Modelling in epidemiology - CEM015P2

• Title: Modelování v epidemiologii
• Guaranteed by: Department of Hygiene 3FM CU (12-HYG)
• Faculty: Third Faculty of Medicine
• Actual: from 2022
• Semester: summer
• Points: 3
• E-Credits: 3
• Examination process: summer s.:
• Hours per week, examination: summer s.:1/1, C+Ex [HT]
• Capacity: unknown / unknown (unknown)
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: not taught
• Language: Czech
• Teaching methods: full-time
• Guarantor: doc. Ing. Luděk Berec, Dr.

Annotation

Úvod do matematického modelování epidemií, ilustrace aplikace modelů v praxi, včetně nácviku praktických dovedností, porozumění metodám přípravy stochastického a deterministického modelu, popis faktorů ovlivňujících šíření infekční choroby a jejich inkorporace do modelu, kritické čtení literatury obsahující infekční modely.

Last update: Rödlová Sylva, RNDr., Ph.D. (29.06.2022)

Aim of the course

Porozumění existujícím matematickým modelům v epidemiologii, poznání cesty od formulace vědecké otázky až po interpretaci modelových výstupů, včetně praktické dovednosti, schopnost kriticky zhodnotit předpoklady a výstupy modelů, schopnost komunikovat jak s modeláři, tak těmi, jimž jsou výsledky modelů určeny, znalost spektra existujících modelů různých typů infekcí.

 

Last update: Rödlová Sylva, RNDr., Ph.D. (29.06.2022)

Course completion requirements

Předmět je ukončen zkouškou.

Last update: Rödlová Sylva, RNDr., Ph.D. (29.06.2022)

Literature

Vynnycky E., White R. G. (2010) An introduction to infectious disease modelling. Oxford University Press.

Anderson R. M., May R. M. (1991) Infectious diseases of humans: dynamics and control. Oxford University Press.

Vybrané vědecké články k jednotlivým tématům.

Výukové materiály.

Last update: Rödlová Sylva, RNDr., Ph.D. (29.06.2022)

Teaching methods

Přednášky, semináře, cvičení.

Celkový rozsah praktické výuky v rámci předmětu bude 15 hodin.

Last update: Dlouhý Pavel, doc. MUDr., Ph.D. (14.09.2022)

Requirements to the exam

Zápočtový test z probraného učiva. Ústní zkouška z teoretického obsahu předmětu včetně návrhů praktického řešení předložených příkladů.

Last update: Rödlová Sylva, RNDr., Ph.D. (29.06.2022)

Syllabus

·        Význam a cíle matematického modelování (nejen) v epidemiologii

·        S(E)IR: základní matematický model epidemie

·        Základní a efektivní reprodukční číslo a metody jejich odhadu

·        Anatomie přenosu: faktory ovlivňující šíření infekcí a jejich zahrnutí do modelů

·        Kontrola šíření infekcí: NPIs, vakcinace, treatment a jejich zahrnutí do modelů

·        Náhoda a variabilita: stochastické modely a práce s nimi + praktická část

·        Praktický nácvik vývoje modelů na základě verbálního popisu epidemie

·        Ilustrace epidemických modelů z literatury pro významné infekční choroby

·        Kalibrace modelů na pozorovaná data + praktická část

·        Další typy modelů: endemické infekce, pohlavně přenosné infekce, infekce přenášené vektory, makroparazitární infekce + ilustrace pro specifické choroby

·        Práce s nejistotou a interpretace modelových výstupů

·        Komunikace modelů a jejich výstupů směrem k veřejnosti, médiím, lékařům a politikům

·        Průběžně: kritické čtení literatury obsahující epidemické modely

 

Last update: Rödlová Sylva, RNDr., Ph.D. (29.06.2022)