Seminar in data analysis - MB120S20

• Title: Seminář statistické analýzy ekologických dat
• Czech title: Seminář statistické analýzy ekologických dat
• Guaranteed by: Department of Botany (31-120)
• Faculty: Faculty of Science
• Actual: from 2023
• Semester: winter
• E-Credits: 3
• Examination process: winter s.:
• Hours per week, examination: winter s.:0/2, C [HT]
• Capacity: unlimited
• Min. number of students: 5
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Note: enabled for web enrollment
• Guarantor: prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
• Teacher(s): RNDr. Jiří Hadrava, Ph.D.; prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.

Annotation

Last update: prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc. (25.09.2023)

Předmět je určen pro studenty magisterského a doktorského studia.

Seminář se koná každou středu v 10,00 ráno v pracovně Tomáše Herbena (Benátská 2, 2. patro)

Kurs chceme zaměřit především na složitější jednorozměrné techniky, které nejsou součástí základního
statistického kursu (Biostatistika a plánování ekologických pokusů, Janovský et al., MB120P163). Probírané
techniky samozřejmě budou záležet hodně na typech dat, které si účastníci přinesou, ale představujeme si
zejména tyto skupiny analýz:
• data s hierarchicky strukturovanými úrovněmi variability, které je třeba analyzovat různými typy smíšených modelů;
• data s korelovanými chybami (prostorová nebo fylogenetická data), které je třeba analyzovat pomocí generalized
least squares (GLS);
• data, kde závislé proměnné nelze modelovat pomocí normálního rozdělení a je třeba použít zobecněné lineární
modely (GLM), nebo zobecněné aditivní modely (GAM);
• obecné (nelinearizovatelné) regresní závislosti.
V kursu se nechceme věnovat analýze sekvenačních dat a konstrukci fylogenetických stromů (zde odkazujeme na
specializované bioinformatické kursy), pokud možno se nechceme věnovat ani datům s mnohorozměrnými
závislými proměnnými (které obvykle slouží spíš k vytváření hypotéz než k jejich testování; zde odkazujeme na kurs
Biostatistika 2).

Kurs bude probíhat seminární formou. Na začátku běhu budou jednotliví účastníci prezentovat, jakou otázku si
kladli, cíl, s jakým sbírali data, a popíšou strukturu dat, jež chtějí v kursu analyzovat. Na základě toho rozdělíme
data (a jejich majitele) do skupin s podobnou strukturou dat. V následující části kursu budeme postupně
procházet jednotlivé typy datových struktur a praktikovým způsobem zkoumat možnosti jejich analýzy, společně je
analyzovat a interpretovat získané výsledky.

Podmínkou účasti v kursu jsou nasbíraná a uspořádaná data pro analýzu a dobrá otázka, kterou je možno těmito
daty zodpovědět. Kurs bude probíhat v prostředí jazyka R, čili také předpokládáme alespoň základní znalost tohoto
jazyka a prostředí.

Literature

Last update: Mgr. Michal Štefánek (17.05.2023)

Zuur, Alain F. et al. (2009) Mixed Effects Models and Extensions in Ecology With R. New York, NY, Springer.

Crawley M.J. (2007) The R Book. Wiley.

Venables W. N. and Ripley B. D. (2002) Modern Applied Statistics with S. Springer