DNA/RNA Sequencing Technology and Bioinformatics - EDPLM002

• Title: DNA/RNA Sequencing Technology and Bioinformatics
• Guaranteed by: Department of science and research (14-260)
• Faculty: Faculty of Medicine in Pilsen
• Actual: from 2019
• Semester: winter
• Points: 0
• E-Credits: 0
• Examination process: winter s.:
• Hours per week, examination: winter s.:6/3, C [HS]
• Capacity: unknown / unknown (unknown)
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Teaching methods: full-time
• Teaching methods: full-time
• Guarantor: prof. Ing. Jaroslav Hrabák, Ph.D.

Annotation

Last update: Ing. Daniela Vyzrálová (06.11.2018)

Kurz povede k rozvoji znalostí v oblasti moderních sekvenačních technik, tj. celogenomové sekvenaci na různých
platformách (2., 3. generace). Rovněž se bude věnovat sekvenaci RNA s cílem stanovení exprese proteinů.
Nedílnou součástí analýzy dat jsou i bioinformatické přístupy. Kurz se uskutečňuje jedenkrát za rok v anglickém
jazyce. Zápočet je udělen za účast.

Literature

Last update: Ing. Daniela Vyzrálová (06.11.2018)

Patrick Murray Ken Rosenthal Michael Pfaller: Medical Microbiology, 2016, ISBN: 9780323299565

Fournier PE, Drancourt M, Colson P, Rolain JM, La Scola B, Raoult D. Modern clinical microbiology: new challenges and solutions. Nat Rev Microbiol. 2013 Aug;11(8):574-85.

Syllabus

Last update: Ing. Daniela Vyzrálová (06.11.2018)

Sekvenační techniky nukleových kyselin ovlivňují řadu medicínských oborů, mikrobiologii nevyjímaje. V rámci předmětu budou shrnuty možnosti sekvenace DNA a RNA, počínaje sekvenováním první generace až po sekvenace dlouhých fragmentů DNA. Studenti budou mít možnost se s těmito technikami seznámit i prakticky. Důraz bude věnován především celogenomové sekvenaci mikrobiálního genomu (bakterie, viry, mikromycety), včetně analýz mobilních genetických elementů (především plazmidů). Posluchači budou seznámeni s možnostmi bioinformatické analýzy dat, včetně různých softwarových nástrojů.