Last update: RNDr. Hana Konrádová, Ph.D. (15.03.2019)
Course should provide overview of light microscopy, preparation of plant objects to microscope, acquisition and processing of image data from the microscope and selected histochemical procedures. Integral part of the course is practical training pointed to gaining of practical skills and understanding of the methods.
Last update: RNDr. Aleš Soukup, Ph.D. (14.03.2019)
Přednáška a praktické cvičení poskytuje základní přehled o metodách světelné mikroskopie, přípravě preparátů z rostlinných objektů, získávání a zpracování obrazových dat z mikroskopu a vybraných histochemických postupech . Součástí kurzu je praktické cvičení zaměřené na osvojení základních dovedností a pochopení podstaty prováděných činností.
Literature -
Last update: RNDr. Hana Konrádová, Ph.D. (29.10.2019)
Baker JR (1958) Principles of biological microtechnique (a Study of Fixation and Dyeing). London: Methuen and Co. Ltd.
Johansen DA (1940) Plant Microtechnique. New York. McGraw-Hill Book Co. Inc.
O'Brien TP, & McCully ME (1981) The Study of Plant Structure,Principles and Selected Methods. Melbourne: Termarcarphi Pty. Ltd.
Last update: RNDr. Hana Konrádová, Ph.D. (15.03.2019)
Baker JR (1958) Principles of biological microtechnique (a Study of Fixation and Dyeing). London: Methuen and Co. Ltd.
Johansen DA (1940) Plant Microtechnique. New York. McGraw-Hill Book Co. Inc.
O'Brien TP, & McCully ME (1981) The Study of Plant Structure,Principles and Selected Methods. Melbourne: Termarcarphi Pty. Ltd.
Němec B. a kol.: Botanická mikrotechnika. Nakladatelství ČSAV, Praha 1962
Requirements to the exam - Czech
Last update: RNDr. Aleš Soukup, Ph.D. (14.03.2019)
Kurz je ukončen ústní zkouškou. Zápočet je udělen za prezentaci malého, osobního projektu dokumentujícího zpracování vzorků od odběru přes mikrofotografii až k přípravě obrázků pro publikaci.
Syllabus -
Last update: RNDr. Hana Konrádová, Ph.D. (15.03.2019)
1. Slides various kinds of slides (permanent, vital, surface replicas), their preparation and use fixation, dehydration embedding (used media, infiltration)
2. Cutting of plant objects microtomes (hand, rotary, sliding, cryotom) knive - its usage and maintenance í free-hand sections paraffin method - cutting sections, adjustment of the microtome straightening, and mounting of sections
3. Dyeing of specimens (principle and methods) dyes (system, chemical nature) principles of dyeing interpretation of results selected dyeing procedures
4. Light microscopy and microphotography basic terms, microscope setup microscope adjustment (Köhler´s principle) maintenance of microscope techniques of light microscopy microphotography
5. Selected histochemical methods in botanical microtechnique what is and what is not histochemical detection adequate control, influence of pretreatments (fixation) interpretation of results selected methods
6. Basics on image processing and analysis digitalisation of the image and its parameters processing of the image (equalisation, filtration) image analysis (thresholding, binary image, data extraction, software)
Last update: RNDr. Hana Konrádová, Ph.D. (15.03.2019)
1. Mikroskopické preparáty různé typy preparátů (trvalé, vitální, repliky) a jejich využití fixace, dehydratace zalévací média, infiltrace
2. Řezání rostlinných objektů v mikrotechnice mikrotomy (ruční, rotační, sáňkové, kryotom) nůž jeho údržba a použití příprava ručních řezů příprava parafínových řezů, nastavení mikrotomu "žehlení" řezů a jejich lepení na sklíčka
4. Základy světelné mikroskopie a mikrofotografie vysvětlení základních pojmů, složení mikroskopu seřízení mikroskopu (Köhlerův princip) údržba mikroskopu některé techniky světelné mikroskopie mikrofotografie.
5. Základní přehled histochemických metod v bot. mikrotechnice co je a není histochemická detekce kontrolní řezy, vliv předchozího ošetření (fixace) interpretace získaných výsledků vybrané postupy
6. Informace o možnostech editace a analýze obrazu digitalizace obrazu a jeho parametry editace digitálního obrazu (equalizace, filtrace,) analýze obrazu (binární obraz, prahování, extrakce dat, dostupný software)
