Modelling in epidemiology - CEM015P2

• Title: Modelování v epidemiologii
• Guaranteed by: Department of Hygiene 3FM CU (12-HYG)
• Faculty: Third Faculty of Medicine
• Actual: from 2022
• Semester: summer
• Points: 3
• E-Credits: 3
• Examination process: summer s.:
• Hours per week, examination: summer s.:1/1, C+Ex [HT]
• Capacity: unknown / unknown (unknown)
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: not taught
• Language: Czech
• Teaching methods: full-time
• Teaching methods: full-time
• Guarantor: doc. Ing. Luděk Berec, Dr.

Annotation

Last update: RNDr. Sylva Rödlová, Ph.D. (29.06.2022)

Úvod do matematického modelování epidemií, ilustrace aplikace modelů v praxi, včetně nácviku praktických dovedností, porozumění metodám přípravy stochastického a deterministického modelu, popis faktorů ovlivňujících šíření infekční choroby a jejich inkorporace do modelu, kritické čtení literatury obsahující infekční modely.

Aim of the course

Last update: RNDr. Sylva Rödlová, Ph.D. (29.06.2022)

Porozumění existujícím matematickým modelům v epidemiologii, poznání cesty od formulace vědecké otázky až po interpretaci modelových výstupů, včetně praktické dovednosti, schopnost kriticky zhodnotit předpoklady a výstupy modelů, schopnost komunikovat jak s modeláři, tak těmi, jimž jsou výsledky modelů určeny, znalost spektra existujících modelů různých typů infekcí.

 

Course completion requirements

Last update: RNDr. Sylva Rödlová, Ph.D. (29.06.2022)

Předmět je ukončen zkouškou.

Literature

Last update: RNDr. Sylva Rödlová, Ph.D. (29.06.2022)

Vynnycky E., White R. G. (2010) An introduction to infectious disease modelling. Oxford University Press.

Anderson R. M., May R. M. (1991) Infectious diseases of humans: dynamics and control. Oxford University Press.

Vybrané vědecké články k jednotlivým tématům.

Výukové materiály.

Teaching methods

Last update: doc. MUDr. Pavel Dlouhý, Ph.D. (14.09.2022)

Přednášky, semináře, cvičení.

Celkový rozsah praktické výuky v rámci předmětu bude 15 hodin.

Requirements to the exam

Last update: RNDr. Sylva Rödlová, Ph.D. (29.06.2022)

Zápočtový test z probraného učiva. Ústní zkouška z teoretického obsahu předmětu včetně návrhů praktického řešení předložených příkladů.

Syllabus

Last update: RNDr. Sylva Rödlová, Ph.D. (29.06.2022)

·        Význam a cíle matematického modelování (nejen) v epidemiologii

·        S(E)IR: základní matematický model epidemie

·        Základní a efektivní reprodukční číslo a metody jejich odhadu

·        Anatomie přenosu: faktory ovlivňující šíření infekcí a jejich zahrnutí do modelů

·        Kontrola šíření infekcí: NPIs, vakcinace, treatment a jejich zahrnutí do modelů

·        Náhoda a variabilita: stochastické modely a práce s nimi + praktická část

·        Praktický nácvik vývoje modelů na základě verbálního popisu epidemie

·        Ilustrace epidemických modelů z literatury pro významné infekční choroby

·        Kalibrace modelů na pozorovaná data + praktická část

·        Další typy modelů: endemické infekce, pohlavně přenosné infekce, infekce přenášené vektory, makroparazitární infekce + ilustrace pro specifické choroby

·        Práce s nejistotou a interpretace modelových výstupů

·        Komunikace modelů a jejich výstupů směrem k veřejnosti, médiím, lékařům a politikům

·        Průběžně: kritické čtení literatury obsahující epidemické modely

 

Course completion requirements

Last update: RNDr. Sylva Rödlová, Ph.D. (29.06.2022)

Předmět je ukončen zkouškou.