Epidemiology seeks to determine associations between exposure risk and disease that are spatially dependent. This course offers an introduction to Geographic Information Systems (GIS) and its application in epidemiological research. GIS provides the standard platform for exploring spatial data and is a useful tool to capture, store, analyse, manage, and visualize spatial data. It helps in understanding spatial relationships between our environment and health (The One Health Concept will be considered). The course emphasizes the potential of GIS as an epidemiological analysis tool for describing the magnitude and distribution of health problems and infectious agents, identifying health determinants and sources of infections and supporting health decision-making. Specific topics include epidemiological risk assessment and exploratory analyses of patterns and spread of causative agents of infectious diseases (virus, microorganisms, parasites etc.).
Last update: Mgr. Anna Altová (13.03.2019)
Kurz je věnován úvodu do geoinformačních systémů (GIS) a základním aplikacím GIS v epidemiologických výzkumech. Epidemiologické výzkumy se zabývají vztahy mezi expozicí a onemocněním, které jsou silně prostorově závislé. GIS je standardním a účinným nástrojem pro tvorbu, uchování, správu, analýzu a vizualizaci prostorových dat, který umožňuje porozumět prostorovým vztahům mezi prostředím a zdravím. Uvažován je přitom koncept jednoho zdraví (The One Health Concept). Kurz zdůrazňuje potenciál GIS jako epidemiologického nástroje pro popis a analýzu velikosti a rozmístění zdravotních problémů a původců infekcí, identifikaci zdravotních determinantů a zdrojů nákazy a podporu rozhodování ve prospěch zdraví. Pozornost je také věnována specifickým epidemiologickým tématům, například hodnocení epidemiologického rizika a explorační analýze prostorových vzorců a rozšíření agentů způsobujících infekční nemoci (viry, mikroorganismy, parazité atd.)
Literature -
Last update: Mgr. Anna Altová (13.03.2019)
Required and suggested study materials for each lecture are available in the online system Moodle.
Last update: Mgr. Anna Altová (13.03.2019)
Všechny studijní materiály potřebné pro úspěšné zvládnutí kurzu včetně rozšiřujících podkladů jsou studentům dostupné v Moodlu.
Requirements to the exam -
Last update: Mgr. Anna Altová (13.03.2019)
Active attendance of at least 80% lectures. Timely and quality submission of solution of practical assignments in ArcGIS.
Oral presentation and critical discussion of a selected paper or research related to the application of GIS in epidemiology.
Last update: Mgr. Anna Altová (13.03.2019)
I. aktivní účast na nejméně 80 % cvičeních;
II. odevzdání řešení praktických úloh v softwaru ArcGIS zadaných na jednotlivých cvičeních v termínu a v dobré kvalitě;
III. prezentace a kritická diskuze vybraného článku či výzkumu týkajícího se aplikace GIS v epidemiologickém výzkumu.
Syllabus -
Last update: Mgr. Anna Altová (13.03.2019)
Students will gain knowledge in the fundamentals of GIS for spatial data handling and analysis. By the end of the course, students will be able to:
Understand the role GIS plays in solving epidemiological problems in terms of infectious diseases;
Understand the data models in GIS, how to input, edit, manipulate and display spatial data, how to manage a spatial database;
Integrate spatial and non-spatial epidemiologic data in GIS;
Create quality thematic maps in GIS;
Carry out basic spatial analyses of epidemiological information from different data sources through specific GIS tools and procedures.
This course is a mix of lectures, demonstrations and practical time for hands-on data analysis in GIS software (ArcGIS, ESRI). The course takes place in a PC room with available GIS software.
No prior knowledge of GIS is required for this course.
Last update: Mgr. Anna Altová (13.03.2019)
Studenti získají znalosti o základních principech GIS jako nástroje pro správu a analýzu prostorových dat. Na konci kurzu budou studenti schopni:
· porozumět roli GIS v řešení epidemiologických problémů týkajících se infekčních nemocí;
· porozumět datovým modelům v GIS, nahrát, spravovat, editovat a zobrazovat prostorová data a tvořit prostorovou databázi;
· propojovat prostorová a neprostorová data v GIS;
· vytvářet kvalitní tematické mapy v GIS;
· provádět základní prostorové analýzy s epidemiologickými daty z různých datových zdrojů pomocí specifických nástrojů a procedur v rámci GIS.
Výuka kurzu probíhá formou propojené přednášky a cvičení, kdy studenti řeší praktické úlohy v softwaru GIS (ArcGIS, ESRI). Kurz probíhá v počítačové učebně s dostupným GIS softwarem.
Kurz nevyžaduje žádné předchozí znalosti a zkušenosti týkající se GIS.
