Single cell gene expression analysis - MB151P126

• Title: Analýza genové exprese jednotlivých buněk
• Czech title: Analýza genové exprese jednotlivých buněk
• Guaranteed by: Department of Cell Biology (31-151)
• Faculty: Faculty of Science
• Actual: from 2020
• Semester: winter
• E-Credits: 3
• Examination process: winter s.:written
• Hours per week, examination: winter s.:2/0, Ex [HT]
• Extent per academic year: 1 [days]
• Capacity: unlimited
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Note: enabled for web enrollment
• Guarantor: Mgr. Radek Šindelka, Ph.D.; Ing. Lukáš Valihrach, Ph.D.
• Teacher(s): Mgr. Radek Šindelka, Ph.D.; Ing. Lukáš Valihrach, Ph.D.

Annotation

Last update: doc. RNDr. František Půta, CSc. (25.06.2019)

Analýza genové exprese jednotlivých buněk se za poslední dekádu stala jednou ze základních metod pro studium biologie. V předmětu Analýza genové exprese jednotlivých buněk se posluchač seznámí se základním koncemptem studia genové exprese na úrovni jednotlivých buněk a s principy technik, které se pro tyto účely využívají, včetně úvodu do analýzy získaných dat. Důraz bude kladen zejména na techniky reverzní transkripce kvantitativní PCR (RT-qPCR) a RNA-sekvenování.

Literature

Last update: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (24.10.2019)

Prezentace přednášené v průběhu předmětu.

Requirements to the exam

Last update: doc. RNDr. František Půta, CSc. (25.06.2019)

Písemný test

Syllabus

Last update: doc. RNDr. František Půta, CSc. (25.06.2019)

1.         Úvod do problematiky – tkáně a heterogenita, metody pro studium jednotlivých buněk, základní kroky analýzy, soecifika analýzy jednoltivých buněk.

2.         Příprava jednotlivých buněk pro analýzu - metody sběru jednotlivých jednotlivých buněk, disociace tkání, kontrola kvality, nezbytné experimentální kontroly.

3.         RT-qPCR (1/2) - analýza genové exprese tkání - představení techniky, detailní rozbor jednotlivých kroků (izolace RNA, reverzní transkripce, qPCR), analýza data

4.         RT-qPCR (2/2) - analýza genové exprese jednotlivých buněk - specifika techniky, analýza dat (metody redukce dimenzí, popisná statistika, statistické testy)

5.         RNA-Seq (1/3) - analýza genové exprese tkání - představení techniky, možnosti analýzy

6.         RNA-Seq (2/3) - analýza genové exprese jednotlivých buněk - techniky, přístrojové vybavení, získaní metriky popisující genovou expresi

7.         RNA-Seq (3/3) - analýza genové exprese jednotlivých buněk - analýza dat

8.         Jiné metody ke studiu jednotlivých buněk - proteomika, metabolomika, multiomika a další

9.         Příklady sc studií – normální vývoj organismu, patologie buněk (rakovina, neurodegenerace, jiná onemocnění)

10.     Shrnutí, představení budoucích trendů, výhody a nevýhody jednotlivých přístupů

 

Jeden den praktická ukázka v laboratoři.