Communication in chemistry: molecular visualization tools and Internet sites; chemistry newsgroups and discussion lists; science writing aids (software); the publication process - primary, secondary, and tertiary sources. How and where to start: guides to chemical information sources and databases; general information on computer searching; current awareness, reviews, and document delivery; background reading: dictionaries, encyclopedias, and other books; introduction to Chemical Abstracts (SciFinder), Beilstein (Reaxys), Web of Science.
Last update: Jindřich Jindřich, doc. RNDr., CSc. (08.05.2012)
Formou praktických cvičení v e-learningovém prostředí Moodle se studenti seznámí se základy datových formátů používaných (nejen) v chemii, (txt, html, jpg, gif, mol, smiles, ...), o toku informací ve vědeckém světě, s obecnými i specializovanými zdroji informací (internet, CAS, Reaxys, Web of Science, patentové databáze, ...) a o tom, jak tyto zdroje a (i chemický) software efektivně využívat při vypracování vědeckých pojednání (bakalářských prací).
Last update: Jindřich Jindřich, doc. RNDr., CSc. (08.05.2012)
Literature -
All materials needed to complete the course are available at http://dl2.cuni.cz/course/view.php?id=1413 for the students signed for the course.
Last update: Jindřich Jindřich, doc. RNDr., CSc. (01.06.2018)
Veškeré studijní materiály potřebné ke zvládnutí předmětu jsou dostupné na http://dl2.cuni.cz/course/view.php?id=1413 pro studenty zapsané do kurzu.
Last update: Jindřich Jindřich, doc. RNDr., CSc. (08.09.2014)
Requirements to the exam -
To complete the course, a student has to fulfill the following:
- sign into the online course on dl2.cuni.cz
- solve in time an assignment for every lecture (once a week) to at least 60 %
- solve the final online test, to at least 60 %
Last update: Jindřich Jindřich, doc. RNDr., CSc. (01.06.2018)
Pro udělení zápočtu je nutné splnit následující:
- příhlásit se do kurzu na dl2.cuni.cz, kde probíhá online komunikace mezi vyučujícím a studenty - každý týden vyřešit úspěšně a včas cvičení k tématům daného týdne (~ 1 h týdně) - vyřešit závěrečný test, který se skládá z otázek řešených v rámci průběžných cvičení (test se řeší v hodině online, je nutné dosáhnout alespoň 60% bodů)
Last update: Jindřich Jindřich, doc. RNDr., CSc. (01.06.2018)
Syllabus -
1. Visualization using HTML, basics of HTML, data file formats, web browsers and plugins. E-mail discussion groups.
2. Tools to create scientific documents - Overview of software used for the creation of scientific publications. Publication process - definition of terms primary, secondary and tertiary literature, bibliographic databases.
3. Guides to chemical resources (Database summary sheets, search servers). Computer searching (search servers, relational databases, basics of SQL).
4. Current awareness, e-mail alerts, online journals, bibliographic databases (Web of Science), documents delivery. Dictionaries, encyclopedia, tables.
5. SciFinder. How to use software to access CAS databases - CA Plus, Registry, ...
6. Reaxys - basics of compounds search.
7. Zotero - personal bibliographics database.
8. Patents. Definition, conditions for assignment, protection of rights, patent databases. Toxicological information. Safety data sheets (MSDS), toxicological databases (Toxnet, HSDB).
10. Command line - MS Windows. Basics of batch scripts.
11. How to prepare PowerPoint presentations. Organization of material for visual presentation, the layout of presentation.
12. Cambridge Structural Database.
13. Final online test.
Last update: Jindřich Jindřich, doc. RNDr., CSc. (01.06.2018)
1. Vizualizace pomocí HTML, základy HTML, formáty datových souborů, webové prohlížeče a pluginy. E-mailové diskuzní skupiny.
2. Nástroje k tvorbě vědeckých pojednání - Přehled software vhodného k tvorbě vědeckých publikací. Publikační proces - definice pojmů primární, sekundární a terciární literatura, bibilografické databáze - obecný popis.
3. Průvodci chemickými zdroji (Database sumary sheets, vyhledávací obecné a specializované servery, adresáře online, tištěné příručky). Počítačové hledání (na Internetu - adresáře, vyhledávací servery, relační databáze, vyhledávácí dotazy - úvod do SQL).
4. Průběžné sledování informací - current awareness, e-mail alerts, časopisy online, bibliografické databáze (Web of Science), doručování dokumentů. Sovníky, Encyklopedie, Tabulky.
5. SciFinder.. Návod k používání software pro přístup k databázím CAS - CA Plus, Registry, ...
6. Reaxys - základy vyhledávání (sloučeniny).
7. Zotero - osobní bibliografická databáze.
8. Patenty. Definice, podmínky pro udělení, způsob ochrany práv, patentové databáze. Toxikologické informace. Bezpečnostní listy (MSDS), toxikologické databáze (Toxnet, HSDB).
10. Příkazový řádek MS Windows. Základy tvorby skriptů/dávkových úloh.
11. Jak připravit prezentaci v PowerPointu. Získávání a organizace materiálu pro vizuální prezentaci, základy rozložení a návrhu prezentace.
12. Cambridge Structural Database.
13. Závěrečný online test.
Last update: Jindřich Jindřich, doc. RNDr., CSc. (01.06.2018)
Learning outcomes -
After completing the course, the student:
Creates a simple web page using HTML and knows its meaning and structure (basic tags and attributes and their functions).
Uses advanced functions of word processors (Microsoft Word, or Open Office Write) to create automatically numbered objects (figures, diagrams, tables), cross-reference them from text and create content.
Uses a chemical structure drawing program (ChemDraw, ChemSketch) to draw structures and schemes and ways to insert them into a word processor.
Searches the largest commercial chemical databases (SciFinder-n, Reaxys) for compounds according to their properties (m.p., b.p., ...), names or structures, and also searches for chemical reactions according to the structure of the starting substances or products.
Searches scientific publication databases (Web of Science, SciFinder-n, Reaxys) for publications by keywords, authors, publication type and other parameters using logical operators, field names and extension symbols.
He knows the basic meaning of patents and searches the largest patent databases for patents using advanced search techniques as well as patent-specific parameters.
Uses a personal bibliographic database (Zotero, possibly Mendeley) to collect bibliographic citations for the final thesis, knows how to annotate the citation records appropriately, and can use the database when writing the thesis.
Uses the command line to run operating system commands and creates a batch file to run multiple commands at once.
Looks up the 3D structures of molecules in a crystallographic database (CSD), which it connects to remotely using the command line, and uses them to create publication-quality images.
Last update: Jindřich Jindřich, doc. RNDr., CSc. (12.08.2024)
Po absolvování předmětu student:
Vytvoří jednoduchou webovou stránku za využití HTML a zná její smysl a strukturu (základní značky a atributy a jejich funkce).
Používá pokročilé funkce textových procesorů (Microsoft Word, příp. Open Office Write) pro tvorbu automaticky číslovaných objektů (obrázků, schémat, tabulek), křížových odkazů na ně z textu a vytvoření obsahu.
Používá program pro kreslení chemických struktur (ChemDraw, ChemSketch) k nakreslení struktur a schémat a způsoby jejich vkládání do textového procesoru.
Vyhledá v největších komerčních chemických databázích (SciFinder-n, Reaxys) sloučeniny podle jejich vlastností (t.t., t.v., ...), názvů či struktury a také vyhledá chemické reakce podle struktury výchozích látek nebo produktů.
Vyhledá v databázích vědeckých publikací (Web of Science, SciFinder-n, Reaxys) publikace podle klíčových slov, autorů, typu publikace a dalších parametrů za využití logických operátorů, názvů polí a rozšiřovacích symbolů.
Zná základní smysl patentů a vyhledá v největších patentových databázích patenty s použitím pokročilých vyhledávacích technik i podle položek specifických pro patenty.
Používá osobní bibliografickou databázi (Zotero, příp. Mendeley) pro sběr bibliografických citací pro závěrečnou práci, umí záznamy citací vhodně anotovat, a umí databázi při jejím sepisování použít.
Používá příkazovou řádku pro spuštění příkazů operačního systému a vytváří dávkový soubor pro spuštění několika příkazů najednou.
V krystalografické databázi (CSD), ke které se vzdáleně připojí za využití příkazové řádky, vyhledá 3D struktury molekul a použije je k tvorbě obrázků v publikační kvalitě.
Last update: Jindřich Jindřich, doc. RNDr., CSc. (12.08.2024)
