Last update: RNDr. Veronika Sacherová, Ph.D. (18.05.2020)
The students will have the opportunity to actively experience all stages of the development of a research project in
the field of the evolutionary genetics and genomics at first hand. The instructor will provide ideas/hypotheses for a
research and together with the students, they will develop the concept and an appropriate experimental design.
Then, the students will perform the necessary experiments, the subsequent data analyses and they will interpret
the results. During this process, the student will receive mini-tutorials on methods, as well as protocols and
instructions to perform experiments in both the wet and dry lab. At the end of the course, the students will have
obtained not only skills how to perform crucial experimental procedures, but also a wide overview on design and
execution of an experimental research project.
Last update: RNDr. Veronika Sacherová, Ph.D. (18.05.2020)
Studenti budou mít možnost aktivně se podílet na všech fázích vývoje výzkumného projektu v oblasti evoluční
genetiky a genomiky. Instruktor poskytne nápady / hypotézy pro výzkum a společně se studenty vytvoří koncepci
řešení a vhodný experimentální design. Poté studenti provedou potřebné experimenty, následné analýzy dat a
interpretaci výsledků. Během tohoto procesu obdrží mini-přednášky o metodách a protokolech a pokyny k
provádění experimentů v mokré i suché laboratorní praxi. Na konci kurzu budou mít studenti nejen dovednosti, jak
provádět klíčové experimentální postupy, ale také široký přehled o realizaci experimentálního výzkumného projektu.
Literature -
Last update: RNDr. Veronika Sacherová, Ph.D. (18.05.2020)
Protocols and literature will be provided by the instructor. Relevant information can be found in publications such as:
Rovatsos M., Rehák I., Velenský P., Kratochvíl L. (2019). Shared ancient sex chromosomes in varanids, beaded lizards, and alligator lizards. Molecular Biology and Evolution 36: 1113-1120.
Rovatsos M., Altmanová M., Augstenová B., Mazzoleni S., Velenský P., Kratochvíl L. (2019). ZZ/ZW sex determination with multiple neo-sex chromosomes is common in Madagascan chameleons of the genus Furcifer (Reptilia: Chamaeleonidae). Genes 10: 1020.
Rovatsos M., Kratochvíl L. (2017). Molecular sexing applicable in 4.000 species of lizards and snakes? From dream to real possibility. Methods in Ecology and Evolution 8: 902-906.
And other resources like Current Protocols in Molecular Biology, Nature Protocols and Bioinformatics
Last update: RNDr. Veronika Sacherová, Ph.D. (18.05.2020)
Protokoly a další literaturu poskytne instruktor. Relevantní informace lze nalézt v publikacích jako jsou:
Rovatsos M., Rehák I., Velenský P., Kratochvíl L. (2019). Shared ancient sex chromosomes in varanids, beaded lizards, and alligator lizards. Molecular Biology and Evolution 36: 1113-1120.
Rovatsos M., Altmanová M., Augstenová B., Mazzoleni S., Velenský P., Kratochvíl L. (2019). ZZ/ZW sex determination with multiple neo-sex chromosomes is common in Madagascan chameleons of the genus Furcifer (Reptilia: Chamaeleonidae). Genes 10: 1020.
Rovatsos M., Kratochvíl L. (2017). Molecular sexing applicable in 4.000 species of lizards and snakes? From dream to real possibility. Methods in Ecology and Evolution 8: 902-906.
a dalších zdrojích jako časopisy Current Protocols in Molecular Biology, Nature Protocols a Bioinformatics.
Requirements to the exam -
Last update: RNDr. Veronika Sacherová, Ph.D. (18.05.2020)
Attendance of at least 4 out of 5 days and performing the experiments.
Last update: RNDr. Veronika Sacherová, Ph.D. (18.05.2020)
Aktivní účast na aspoň 4 z 5 dnů kurzu.
Syllabus -
Last update: RNDr. Veronika Sacherová, Ph.D. (18.05.2020)
The course will include several mini presentations on experimental design and methodology. The instructor intends to develop the project and further enrich the methodologies according to the interests of the students, as far as such additions are fitting the topic and the time schedule of the course and the equipment restrictions of the available laboratories. The students will be trained and perform the following methods during the course:
1. DNA isolation, quality control
2. Primer design, PCR, Sanger sequencing analysis, taxon identification from genomic data
3. Identification of sex and measurement of telomere length by quantitative polymerase chain reaction (qPCR)
4. Cytogenetic analysis: chromosome preparation, karyotype reconstruction, in situ hybridization with satellite sequences (FISH), Comparative genome hybridization (CGH), microscopy
5. Basic analysis of next generation sequencing data (mtDNA assembly and annotation, identification of sex-linked loci) in Windows PC environment.
Previous experience in experimental biology or bioinformatics is not required.
Last update: RNDr. Veronika Sacherová, Ph.D. (18.05.2020)
Kurz bude zahrnovat několik mini-přednášek o experimentálním designu a metodikách. Lektor má v úmyslu rozvinout projekt a obohatit metodiky podle zájmů studentů, pokud jejich návrhy budou odpovídat tématu a časovému harmonogramu kurzu a omezením vybavení dostupných laboratoří. V průběhu kurzu budou studenti proškoleni a naučí se následující metody:
1. Izolace DNA, kontrola kvality vyizolované DNA
2. Návrh primerů, PCR, Sangerovo sekvenování, identifikace taxonu z genetický dat
3. Identifikace pohlaví a měření délky telomer pomocí kvantitativní polymerázové řetězové reakce (qPCR)
4. Cytogenetická analýza: příprava chromosomů, rekonstrukce karyotypu, hybridizace in situ se satelitními sekvencemi (FISH), komparativní genomová hybridizace (CGH), mikroskopie
5. Základní analýza sekvenčních dat nové generace (sestavení a anotace mtDNA, identifikace lokusů spojených s pohlavím) v PC prostředí Windows.
Předchozí zkušenost v experimentální biologii nebo bioinformatice není nutná.
