Last update: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (24.10.2019)
Modeling of biological systems is becoming an increasingly popular and important tool for understanding biological mechanisms. The interplay between experiment, theory and simulation provides insight into the dynamic behavior of complex multicomponent biological systems that cannot be easily grasped by traditional scientific approaches. Computational approaches form the core of modeling and simulation of biological systems. The course focuses on modeling of time resolved systems techniques. Students will learn to consider the geometry of systems and transport in space. After repeating basic mathematics and physics, students learn to model processes such as diffusion or flow and simulate them on a computer.
Last update: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (26.03.2018)
Modelování biologických systémů se stává stále populárnějším a důležitějším nástrojem k porozumění biologických mechanizmů. Souhra mezi experimentem, teorií a simulacemi poskytuje vhled do dynamického chování komplexních mnohasložkových biologických systémů, které nemohou být snadno uchopeny tradičními vědeckými přístupy. Výpočetní přístupy tvoří jádro modelování a simulací biologických systémů. Kurz se zaměřuje na modelování technik časově rozlišených systémů. Studenti se naučí brát v potaz geometrii systémů a transport v prostoru. Po opakování základní matematiky a fyziky se studenti naučí modelovat procesy jako difuze či tok a simulovat je na poočítači.
Literature -
Last update: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (24.10.2019)
I. F. Sbalzarini, Spatiotemporal Modeling and Simulations. Lecture Notes, 2015.
I. F. Sbalzarini. Modeling and simulation of biological systems from image data. Bioessays, 35(5):482–490, 2013.
Last update: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (26.03.2018)
I. F. Sbalzarini, Spatiotemporal Modeling and Simulations. Lecture Notes, 2015.
I. F. Sbalzarini. Modeling and simulation of biological systems from image data. Bioessays, 35(5):482–490, 2013.
Requirements to the exam -
Last update: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (24.10.2019)
Practical and theoretical knowledge acquired in the course will be tested.
Last update: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (24.10.2019)
Budou prověřovány praktické i teoretické znalosti získané v kurzu.
Syllabus -
Last update: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (24.10.2019)
Areas covered:
(i) spatial analysis
(ii) cause diagrams
(iii) vector field
(iv) particle methods
v) diffusion and flow equations
(vi) hybrid methods of computer simulation
An integral part of the course is a student project aimed at simulating a real biological system.
Last update: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (26.03.2018)
Pokryté oblasti:
i) analýza prostorovosti
ii) příčinové diagramy
iii) vektorová pole
iv) částicové metody
v) rovnice difuze a toku
vi) hybridní metody počítačové simulace
Nedílnou součástí kurzu je studentský projekt zaměřující se na simulaci skutečného biologického systému.
Entry requirements -
Last update: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (24.10.2019)
This course is taught in English.
Last update: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (24.10.2019)
