Please note the lectures are given in Czech language only.
Introduction to data analysis and experimental design for ecologists.
Topics: principles of parameter estimation and inference in statistics, analysis of variance, simple one-way ANOVA, two-way ANOVA, multiple comparison tests, linear regression analysis, assumptions of the linear model, data transformation, regression × correlation, frequency tables, spatial and temporal autocorrelation (introduction), principles of design of ecological experiments, factorial and orthogonal designs, block designs.
Detailed information available in Moodle system under MB120P31 Biostatistika a plánování ekologických pokusů (old course code; in Czech only).
Last update: Mgr. Michal Štefánek (29.04.2022)
Přednáška chce poskytnout přehled základních statistických technik pro zpracování ekologických dat na uživatelské úrovni. Snaží se intuitivně vysvětlit smysl, povahu a možnosti používaných metod a ilustrovat je příklady. Součástí přednášky jsou praktika na zpracování dat.
V akad. roce 2021/22 přednášejí Tomáš Herben a Zdeněk Janovský, praktika vedou Zdeněk Janovský, Klára Koupilová, Jan Smyčka, Jiří Hadrava a Tomáš Jor. První přednáška i první cvičení jsou v týdnu od 4.10.
Počítáme s presenční výukou, v případě opatření MZdr ČR proti epidemii blbosti se úměrně přesuneme do virtuálního prostoru (pravděpodobně na platformu GoogleMeet - pro případnou představu vizte nahrávky předmětu z minulého roku v prostředí Moodle). O konkrétní podobě případného přechodu na distanční basi byste byli informováni emailem.
Podrobnější informace o předmětu naleznete na Moodlu (http://dl2.cuni.cz/) pod starým kódem MB120P31.
Literature -
Last update: Mgr. Michal Štefánek (29.04.2022)
Recommended textbooks:
Lepš J.: Biostatistika. - Skripta BF JčU.
Sokal a Rohlf: Biometry. - W.H. Freeman, San Francisco.
Crawley M.J. (2013): The R book. - 2nd ed. John Wiley & Sons, Chichester.
Dalgaard P. Introductory Statistics with R. - Springer.
Last update: Mgr. Michal Štefánek (29.04.2022)
Doporučená základní literatura:
Lepš J.: Biostatistika. - Skripta BF JčU.
Sokal a Rohlf: Biometry. - W.H. Freeman, San Francisco.
Crawley M.J. (2013): The R book. - 2nd ed. John Wiley & Sons, Chichester.
Dalgaard P. Introductory Statistics with R. - Springer.
Requirements to the exam -
Last update: Mgr. Michal Štefánek (29.04.2022)
Written test, testing theoretical knowledge (8 open questions - 4 points each).At least 50% points are required to pass the exam. The exam can be entered only after passing of the practicals.
Practicals consist of analysing datasets by introduced statistical methods.This is achieved in the form of three tests (to be elaborated partly at home and partly during lessons of practicals).At least 65% of points must be obtained from these tests in total.More information on Moodle subject.
Alternatives under CoViD 19 measures
The tests at praciticals and exam shall be transferred into Moodle environment. Other conditions remain the same.
Last update: Mgr. Michal Štefánek (29.04.2022)
Zkouška - písemný doplňovací test teoretických znalostí (8 otevřených otázek za každou je možno získat až 4 body, tedy celkem lze získat max. 32 b.). Ke složení zkoušky je poteba získat alespoň 50 % bodů. Podmínkou pro zkoušku je absolvování zápočtu z praktik.
Zápočet - sestává z vyřešení dílčích příkladů z jednotlivých okruhů. Ty jsou řešeny formou tří průběžných testů (kombinovaně - úlohy na doma a v hodinách). Z průběžných testů je potřeba získat alespoň 65 % bodů. Více informací na Moodle předmětu (pod starým kódem MB120P31).
Varianta pro případ kurňavirových opatření
Zkouška i zápočet budou převedeny online do prostředí Moodle - rozvržením se úlohy a podmínky nemění, ale změní se způsob zadání a místo vypracovávání.
Syllabus -
Last update: Mgr. Michal Štefánek (29.04.2022)
Syllabus of course topics in Biostatistics and planning of ecological experiments
1) Introduction to statistics - variable properties, descriptive statistics 2) Introduction to statistics - variance, relations of two variables, correlation 3) Basics of statistical inference, estimation of basic population parameters 4) Basics of statistical modeling, regression, model diagnostics 5) Formulation and testing of hypotheses, analysis of variance 6) Bayesian statistics, differences between statistical interaction and predictor correlation 7) ANOVA - continuation; Design of experiments 8) Design of experiments; Factors with fixed and random effects 9) Partial, nonlinear and local regression 10) Multiple regression - continuation, model selection, use of information criteria 11) Categorical dependent variables, classical tests 12) Introduction to logistic regression and parametric analysis of non-normal variables 13) "Consultation lecture"
Last update: Mgr. Michal Štefánek (29.04.2022)
Rozvržení témat přednášky z Biostatistiky a plánování ekologických pokusů pro rok 2021/22
1) Úvod do statistiky – vlastnosti proměnných, deskriptivní statistika - 4.10. (ZJ)
2) Úvod do statistiky – variance, vztahy dvou proměnných, korelace - 11.10. (TH)
3) Základy statistické inference, odhad parametrů základního souboru - 18.10. (TH)
4) Základy statistického modelování, regrese, diagnostika modelů - 25.10. (ZJ)
5) Formulace a testování hypothes, analysa variance - 1.11. (ZJ)
6) Bayesovská statistika, rozdíly mezi statistickou interakcí a korelací prediktorů - 8.11. (ZJ)
