Poslední úprava: doc. MUDr. Marek Bednář, CSc. (10.10.2010)
Během kurzu budou studenti seznámeni s metodami užívanými při průkazu a typizaci původce metodou PCR.
Poslední úprava: Mgr. Alena Vlasáková, DiS. (24.11.2008)
COC
Cíl předmětu -
Poslední úprava: doc. MUDr. Marek Bednář, CSc. (14.07.2011)
Během kurzu budou studenti po krátkém teoretickém úvodu prakticky seznámeni s metodami ppoužívanými k detekci specifického úseku genomu původce přítomného v infekčním vzorku.
Poslední úprava: Mgr. Alena Vlasáková, DiS. (24.11.2008)
COC
Literatura -
Poslední úprava: doc. MUDr. Marek Bednář, CSc. (10.10.2010)
Před vlastním kurzem si studenti osvojí příslušnou část výukového CD (... průkaz přímý>průkaz genetický).
Poslední úprava: Mgr. Alena Vlasáková, DiS. (24.11.2008)
COC
Metody výuky -
Poslední úprava: doc. MUDr. Marek Bednář, CSc. (14.07.2011)
Ústav lékařské mikrobiologie.
Povinně volitelný kurz.
Název kurzu: Průkaz infekčního původce ve vyšetřovaném biologickém materiálu pomocí molekulárně genetických analýz
Číslo kurzu: 5942,6942
PVK proběhne v lékařské diagnostické laboratoři afilovaného pracoviště 3. lékařské fakulty UK Vidia Diagnostika pod dohledem pana RNDr Jaroslava Kőniga. Kurz proběhne ve dvou dnech (některý víkend). Dostupnost: konečná stanice metra B-Černý Most. Pěšky, asi 200m zpět po tubusu metra, výstup prvním schodištěm. Autobusové linky: 141, 386, stanice Poliklinika Cerný Most. Vchod do poliliniky z druhé strany budovy, v sobotu a neděli po ohlášení ve vrátnici, event. na tel č.:605318720, 737852023, vrátnice:728190346. Nutný vlastní pracovní plášť (dodá Ústav lékařské mikrobiologie).
Před vlastním kurzem si studenti osvojí příslušnou část výukového CD (... průkaz přímý>průkaz genetický).
Během kurzu budou studenti po krátkém teoretickém úvodu prakticky seznámeni s metodami: 1) extrakce a purifikace nukleových kyselin z výchozího materiálu (sérum, plasma, moč, stěry) pomocí separačních kolonek nebo paramagneticých částic. 2) reverzní transkripce pro přípravu copy DNA a následnou amplifikaci DNA metodou PCR (endpoint PCR) 3) real time PCR s přímou vizuální detekcí amplifik. produktu změnou hladiny fluorescence, včetně možnosti následného stanovení genotypu z hodnoty MP po kontinuální tep.denaturaci 4) klasické elektroforetické detekce PCR produktu v agarosovém gelu 5) přímé sekvenační analýzy genomu pro určení genotypu pomocí sekvenačního analyzátoru
V druhé části kurzu proběhne závěrečné vyhodnocení a interpretace výsledků.
Během kurzu budou studentům odprezentovány teoretické aspekty prováděných analýz.
Z přístrojů budou použity: Mastercycler (Eppendorf), real time analyzátor Light Cyler 2 (Roche), jedno-kapilárový sekvenátor ABI 310.
Bezpečnost práce s infekčním materiálem bude zajištěna použitím boxů biohazard, pracovním oděvem (plášě dodá Ústav lékařské mikrobiologie) a pracovními rukavicemi (dodáme).
Poslední úprava: Mgr. Alena Vlasáková, DiS. (24.11.2008)
COC
Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: doc. MUDr. Marek Bednář, CSc. (10.10.2010)
Aktivní účast na PVK dle směrnic fakulty.
Poslední úprava: Mgr. Alena Vlasáková, DiS. (24.11.2008)
COC
Sylabus -
Poslední úprava: doc. MUDr. Marek Bednář, CSc. (14.07.2011)
Během kurzu budou studenti po krátkém teoretickém úvodu prakticky seznámeni s metodami: 1) extrakce a purifikace nukleových kyselin z výchozího materiálu (sérum, plasma, moč, stěry) pomocí separačních kolonek nebo paramagneticých částic. 2) reverzní transkripce pro přípravu copy DNA a následnou amplifikaci DNA metodou PCR (endpoint PCR) 3) real time PCR s přímou vizuální detekcí amplifik. produktu změnou hladiny fluorescence, včetně možnosti následného stanovení genotypu z hodnoty MP po kontinuální tep.denaturaci 4) klasické elektroforetické detekce PCR produktu v agarosovém gelu 5) přímé sekvenační analýzy genomu pro určení genotypu pomocí sekvenačního analyzátoru
Poslední úprava: Mgr. Alena Vlasáková, DiS. (24.11.2008)