PředmětyPředměty(verze: 953)
Předmět, akademický rok 2023/2024
   Přihlásit přes CAS
Zpracování a prezentace dat v ekologické a evoluční biologii - MB120C77A
Anglický název: Data processing and presentation in ecological and evolutionary biology
Český název: Zpracování a prezentace dat v ekologické a evoluční biologii
Zajišťuje: Katedra botaniky (31-120)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2022
Semestr: zimní
E-Kredity: 2
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:0/2, Z [HT]
Počet míst: 10
Minimální obsazenost: neomezen
4EU+: ne
Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Další informace: http://botany.natur.cuni.cz/algo/
Poznámka: povolen pro zápis po webu
Garant: doc. Mgr. Pavel Škaloud, Ph.D.
Vyučující: Mgr. Jana Kulichová, Ph.D.
doc. Mgr. Pavel Škaloud, Ph.D.
Anotace -
Hlavními cíli předmětu jsou i) základní seznámení studentů se všemi základními aspekty bádání v ekologické a evoluční biologii a porozumění prezentovaným výstupům vědeckých projektů, a ii) procvičení vlastního zpracování a prezentace dat. Předmět má tudíž dvě hlavní roviny (v té první budeme aktivnější my, v té druhé zase vy), které se budou během semestru víceméně prolínat a střídat.

V době koronavirové je předmět vyučován hybridní formou on-line prezentací a individuálních konzultací:

Připojit se přes Google Meet: https://meet.google.com/jbv-rwoc-kwz
Sledovat on-line přenos: https://stream.meet.google.com/stream/1bc26dab-0fe4-4f5c-b5e1-7601a0a71523
Poslední úprava: Škaloud Pavel, doc. Mgr., Ph.D. (26.09.2020)
Literatura -

V rámci předmětu je důraz kladen na samostatné vyhledávání informací s použitím online zdrojů.

Poslední úprava: Škaloud Pavel, doc. Mgr., Ph.D. (08.09.2019)
Požadavky ke zkoušce -

Podmínkou splnění kurzu je aktivní účast a úspěšné vypracování dílčích úkolů.

Poslední úprava: Kulichová Jana, Mgr., Ph.D. (02.12.2011)
Sylabus -

1) Základní metody
- Práce s literaturou a její vyhledávání: internetové informační zdroje (databáze EZB, WOS, databáze NK, archivy starších článků), scientometrie (vyhledávání na WOS, H index) + praktická cvičení s WOS
- Statistické metody - možnosti praktického využití statistických programů v ekologických či taxonomických studiích, jak číst výstupy statistických analýz (např. ordinační diagramy, morfometrické výstupy)
- Molekulární metody – možnosti praktického využití programů pro analýzu sekvenačních dat, jak číst výstupy fylogenetických analýz (typy stromů, bootstrapy, analýzy saturace, sekundární struktury, ...)
- Grafické počítačové programy - zpracování obrazu, tvorba tabulí, metody 3D rekonstrukce objektů
2) Zpracování a prezentace vlastních dat – praktikum psaní vědeckého textu
- Struktura publikace, výběr časopisu, název článku, jak správně citovat. Jak se píše úvod článku/práce – struktura úvodu, čtivost a strukturovanost textu
- Úvod k vlastní bakalářské/diplomové práci: každý student napíše stručný úvod své budoucí práce (max. jedna A4), a zároveň si přečte úvody dvou kolegů. Úvody pak projdeme společně na další hodině
- Obrazová dokumentace dat – každý student shrne nejpodstatnější informaci/výsledek své budoucí práce jedním obrázkem (data si lze klidně zcela vymyslet), který doplní legendou. Opět bude každý posuzovat dva obrázky kolegů. Společně zhodnotíme jak výpovědní hodnotu, tak grafickou zdařilost obrázku
- Diskuse – každý student napíše 1-2 odstavce diskuse vztahující se na úzce vymezené téma. To zvolíme na základě již napsaného úvodu, ke kterému „vygenerujeme“ data (např. úvod bude o tom, že se bude studovat vliv pH na složení bentických krásivek, my „vygenerujeme“ výhradní zastoupení druhu XY v nízkém pH, čemuž se bude věnovat ona krátká diskuse). Každý si pak opět přečte dvě další diskuse, a vše společně zhodnotíme

Poslední úprava: Škaloud Pavel, doc. Mgr., Ph.D. (08.09.2019)
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK