Last update: Mgr. Irena Vopálenská, Ph.D. (28.10.2019)
List of tasks:
• The use of various variants of light microscopy (phase contrast, Nomarski contrast, fluorescence microscopy) and staining methods for studying the subcellular structures of yeast cells.
• Identification of unknown yeast strain using classical microbiological methods to describe basic properties of yeast strains (e.g. ability to ferment sugars, osmotolerance, crossover, sporulation, acidification test).
Preparation of a genetically modified strain of S. cerevisiae. Comparison of the efficiency of genomic modification using a cassette for homologous recombination and plasmid transformation. Preparation of a GFP expressing strain localized to different cell compartments.
• Study of multicellular structures formed by yeast cells. Demonstration of preparation and microscopic analysis of thin sections from yeast colonies including observation of different expression of fluorescently labeled marker genes in fluorescence microscope and fluorescent magnifying glass.
Analysis of differential expression of marker genes in cell populations taken from a deficient yeast colony by flow cytometry.
• Determination of resistance to thermal shock in different populations from differentiated colonies. Evaluation by flow cytometer.
• High-throughput screening of a whole-genome collection of deletion mutants (i.e. about 4600 yeast strains) for osmoresistance and respiratory deficiency.
• Mutagenicity testing of chemicals used e.g. in households with the genetically modified strain of S. cerevisiae D7 (different phenotypic manifestations when different repair mechanisms are activated).
• Detection of Cu2+ ions in aqueous solution using genetically modified yeast strain cells immobilized in alginate.
• Analysis of the volatile substances produced by yeasts of different genera by gas chromatography and mass spectrometry GCxGC-MS
Last update: Mgr. Irena Vopálenská, Ph.D. (11.10.2019)
Seznam úloh:
• Využití různých variant světelné mikroskopie (fázový kontrast, Nomarského kontrast, fluorescenční mikroskopie) a barvících metod pro studium subcelulárních struktur kvasinkové buňky.
• Identifikace neznámého kvasinkového kmene pomocí klasických mikrobiologických metod umožňujících popsat základní vlastnosti kvasinkových kmenů (např. schopnost zkvašovat cukry, osmotolerance, křížení, sporulace, acidifikační test).
• Příprava geneticky modifikovaného kmene S. cerevisiae. Srovnání účinnosti genomové modifikace pomocí kazety pro homologní rekombinaci a transformace plazmidem. Příprava kmene exprimujícího GFP lokalizované do různých buněčných kompartmentů.
• Studium mnohobuněčných struktur tvořených kvasinkovými buňkami. Demonstrace přípravy a mikroskopické analýzy tenkých řezů z kvasinkových kolonií včetně pozorování rozdílné exprese fluorescenčně značených markerových genů ve fluorescenčním mikroskopu a fluorescenční lupě.
• Analýza rozdílné exprese markerových genů v buněčných populacích odebraných z deferenciované kvasinkové kolonie pomocí průtokové cytometrie.
• Stanovení rezistence k teplotnímu šoku u různých populací z diferenciované kolonie. Vyhodnocení pomocí průtokového cytometru.
• High-throughput screening celogenomové kolekce delečních mutant (tj, cca. 4600 kvasinkových kmenů) na osmorezistenci a respirační deficienci.
• Testování mutagenity chemických látek používaných např. v domácnostech pomocí geneticky modifikovaného kmene S. cerevisiae D7 (různé fenotypové projevy při aktivaci různých reparačních mechanizmů).
• Detekce Cu2+ iontů ve vodném roztoku pomocí buněk geneticky modifikovaného kvasinkového kmene imobilizovaných v alginátu.
• Analýza těkavých látek produkovaných kvasinkami různých rodů pomocí plynové chromatografie a hmotnostní spektrometrie GCxGC-MS
