OS - Bayesian statistical modelling and workflow in Stan - DV11255

• Title: VP - Bayesovské statistické modely a workflow v jazyku Stan
• Guaranteed by: Ústav bioinformatiky (13-831)
• Faculty: Second Faculty of Medicine
• Actual: from 2023
• Semester: summer
• Points: 3
• E-Credits: 3
• Examination process: summer s.:
• Hours per week, examination: summer s.:0/20, C [HS]
• Capacity: unknown / 12 (12)
• Min. number of students: 1
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Teaching methods: full-time
• Teaching methods: full-time
• Note: course can be enrolled in outside the study plan; enabled for web enrollment
• Guarantor: Mgr. Martin Modrák, Ph.D.

Course completion requirements

Last update: Bc. Helena Procházková (15.01.2024)

Zápočet

Requirements to the exam

Last update: Bc. Helena Procházková (15.01.2024)

Předmět je splněn řešením malého projektu - ideální projekt vychází z konkrétního analytického problému, který studenta zajímá. Řešení typického projektu by mělo vyžadovat 2 - 10 hodin samostatné práce mimo předmět + konzultace a společná práce v rámci cvičení.

Syllabus

Last update: Bc. Helena Procházková (15.01.2024)

Předmět představí základy budování statistických modelů a analýzy dat v jazyku Stan.

Prinicipy Hamiltonian Monte Carlo, instalace Stan, jednoduché modely

Základy workflow - prior predictive check, posterior predictive check, kritika modelu a jeho rozšiřování

Regresní a smíšené modely

Ladění modelů, simulation-based calibration, konkrétní modelovací techniky dle projektů studentů (může zahrnovat například diskrétní parametry, Gaussovské procesy, monotónní prediktory, systémy diferenciálních rovnic, analýza přežití, mixture modely, …)

Společná práce a konzultace na projektu

Předpokládá základy programování v R/Pythonu (pro Python bude trochu menší podpora). Znalost základních konceptů Bayesovské statistiky vítána, ale není nutná. Praktická část výuky proběhne na vlastním NTB.