The course is focused on deepening knowledge of the molecular mechanisms of selected immune processes, the basics of which were covered in the introductory Immunology lectures. In the winter semester, students work individually on an assigned project, while lectures take place in the summer semester.
Last update: Dobeš Jan, doc. Mgr., Ph.D. (25.09.2024)
Kurs je zaměřen na prohloubení znalostí o molekulárních mechanismech vybraných imunitních dějů, jejichž základy byly probrány v základní přednášce Imunologie. V zimním semestru probíhá individuální práce studentů na zadaném projektu, přednášky probíhají v letním semestru.
Last update: Dobeš Jan, doc. Mgr., Ph.D. (25.09.2024)
Literature -
- Murphy K.: Janeway's Immunobiology (Immunobiology: The Immune System (Janeway)), 8th Edition, Garland Science Publishing 2011, 888 pages, ISBN-13: 978-0815342434 5. vydání je přístupné k vyhledávání na NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=imm.TOC&depth=2 - A. K. Abbas, A. H. Lichtman, S. Pillai: Cellular and Molecular Immunology, 8th Edition, Saunders 2012, 560 pages, ISBN-13: 978-0323222754 http://books.google.cz/books?id=qtJY05rIUKQC - T. J. Kindt, R. A. Goldsby, B. A. Osborne: Kuby Immunology, 7th Edition, W.H. Freeman, 2013, 574 pages, ISBN-13: 978-1429219198
Last update: Dobeš Jan, doc. Mgr., Ph.D. (25.09.2024)
- Murphy K.: Janeway's Immunobiology (Immunobiology: The Immune System (Janeway)), 8th Edition, Garland Science Publishing 2011, 888 pages, ISBN-13: 978-0815342434 5. vydání je přístupné k vyhledávání na NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=imm.TOC&depth=2 - A. K. Abbas, A. H. Lichtman, S. Pillai: Cellular and Molecular Immunology, 8th Edition, Saunders 2012, 560 pages, ISBN-13: 978-0323222754 http://books.google.cz/books?id=qtJY05rIUKQC - T. J. Kindt, R. A. Goldsby, B. A. Osborne: Kuby Immunology, 7th Edition, W.H. Freeman, 2013, 574 pages, ISBN-13: 978-1429219198
Last update: Dobeš Jan, doc. Mgr., Ph.D. (25.09.2024)
Requirements to the exam -
Winter semester (zápočet):
To earn credits, students are expected to work continuously on a topic related to the Molecular Immunology course outline. They will prepare a presentation and talk, no longer than 5 minutes, covering a specific immunological molecular mechanism. Students select topics related to the course outline during the first week of the semester, with approval from the course guarantor.
By the end of November, students will present their work and receive feedback. Credits will be awarded upon submission of the final approved version of the presentation. This approved version will be presented by the students as part of the course during the summer semester.
In summer semester (exam):
During the summer semester, students can earn bonus points: an entrance test (1st lecture, max. 5 bonus points), a mid-term test (6th lecture, max. 10 bonus points), and active participation in lectures (max. 10 bonus points). At the end of the lectures in the summer semester, the exam will be conducted in the form of a written test (max. 100 points).
Grading:
95 or more points: Excellent (1)
85 or more points: Very good (2)
70 or more points: Good (3)
Less than 70 points: Failed (4)
Last update: Štěpánek Ondřej, Mgr., Ph.D. (02.02.2025)
Zimní semestr (zápočet):
Pro získání zápočtu jsou studenti povinni průběžně pracovat na tématu souvisejícím s osnovou předmětu Molekulární imunologie. Připraví prezentaci a referát, který nesmí přesáhnout 5 minut a který bude zaměřen na konkrétní imunologický molekulární mechanismus. Studenti si vybírají témata související s osnovou předmětu v prvním týdnu semestru, přičemž téma musí být schváleno garantem předmětu.
Na konci listopadu studenti prezentují výsledky své práce a obdrží zpětnou vazbu. Zápočet bude udělen po odevzdání finální schválené verze prezentace. Tato schválená verze bude studenty prezentována jako integrální součást kurzu během letního semestru.
Letní semestr (zkouška):
Během letního semestru mnohou studenti získat bonusové body: vstupní test (1. přednáška, max. 5 bonusových bodů), průběžný test (6. přednáška, max. 10 bonusových bodů), aktivní účast na přednáškách (max. 10 bonusových bodů). Po konci přednášek v letní semestru bude probíhát zkouška formou písemného testu (max. 100 bodů).
Známování:
95 a více bodů: výborně (1)
85 a více bodů: velmi dobře (2)
70 a více bodů: dobře (3)
Méně než 70 bodů: neprospěl/a (4)
Last update: Štěpánek Ondřej, Mgr., Ph.D. (02.02.2025)
Syllabus -
WINTER SEMESTER: individual work on presentation related to the Molecular Immunology course outline, presentation of the results of individual wok.
SUMMER SEMESTER:
1. Introduction. Models and experimental methods. Major signaling pathways – principles and overview. Entry test (max. 5 BONUS points).
2. How cells perceive infection? Extracellular and intracellular receptors. Major innate signaling pathways. Danger signals. Interferons.
3. Major innate protective mechanisms. Complement, phagocytosis and oxidative burst, degranulation, NETosis.
4. Receptors of adaptive immunity. Generation of B- and T-cells repertoires. Antigen presentation. Cross-presentation. MHCI, MHCII, MHC-like molecules. NK receptors.
5. B-cell development and activation. BCR signaling, isotypes, antibody-antigen recognition, in silico designed target binders
6. T-cell development and activation. TCR signaling, TCR sequence – specificity relationship, TCR signaling, specific features of TCR, chimeric receptors. Mid-term test (max. 10 BONUS points)
7. Interplay between adaptive and innate immunity NK cells, Fc receptors, type 1/2/3 immunity, ILCs, gamma-delta T cells
8. Co-stimulation and inhibitory signaling. Costimulation and inhibitory receptors. Cytokine signaling, regulatory circuits, IL-2 as a model cytokine.
9. Cell death. Types of cell death, pro-inflammatory and anti-inflammatory cell death, removal of dead cells, NK and T-cell mediated cell death, induced depletion of cells by antibodies, TNF-mediated cell death, interferons.
10. Immunometabolism. Energy metabolism. Glycolytic switch. Role of metabolites in immune regulations. Polyamine synthesis.
11. Omics in immunology. Systems immunology. Single cell RNAseq, spatial OMICs, proteomics.
Last update: Štěpánek Ondřej, Mgr., Ph.D. (16.03.2025)
ZIMNÍ SEMESTR: Individuální práce na prezentaci související s osnovou předmětu Molekulární imunologie, prezentace výsledků individuální práce.
LETNÍ SEMESTR:
Úvod. Modely a experimentální metody. Hlavní signální dráhy – principy a přehled. Vstupní test (max. 5 BONUS bodů).
Jak buňky vnímají infekci? Extracelulární a intracelulární receptory. Hlavní vrozené signální dráhy. Signály nebezpečí. Interferony.
Hlavní mechanizmy vrozené ochranné mechanizmy. Komplement, fagocytóza a oxidativní výbuch, degranulace, NETóza.
Receptory adaptivní imunity. Generace repertoárů B- a T-lymfocytů. Prezentace antigenů. Křížová prezentace. MHCI, MHCII, molekuly podobné MHC. NK receptory.
Vývoj a aktivace B-lymfocytů. Signální dráhy, izotypy, rozpoznávání protilátek a antigenů, in silico predikce pro vazebné molekuly cílových proteinů.
Vývoj a aktivace T-lymfocytů. Signální dráhy, vztah mezi sekvencí TCR a specifitou, TCR signální dráhy, specifické vlastnosti TCR, chimérické receptory. Průbežný test (max. 10 BONUS bodů)
Rozhraní adaptivní a vrozené imunity NK buňky, Fc receptory, imunita typu 1, 2, 3, ILCs, gama-delta T-lymfocyty
Kostimulace a inhibiční signální dráhy. Kostimulační a inhibiční receptory. Cytokinové signální dráhy, regulační okruhy, IL-2 jako modelový cytokin.
Buněčná smrt. Typy buněčné smrti, prozánětlivá a protizánětlivá buněčná smrt, odstranění mrtvých buněk, buněčná smrt zprostředkovaná NK a T-buňkami, indukovaná deplece buněk protilátkami, TNF-zprostředkovaná buněčná smrt, interferony.
Immunometabolismus. Energetický metabolismus. Glykolytický přepínač. Role metabolitů v imunitní regulaci. Syntéza polyaminů.
Omics v imunologii. Systémová imunologie. Transkriptomika na jednobuněčné úrovni, spatial omics, proteomika.
Last update: Štěpánek Ondřej, Mgr., Ph.D. (16.03.2025)
Entry requirements -
The prerequisite is the completion and knowledge at the level of one of the basic immunology courses: Immunology (MB150P14E) or Imunologie (MB150P14B).
Last update: Dobeš Jan, doc. Mgr., Ph.D. (25.09.2024)
Předpokladem je splnění a znalosti na úrovni některé ze základních imunologických přednášek: Immunology (MB150P14E) nebo Imunologie (MB150P14B).
Last update: Dobeš Jan, doc. Mgr., Ph.D. (25.09.2024)
