Genomic and diagnostic techniqeues - MB110P34

• Title: Genomické a diagnostické techniky
• Czech title: Genomické a diagnostické techniky
• Guaranteed by: Department of Anthropology and Human Genetics (31-110)
• Faculty: Faculty of Science
• Actual: from 2019
• Semester: summer
• E-Credits: 5
• Examination process: summer s.:
• Hours per week, examination: summer s.:2/2, C+Ex [HT]
• Capacity: unlimited
• Min. number of students: 5
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Note: enabled for web enrollment
• Guarantor: Mgr. Katarína Kološtová, Ph.D.
• Teacher(s): Mgr. Katarína Kološtová, Ph.D.; Mgr. Radek Šindelka, Ph.D.

Annotation

English

Last update: VACKOVA (24.04.2002)

Nucleic Acid Structure and Function. Chromosome structure and Function. Genetic Information Transfer. Human Genome Organisation and Expression. Mutation and Human DNA instability. Multigene Families and repeat sequences. Human DNA cloning. Molecular hybridization. Human Genome and evolution relationship.

References
J. D. Watson, M. Gilman, J. Witkowski, M. Zoller - Recombinant DNA. Scientific American Books, New York, 1997. W. B. Coleman, G. J. Tsongalis - Molecular Diagnostics. Humana Press, Totowa, New Jersey, 1997. R. A. Eeles, B. A. J. Ponder, D. F. Easton, A. Horwich - Genetic Predisposition to Cancer. Chapman and Hall Medical, Oxford, 1996.

Czech

Last update: Mgr. Lenka Dupejová (06.03.2019)

Předmět seznamuje studenty se základními diagnostickými technikami klinických a výzkumných laboratoří se zaměřením na nové genomické analýzy a inovativní postupy z tzv. translačního výzkumu. Součástí předmětu je taky část o personalizované medicíně a tzv. precizní medicíně.
Metodologické postupy zahrnují: pre-analytickou fázi testování (transport, příprava vzorků), analytickou fázi testování (izolace nukleových kyselin/RNA, DNA z různých typů tkání, stanovení čistoty a kvality připravených vzorků, kvantifikace genové exprese pomocí polymerázové řetězové reakce/PCR/, kvantitativní PCR v reálném čase /qPCR/, digitální PCR, analýza qPCR dat). Úvod do genomické analýzy zahrnuje: historii genomiky, genomické diagnostické metody, základy sekvenování a sekvenování nové generace. Součástí základu molekulární patologie jsou imunohistochemie, cytogenetika, komparativní genomová hybridizace - CGH, spektrální karotypování - SKY, fluorescenční in situ hybridizace FISH.

Literature

Last update: Mgr. Lenka Dupejová (06.03.2019)

Prezentace z přednášek.

Molekulární medicína-  kol., Ondřej Slabý, Galén, 2015

Next Generation Sequencing: Translation into Clinical Diagnostics – kol., Lee – Jung C.Wong,  Springer, 2013

A- Z of quantitative PCR – kol., Stephen Bustin, IUL Biotechnology Series, 2004

Cytology, Diagostic Principles and Clinical Correlates, E Cibas B. Ducatatman , Elsevier, 2009

Requirements to the exam

Last update: Mgr. Lenka Dupejová (06.03.2019)

Podmínky udělení započtu: vypracování úkolů v průběhu kurzu.

Podmínky udělení zkoušky: absolvování testu zaměřeného na řešení praktických úloh, vypracování úkolů

Syllabus

Last update: Mgr. Lenka Dupejová (06.03.2019)

Součástí kurzu je den, kdy přednáší odborníci z laboratoří, kteří jsou specialisty pro jednotlivé obory (např. molekulární patolog, pracovník laboratoře pro prenatální testování, biotechnolog apod).

 

Sylabus

1. Pre-analytická a analytický fáze testování v klinické a výzkumné laboratoři:  Příprava vzorků pro testování biologických molekul (izolace buněčných subtypů, izolace DNA/RNA/miRNA, proteinů z různých vzorků (tkáně, tělní tekutiny, fixovaná tkáň). Kontrola kvality nukleových kyselin.

2. Práce se sekvencemi (genetické databáze, sestřihové varianty, navrhování primerů a navrhování experimentů).

3. Analýza genové exprese (real-time PCR se zaměřením se na absolutní, relativní kvantifikaci, next generation sequencing, microarrays).

4. Diagnostické metody

 biomarker prognostický, prediktivní v klinických studiích - na příkladu tekuté biopsie- cirkulujících nádorových buněk, volné cirkulující DNA nádorové, volné cirkulující DNA v průběhu prenatálního testování

 základy klinických studií pro testování biomarkerů

 základy cytogenetiky (histochemie, imunohistochemie, FISH)

 analýza mutací PCR, RFLP, multiplex ligation specific probe amplification (MLPA), sekvenace, next generation sequencing (NGS), miRNA, microarrays, digitální PCR

 imunoanalýza proteinů (ELISA, western blotting, epispot)

 epigenetická analýza: volná cirkulující DNA, metylace

 základy genomiky a genomické analýzy: sekvenování, sekvenování nové generace a jeho implementace do klinické diagnostiky

 

Kurz probíhá v bloku a je založen na přednáškách a řešení případných praktických úkolů. Návštěva laboratoří včetně možnosti sekvenování (NGS) je nabízena studentům po domluvě.