Last update: RNDr. Karel Drbal, Ph.D. (23.09.2019)
Please note: the lectures are given in Czech language only.
Advanced 2-semestral lecture course focuses on substantial broadening of your knowledge about selected molecular mechanisms of immune system functioning that were covered within the previous basic course "Immunology" in the winter semester last year. It is essential to pass the exam (Immunology - MB150P14E) prior to subscription to this course. I fully recommend to pass also the course MB151P103E: Immunology - a systems biology view in the previous summer semester. We shall not discuss the basic theory of immune system components once more, we focus more on the links between selected molecules and their function within the immune system and the physiology/pathology in immune-related human disorders.
The course is targeted to:
- 1st and 2nd class of MSc. curriculum in Immunology,
- PhD students in biomedicine, incl. medical students,
- 3rd class of Bc. study (only for those aiming at MSc. study in Immunology / after passing the basic Immunology course a year earlier).
In winter semester we will cover:
(1) methodology introduction
(2) molecular mechanisms of generation and function of innate receptors, immunoreceptors and MHC proteins, NK receptors.
In summer semester we will touch more the complex systems approach:
(3) coreceptors, cytokines/chemokines and their respective receptors and other ligand/receptor pairs; coherent implication of essential signaling pathways and transcriptional programs to the full functioning of immune cells;
(4) systems biology view on molecules of the immune system and their causative relationship to human disease: functional genomics, interactome, metabolome, domain a motif assembly of interacting molecular partners.
Last update: RNDr. Karel Drbal, Ph.D. (23.09.2019)
Pokročilý 2-semestrální přednáškový kurs je zaměřen na prohloubení znalostí o molekulárních mechanismech vybraných imunitních dějů, jejichž základy byly probrány v základní přednášce Imunologie, kterou musí studenti povinně absolvovat v předchozím ročníku včetně zkoušky (Immunology - MB150P14E: Drbal, Černý; alternativou je česká verze Imunologie - MB150P14B: Hořejší, Brdička). Dále prosím ty studenty, kteří neabsolvovali praktika (Imunologie - praktická cvičení), aby tak učinili hned v prvním semestru magisterského studia.
Absolvování základního kurzu Imunologie MB150P14B/MB150P14E nelze oficiálně vyžadovat, protože pro magisterské studium nemůžeme dávat prerekvizity z bakalářského studia. Tím by se diskriminovali ti, kdo přichází po bakalářském studiu z jiných fakult. Těmto studentům doporučuji absolvovat předmět MB150P14E v angličtině v 1. ročníku magisterského studia. Plně doporučuji též absolvování nového kurzu MB151P103E: Immunology - a systems biology view v angličtině v předchozím letním semestru.
Nebudeme spolu proto opakovat celou základní imunologii, ale spíše detailně provazovat funkce vybraných molekul imunitního systému s buňkami a fyziologickými/patologickými stavy imunitně-relevantních lidských onemocnění.
Určeno pro:
- studenty 1. a 2. NMgr. ročníku oboru Imunologie,
- postgraduální (Ph.D.) studenty, včetně lékařských oborů,
- bakalářské studenty, kteří si chtějí vybrat Imunologii jako obor navazujícího Mgr. studia (až po absolvování základní přednášky Imunologie).
V zimním semestru budeme probírat následující témata:
1/ úvod do metodiky: základní principy současných metod používaných v molekulární imunologii
2/ stavební kameny imunitního systému: molekulární mechanismy vzniku a funkce receptorů přirozené imunity, imunoreceptorů a MHC proteinů, NK receptorů.
V letním semestru se potom zaměříme na složitější systémy:
3/ koreceptory, cytokiny/chemokiny a jejich příslušné receptory a další páry ligand/receptor; důležité signalizační dráhy a související transkripční programy, jejich souhru na buněčné úrovni
4/ systémový pohled na molekulární úroveň imunitních dějů a jejich příčinné souvislosti s lidskými chorobami: funkční genomika, interaktom, metabolom, doménové a motivové uspořádání interagujících molekulárních partnerů.
Literature - Czech
Last update: RNDr. Karel Drbal, Ph.D. (23.09.2019)
Obecné imunologické učebnice: - Murphy K.: Janeway's Immunobiology (Immunobiology: The Immune System (Janeway)), 8th Edition, Garland Science Publishing 2011, 888 pages, ISBN-13: 978-0815342434 5. vydání je přístupné k vyhledávání na NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=imm.TOC&depth=2 - A. K. Abbas, A. H. Lichtman, S. Pillai: Cellular and Molecular Immunology, 8th Edition, Saunders 2012, 560 pages, ISBN-13: 978-0323222754 http://books.google.cz/books?id=qtJY05rIUKQC - T. J. Kindt, R. A. Goldsby, B. A. Osborne: Kuby Immunology, 7th Edition, W.H. Freeman, 2013, 574 pages, ISBN-13: 978-1429219198
Metodické učebnice: - W. Luttman, K. Bratke, M. Kupper, D. Myrtek: Immunology (The Experimenter), 1st Edition, Academic Press Inc, 2006, 264 pages ISBN-13: 978-0120885442 http://books.google.cz/books?id=nHmCmG7koSkC
Základy, které musíte znát před zapsáním tohoto předmětu: - Hořejší V., Bartůňková J., Brdlička T., Špíšek R.: Základy imunologie, 5. vydání, 330 str.,Triton 2013, ISBN-13: 978-80-7387-713-2 TATO KNIHA SLOUŽÍ JAKO POUZE ZÁKLADNÍ INFORMAČNÍ ZDROJ, KTERÝ MUSÍTE ZNÁT Z PŘEDNÁŠKY IMUNOLOGIE V PŘEDCHOZÍM ROČNÍKU! PŘI ABSOLVOVÁNÍ ANGLICKÉ VERZE PŘEDMĚTU IMMUNOLOGY TUTO UČEBNICI NEVYŽADUJI, ALE MUSÍTE MÍT PŘEČTENOU UČEBNICI: - L. Sompayrac: How the Immune System Works, 5th Edition, John Wiley & Sons, 2015, 160 pages, ISBN-13: 978-1118997772 http://books.google.cz/books?id=oRsGFRKypn4C
Requirements to the exam - Czech
Last update: RNDr. Karel Drbal, Ph.D. (31.08.2023)
ZÁPOČET:
Zápočet se uděluje na základě 6 POVINNÝCH ZÁPOČTOVÝCH TESTŮ v každém semestru, celkově 12 testů, které budou probíhat během výuky. Jedná se o průběžné testování vašich znalostí v průběhu celého roku.
Test provedete v Moodlu vždy 8 minut uprostřed a na konci každého měsíčního bloku čtyř přednášek. Tyto průběžné testy slouží jako kontrola pochopení aktuálního tématu a Vaší celoroční přípravy. Pro připuštění ke zkoušce je nezbytné, aby student dosáhl celkem 40 bodů s tím, že v každém testu musí dosáhnout alespoň 25 % bodů. Jeden nejhorší test se v každém semestru nakonec škrtá. To znamená, že můžete vynechat celkem dva libovolné testy. V případě neúspěchu máte druhou možnost absolvovat celý test ještě jednou vcelku, a to při posledním termínu testu, ovšem nyní již s minimálním dosaženým limitem 50 bodů, který se vám ke zkoušce následně započítává pouhou polovinou dosaženého bodového zisku.
Celkem můžete pro zkoušku získat až 10 x 8 bodů = 80 bodů. Tyto se vám připočtou k bodovému zisku zkoušky.
Dále je povinnou součástí zápočtu krátký text na Wikipedii během zimního semestru - viz níže.
ZKOUŠKA:
Vlastní zkouška je hodnocená bodově, skládá se ze 2 částí a její výsledek obdržíte do konce zkouškového období letního semestru (konec září):
1. část domácí: 2 KOMPILACE PRO WIKIPEDII s tématem Molekulární imunologie - termín odevzdání alespoň 1 týden před vlastní zkouškou (max. 20 bodů):
první Wiki heslo není bodované (studenti se seznámí s tvorbou textu v délce ca 900 znaků) a je podmínkou zápočtu v zimním semetru s termínem do 31.1.
druhé Wiki heslo je již povinnou součástí zkoušky v letním semestru a jeho odevzdání na Wikipedii přes https://outreachdashboard.wmflabs.org/, časově musí odevzdání předcházet vlastní zkoušce. Jedná se o kompilační encyklopedické heslo na téma, které bylo v rámci přednášky pouze okrajově nastíněno během přednášky a student mu chce porozumět v detailu během přípravy na zkoušku. Student si proto sám vybere téma, které ho zajímá. Každé vybrané téma poté student vypracuje samostatně přímo na Wikipedii v rozsahu 1 normostrany textu s citacemi ~ 1800 znaků, bude obodováno 0-40-ti body za věcnou správnost a správný výběr a citování zdrojů. Je nutné založení osobního účtu na Wikipedii a přihlášení do aplikace Outreachdashboard pro výběr a dokumentaci témat. Její přesná adresa bude zveřejněná v kurzu na Moodlu.
Doporučuji heslo nejprve doplnit minimálně v délce 1800 znaků v angličtině včetně zdrojů (nové reference) a teprve potom tuto část přeložít do češtiny se zkráceným překladem zbytku hesla.
Nelze pouze přeložit anglické heslo do češtiny.
2. část prezenčně ve škole: PÍSEMNÝ "MULTIPLE CHOICE" TEST (max. 200 bodů):
Tento test se skládá z 20 otázek (-2 - 5 body za každou otázku = max. 100 bodů) a výběru 2 ze 4 komplexních logických témat zpracovaných vždy jako příprava k ústní části zkoušky, která proběhne ihned po ukončení testu (2x 0-50 bodů = max. 100 bodů). Celkově tedy může student získat za zkoušku až 200 bodů. Časově je písemný test omezený 60 minutami čistého času.
Neuspěje-li student 2x v této části zkoušky, bude prozkoušen ústně ve třetím opravném zkušebním termínu.
Po přičtení bodového zisku ze zápočtových testů (80 b.) a hesla pro Wikipedii (20 b.) je celkový možný bodový součet za zkoušku 300 bodů.
Celkové hodnocení je na škále:
1: ≥ 250 bodů (~83 %)
2: ≥ 200 bodů (~67 %)
3: ≥ 150 bodů (~50 %)
Syllabus -
Last update: RNDr. Karel Drbal, Ph.D. (03.10.2015)
LECTURES IN WINTER SEMESTER: 1. Introduction 2. Methods in molecular immunology 3. Receptors of innate immune cells recognizing pathogens in our bodies = PAMP, DAMP, danger theory 4. Pattern-recognition receptors (TLR, RLR, NLR, CLR), inflammasome 5. Receptors of NK cells & NKT cells and their development 6. MHC proteins function - classical and non-classical 7. Diversity of TCR and BCR 8. Introduction to Wikipedia entry
LECTURES IN SUMMER SEMESTER: 9. Mechanisms of signaling via immunoreceptors 10. Activation of T and B cells - the role of costimulatory receptors 11. Polarization and migration: cytokines, chemokines - their receptors and signaling 12. The rest of important receptors: adhesion molecules, Fc receptors and complement receptors 13. Immune cell signaling networks and protein interaction domains: posttranslational modifications, interactome, systems biology 14. Disease biomarkers related to immune system 15. Tissue-specific immune mechanisms 16. Everything you always wanted to know about immune system
Additional topics: - Characteristic markers of leukocyte subpopulations - Principles of modern methods in immunochemistry, molecular biology and biochemistry - Epigenetic control of immune cell function - Biotherapeutics and biosimilars/biobetters - Molecular structure/function relationship - Experiment design
The lecture is available in presentation slides (pdf), which summarize the discussed topics. The presence at the lectures is essential for full understanding. ONCE MORE: the winter course "Immunology" plus passing the exam during previous year is a prerequisite for participation in this course.
Last update: RNDr. Karel Drbal, Ph.D. (03.10.2015)
PŘEDNÁŠKY ZIMNÍHO SEMESTRU: 1. Vstupní test a úvod 2. Metody molekulární imunologie 3. Receptory přirozené imunity rozeznávají vetřelce v našich tělech = PAMP, DAMP, teorie nebezpečí 4. Pattern-recognition receptory (TLR, RLR, NLR, CLR), inflamazom 5. Receptory NK buněk & NKT buněk a jejich vývoj 6. Funkce MHC proteinů - klasické a neklasické 7. Diverzita TCR a BCR 8. Příprava k vypracování hesla na Wikipedii
PŘEDNÁŠKY LETNÍHO SEMESTRU: 9. Mechanismy signalizace přes imunoreceptory 10. Aktivace T a B lymfocytů - role kostimulačních receptorů 11. Polarizace and migrace: cytokiny, chemokiny - jejich receptory a signalizace 12. Další důležité receptory: adhezivní molekuly, Fc receptory a komplementové receptory 13. Signalizační sítě imunitních buněk a interakční domény proteinů: posttranslační modifikace, interaktom, systémová biologie 14. Biomarkery lidských onemocnění se vztahem k imunitnímu systému 15. Tkáňově specifické imunitní mechanismy 16. Všechno, co jste kdy chtěli vědet o imunitním systému
Další témata: •Charakteristické molekuly leukocytárních subpopulací •Principy moderních imunologických, molekulárně biologických a biochemických metod •Epigenetická regulace funkcí imunitních buněk •Bioterapeutika a "biosimilars" / "biobetters" •Souvislosti mezi strukturou a funkcí molekul •Design experimentu
Přednáška je shrnuta v dostupných prezentacích (pdf), ovšem tyto jsou jen připomenutím faktů o kterých se v přednášce mluví. Pro úplné pochopení látky je nutná přítomnost na přednáškách. OPAKUJI: samozřejmým předpokladem je znalost základů, tedy toho, co se probíralo v základní přednášce "Imunologie" v zimním semestru předchozího ročníku.
Entry requirements - Czech
Last update: RNDr. Karel Drbal, Ph.D. (23.09.2019)
Základy imunologie byly probrány v základní přednášce Imunologie, kterou musí studenti povinně absolvovat v předchozím ročníku včetně zkoušky (Immunology/MB150P14E: Drbal, Černý nebo Imunologie/MB150P14B: Hořejší, Brdička, Štěpánek). Absolvování základního kurzu Imunologie MB150P14B ovšem nelze oficiálně vyžadovat, protože pro magisterské studium nemůžeme dávat prerekvizity z bakalářského studia. Tím by se diskriminovali ti, kdo přichází po bakalářském studiu z jiných fakult. Těmto studentům doporučuji absolvovat předmět MB150P14E v angličtině v 1. ročníku magisterského studia a posunout si předmět Molekulární imunologie do 2. ročníku magisterského studia.
Dále doporučuji absolvování předmětu Immunology - a systems biology view/MB151P103Ev letním semestru předchozího ročníku, který je nově zařazený do výuky v angličtině.
Registration requirements - Czech
Last update: RNDr. Karel Drbal, Ph.D. (19.09.2023)
Před úvodní lekcí si udělejte doma vstupní test, který má za cíl zkontrolovat vaše současné znalosti imunologie a dá vám doporučení, zda je vhodné absolvovat předmět Molekulární imunologie v tomto nebo až v příštím roce. Jeho provedení je podmínkou pro následnou účast v kurzu.
Tento test se skládá z 20 "multiple choice" otázek, kde jsou odpovědi hodnoceny na škále -2 až 5 bodů. Z celkového počtu 100 bodů je plně dostačující počet bodů pro vstup do předmětu > 40 bodů. Individuálně spolu probereme Vaše možnosti při dosažení méně než 40 bodů.
Jedná se pouze o kontrolní test vašich znalostí při vstupu do předmětu, a to tak, abyste se mohli kvalifikovaně rozhodnout: - >80 bodů: můžete rovnou ke zkoušce - 60-80 bodů: vaše znalosti plně postačují pro absolvování předmětu - 40-60 bodů: jste schopni si rychle znalosti doplnit - <40 bodů: bude lepší variantou absolvovat základní kurz Imunologie (MB150P14B), lépe v jeho anglické verzi (MB150P14E), a to buď paralelně v jednom semestru s tímto předmětem nebo postupně ve následujících 2 letech Vašeho magisterského studia.
Pamatujte, že důležitý je hlavně pokrok, který učiníte během 2 semestrů Molekulární imunologie a k tomu také budu na konci letního semestru přihlížet.
Během druhé hodiny si následně správné odpovědi vysvětlíme.
