Microscopic techniques - MB160C45

• Title: Mikroskopická technika
• Czech title: Mikroskopická technika
• Guaranteed by: Department of Parasitology (31-161)
• Faculty: Faculty of Science
• Actual: from 2023 to 2023
• Semester: winter
• E-Credits: 2
• Examination process: winter s.:
• Hours per week, examination: winter s.:0/20, C [HS]
• Capacity: 280
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Note: enabled for web enrollment
• Guarantor: doc. RNDr. Jovana Sádlová, Ph.D.
• Teacher(s): prof. RNDr. Jana Albrechtová, Ph.D.; Mgr. Tomáš Bečvář, Ph.D.; Mgr. Aleš Benda, Ph.D.; Mgr. Markéta Dalecká; Mgr. Iva Hammerbauerová; Mgr. Eva Hejduková, Ph.D.; RNDr. Miroslav Hyliš, Ph.D.; Mgr. Kristýna Jelínková; RNDr. Petr Jan Juračka, Ph.D.; Mgr. Kateřina Kopalová, Ph.D.; Ing. Irena Krejzová, Ph.D.; Mgr. David Liebl, Ph.D.; Mgr. Eliška Macíčková; Mgr. Martin Majer, Ph.D.; Ing. Jiří Mikšátko, Ph.D.; Ing. Dalibor Pánek, Ph.D.; Mgr. Matěj Pokorný; RNDr. Lenka Procházková, Ph.D.; Ing. Petra Prokšová, Ph.D.; Mgr. Adéla Přibylová, Ph.D.; Mgr. Ján Sabó; doc. RNDr. Jovana Sádlová, Ph.D.; RNDr. Veronika Sacherová, Ph.D.; RNDr. Aleš Soukup, Ph.D.; Mgr. Ondřej Šebesta; Mgr. Vojtěch Vajs; RNDr. Barbora Vojtková, Ph.D.
• Class: SEM s vysokým rozlišením

Annotation

English

Last update: doc. RNDr. Jovana Sádlová, Ph.D. (23.08.2023)

“Microscopic techniques” is a course aimed to introduce students to various types of microscopy (light microscopy, fluorescence and electron microscopy) and to the practical use of these techniques on model examples (counting of microscopic objects, digital image analysis). The course consists of 5 blocks. Active participation in all five parts of the course is necessary. The credit is given after the finalization of all the protocols in paper or electronic form (part 1 and parts 2-4, respectively). Pedagogues from several departments provide teaching, and it runs in different schoolrooms during the whole semester. The itinerary and all information you can find on Moodle pro výuku 2 / Přírodovědecká fakulta / ► Sekce biologie / ► Katedra parazitologie / ► MB160C45, with the password "Mikroskop-2023", active from 13th September 2023. Your questions address to [e-mail].

Looking forward to your participation,
Jovana Sadlova and colleagues

Czech

Last update: doc. RNDr. Jovana Sádlová, Ph.D. (23.08.2023)

Předmět bude vyučován převážně prezenčně (bloky 1,2,3 a 5), pouze blok 4 (zpracování a analýza obrazu) se bude učit částečně distančně.

Cílem praktik je teoreticky i prakticky seznámit studenty se základními druhy mikroskopie - světelnou, fluorescenční a elektronovou.

Jedná se o praktická cvičení doplněná teoretickým výkladem, která probíhají v pěti blocích, z nichž každý trvá 3-4 hodiny (obsah jednotlivých bloků je rozepsán níže v Sylabu). Podmínkou udělení zápočtu je absolvování všech pěti bloků a odevzdání protokolů či splnění testů. Na výuce se podílí mnoho pedagogů z různých kateder a konání jednotlivých bloků je podle časových možností učeben rozeseto po celém zimním semestru. Rozpis termínů a zápis do paralelek na jednotlivé bloky proto nelze řešit přes rozvrhové lístky, ale všechny potřebné informace najdete ve fakultním systému Moodle (Moodle pro výuku 2). Kromě zápisu do paralelek, studijních materiálů a informací Moodle nabízí možnost diskuzních fór, kam můžete například klást dotazy, které by mohly zajímat i ostatní studenty. Navíc skrze Moodle budete také odevzdávat elektronické protokoly či plnit testy. Kurz naleznete pod odkazem elearningový kurz (vpravo nahoře na této stránce) nebo přes: Moodle pro výuku 2/ Přírodovědecká fakulta / ► Sekce biologie / ► Katedra parazitologie / ► MB160C45

Klíč k zápisu do Moodle zní "Mikroskop-2023" a hlásit na paralelky se budete moci od 13. září 2023.

!!! Předmět Mikroskopická technika ale musíte mít především zapsán v systému SIS!!! Kdo nemá předmět zapsán v SIS, nemůže dostat zápočet!!! Moodle slouží jen k zápisu na paralelky!!!

Na blok 1 si přineste nelinkovaný sešit A4 či volné neliknované papíry, obyčejnou tužku, laboratorní plášť, případně (pro své pohodlí) přezůvky. Na paralelku, kam se zapíšete, ve vlastním zájmu opravdu přijďte! Kapacita místností nám nedovoluje přidávat další paralelky, takže je téměř nulová možnost absence nahradit v jiném termínu. Pokud opravdu z vážných důvodů nemůžete dorazit, smažte se v tabulce co nejdříve, aby se mohli zapsat Vaši kolegové.

Pokud narazíte na jakýkoliv problém, neváhejte se na nás obrátit:
Obecné dotazy k předmětu nebo bloku 1 a 2: doc. Jovana Sádlová, [e-mail]
Dotazy k bloku 3: Dr. Veronika Sacherová, [e-mail]
Dotazy k bloku 4: Prof. Jana Albrechtová, [e-mail]
Dotazy k bloku 5: Dr. Aleš Benda, [e-mail]



Těšíme se na shledanou.
Za kolektiv pedagogů
Jovana Sádlová

Literature

English

Last update: RNDr. Veronika Sacherová, Ph.D. (24.10.2019)

Study materials are in the Moodle on:

Přírodovědecká fakulta / ► Sekce biologie / ► Katedra parazitologie / ► MB160C45

Czech

Last update: doc. RNDr. Jovana Sádlová, Ph.D. (25.08.2020)

Studijní materiály naleznete v Moodle kurzu na:
Přírodovědecká fakulta / ► Sekce biologie / ► Katedra parazitologie / ► MB160C45

 

Requirements to the exam

English

Last update: RNDr. Veronika Sacherová, Ph.D. (24.10.2019)

Active participation on all five parts of the course is necessary. The credit is given after finalization of all the protocols in paper or electronical form (part 1 and parts 2-4, respectively).

Czech

Last update: doc. RNDr. Jovana Sádlová, Ph.D. (25.08.2020)

Podmínkou pro udělení zápočtu je absolvování všech pěti bloků praktik a odevzdání protokolů či testů - na papíře (blok 1) či elektronicky (blok 2-4)

 

Syllabus

English

Last update: doc. RNDr. Jovana Sádlová, Ph.D. (29.08.2023)

The course consists of five parts.

1. Light microscopy (Sádlová, Vojtková, Majer, Bečvář, Jelínková, Hammerbauerová, Vajs)
Introduction to the basic theory of light microscopy and handling the light microscope. Students will prepare native and stained microscopic slides (Giemsa-Romanowski staining, aniline blue and native alizarin staining). The techniques will be demonstrated on protozoa with various taxonomic affiliation and helminths.

2. Special light and fluorescence microscopy (Sádlová, Vojtková, Majer, Bečvář, Jelínková, Hammerbauerová, Vajs)
Students will be introduced into the basics of the theory of contrasts in the light microscopy (dark field, phase contrast, DIC, Hoffman contrast), fluorescence and confocal microscopy. They will practically learn the work with dark field, phase contrast and fluorescence microscope. 

3. Electron microscopy (Sacherová, Juračka, Hyliš)
Students will be introduced into the theory of electron microscopy and preparation of specimens. They will have chance to work practically with scanning and transmission electron microscope and prepare simple specimens. 

4. Introduction to the image analysis (Albrechtová, Soukup et al.)
In this section, students learn the basics of digitization and image processing and basic operations of image analysis. Practical exercises are conducted in the program ImageJ (National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, USA, URL: http://imagej.nih.gov). More on the website of Block 4.

5. Advanced fluorescence and electron microscopy - excursion to the Service Laboratory of Imaging Methods BIOCEV (Aleš Benda et al.)

Students will be introduced into assets and basic principles of advanced microscopical methods (Super-Resolution, Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy (FLIM), Correlative Light Electron Microscopy) with excursion to the service laboratory and presentation of individual microscopes (STED microscope, STORM and SIM microscope, MP microscope, FLIM microscope, SEM microscope).

 

 

Czech

Last update: doc. RNDr. Jovana Sádlová, Ph.D. (29.08.2023)

Praktikum je rozděleno na pět částí: 

1. Světelná mikroskopie (Sádlová, Vojtková, Majer, Bečvář, Jelínková, Hammerbauerová, Vajs)
Student se seznámí s teorií týkající se světelné mikroskopie, základy práce se světelným mikroskopem a s přípravou nativních a barvených preparátů (barvení Giemsa-Romanowski, anilinovou modří a nativní barvení alizarinem). Pozorovanými objekty jsou prvoci z různých skupin a cerkárie motolic. 

2. Speciální světelná a fluorescenční mikroskopie (Sádlová, Vojtková, Majer, Bečvář, Jelínková, Hammerbauerová, Vajs)
Student se seznámí s teorií týkající se kontrastů ve světelné mikroskopii (temné pole, fázový kontrast, Nomarského diferenciální interferenční kontrast, Hoffmanův kontrast), fluorescence a principu fluorescenčního a konfokálního mikroskopu. Prakticky si vyzkouší práci s temným polem, fázovým kontrastem a fluorescenčním mikroskopem.

3. Elektronová mikroskopie (Juračka, Sacherová, Hyliš)
Student se seznámí s teorií elektronové mikroskopie a se základními postupy při přípravě preparátů. Bude si moci vyzkoušet práci se skenovacím a transmisním elektronovým mikroskopem ve specializované laboratoři elektronové mikroskopie včetně přípravy jednoduchého preparátu.

4. Zpracování a analýza obrazu v mikroskopii (Albrechtová, Soukup a kol.)
V této části se student seznámí se základy digitalizace a zpracování obrazu, prezentace obrazu a základními fázemi a operacemi analýzy obrazu. Praktická cvičení jsou prováděna v programu Image J (National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, USA; URL: http://imagej.nih.gov). Více na webových stránkách Bloku 4.

5. Pokročilá fluorescenční a elektronová mikroskopie - exkurze do servisní laboratoře zobrazovacích metod BIOCEV (Benda a kol.)

Studentům budou vysvětleny formou přednášky přínosy a stručné principy pokročilých mikroskopických metod (super-resoluce, funkční zobrazování (FLIM), korelativní světelná a elektronová mikroskopie (CLEM)) s následnou exkurzí do servisní laboratoře a představením jednotlivých přístrojů (STED mikroskop, STORM and SIM mikroskop, MP mikroskop, FLIM mikroskop, SEM mikroskop).