduché návody a konzultace s vyučujícími (6 čtyřhodinových bloků).
Kurz je určen především pokročilým studentům magisterského stupně a začínajícím doktorandům, kteří již mají teoretický základ o metodách analýzy molekulárních dat.

Kurz poběží v angličtině, polo-blokově vzdy půlden v pátek 9:00 - 13:00. Blizsi informace vcetne rozpisu terminu viz https://www.plantecologicalgenomics.cz/advanced-methods-in-dna-sequence-and-mulilocus-data-analyses-mb120p143/
Poslední úprava: Kolář Filip, RNDr., Ph.D. (04.10.2023)
Literatura -

Hall BG (2011) Phylogenetic trees made easy. 4th edition. Sinauer
Hartl DL & Clark AG (2007): Principles of Population Genetics. 4th edition. Sinauer

Poslední úprava: Kolář Filip, RNDr., Ph.D. (04.10.2023)
Požadavky ke zkoušce -

V průběhu kurzy student/ka vypracuje "projekt" - samostatnou analýzu a interpretaci konkrétního reálného datasetu - a v průběhu jednoho z kurzů jej odprezentuje ostatním účastníkům kurzu (vlastní data výhodou, ale ne nutností). Zápočet se uděluje za vhodně zpracovaný a prezentovaný "projekt".

Poslední úprava: Kolář Filip, RNDr., Ph.D. (14.09.2021)
Vstupní požadavky -

Přihlášení studenti by měli mít základní teoretické znalosti o analýze sekvenčních a multilokusových molekulárních dat, tvorbě fylogenetických stromů a populační genetice. Před přihlášením je vhodné mít absolvovaný alespoň jeden z následujících kurzů: Využití molekulárních markerů v systematice a pop. biol. rostlin (MB120P44, T. Fér), nebo Kladistika a další metody rekonstrukce evoluce (MB120P83, K. Marhold) nebo Molekulární taxonomie (MB160P21, V. Hampl)

Poslední úprava: Kolář Filip, RNDr., Ph.D. (26.08.2013)
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK