Advanced methods in DNA sequence and multilocus data analyses - MB120P143E

• Title: Advanced methods in DNA sequence and multilocus data analyses
• Czech title: Pokročilé metody hodnocení sekvencí DNA a multilokusových dat
• Guaranteed by: Department of Botany (31-120)
• Faculty: Faculty of Science
• Actual: from 2022
• Semester: winter
• E-Credits: 3
• Examination process: winter s.:
• Hours per week, examination: winter s.:1/2, C+Ex [HT]
• Capacity: unlimited
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: English
• Note: enabled for web enrollment
• Guarantor: RNDr. Filip Kolář, Ph.D.
• Teacher(s): RNDr. Filip Kolář, Ph.D.

Annotation

English

Last update: RNDr. Filip Kolář, Ph.D. (27.09.2023)

The main aim is to learn how to perform an independent analysis of a dataset of molecular markers in an extent faced by students during their research work. The core of the work is thus hands-on practical experience with analysis of empirical data, supervised by the teachers - the format is approximating real work on own data generated during their independent research work (e.g. during master or PhD project). Sample datasets will be always provided, an analysis of own data in the project work is possible and welcomed but not required. Previous experience with scripting / R environment is welcome but not strictly required.

Course will be taught in English, in six half-days blocks on Fridays 9:00-13:00. For more info incl actual schedule see https://www.plantecologicalgenomics.cz/advanced-methods-in-dna-sequence-and-mulilocus-data-analyses-mb120p143/

Czech

Last update: RNDr. Filip Kolář, Ph.D. (27.09.2023)

Cílem kurzu je naučit studenty samostatně zpracovat soubor molekulárních dat (takových které mohou reálně získat při řešení magisterské/dizertační práce) a výsledky interpretovat v souladu s biologickým pozadím daného problému. Kurz je zaměřen na základní i odvozené analýzy sekvenčních a multilokusových dat běžně užívaných v současné evoluční biologii: sekvence DNA, vč. mnoha=genových stromů získaných analýzou transkriptomů nebo target-capture metodami, mikrosatelity, SNPs. V průběhu semestru si student vyzkouší samostatnou práci se vzorovými datasety - k dispozici bude mít jednoduché návody a konzultace s vyučujícími (6 čtyřhodinových bloků).
Kurz je určen především pokročilým studentům magisterského stupně a začínajícím doktorandům, kteří již mají teoretický základ o metodách analýzy molekulárních dat.

Kurz poběží v angličtině, polo-blokově vzdy půlden v pátek 9:00 - 13:00. Blizsi informace vcetne rozpisu terminu viz https://www.plantecologicalgenomics.cz/advanced-methods-in-dna-sequence-and-mulilocus-data-analyses-mb120p143/

Literature

English

Last update: RNDr. Filip Kolář, Ph.D. (04.10.2023)

Hall BG (2011) Phylogenetic trees made easy. 4th edition. Sinauer

Hartl DL & Clark AG (2007): Principles of Population Genetics. 4th edition. Sinauer

 

Requirements to the exam

English

Last update: Mgr. Michal Štefánek (04.05.2022)

Every student selects a topic and will run such a "homework project" i. e. will process a provided sample/own dataset using the presented tools and share their results with others during a short presentation. Credits will be given for the presentation of such own project work.

 

Czech

Last update: Mgr. Michal Štefánek (04.05.2022)

V průběhu kurzy student/ka vypracuje "projekt" - samostatnou analýzu a interpretaci konkrétního reálného datasetu - a v průběhu jednoho z kurzů jej odprezentuje ostatním účastníkům kurzu (vlastní data výhodou, ale ne nutností). Zápočet se uděluje za vhodně zpracovaný a prezentovaný "projekt".

Entry requirements

English

Last update: Mgr. Michal Štefánek (04.05.2022)

Enrolled students should have basic theoretical knowledge of DNA sequence and multilocus molecular data analysis, phylogenetic tree construction and population genetics.
 Before enrolling, it is advisable to have completed at least one of the following courses: Use of molecular markers in systematics and pop. biol. of plants (MB120P44, T. Fér), 
or Cladistics and other methods of reconstruction of evolution (MB120P83, K. Marhold) or Molecular taxonomy (MB160P21, V. Hampl)

 

Czech

Last update: Mgr. Michal Štefánek (04.05.2022)

Přihlášení studenti by měli mít základní teoretické znalosti o analýze sekvenčních a multilokusových molekulárních dat, tvorbě fylogenetických stromů a populační genetice. Před přihlášením je vhodné mít absolvovaný alespoň jeden z následujících kurzů: Využití molekulárních markerů v systematice a pop. biol. rostlin (MB120P44, T. Fér), nebo Kladistika a další metody rekonstrukce evoluce (MB120P83, K. Marhold) nebo Molekulární taxonomie (MB160P21, V. Hampl)