Last update: doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D. (28.02.2024)
PROTEOMIKA, PRÁCE S BÍLKOVINAMI
Úvod do proteomiky. Proteomika vs. genomika. Genocentrický a proteocentrický pohled. Možnosti, nástroje a limitace proteomiky. Práce s bílkovinami - proteiny , peptidy a jejich vlastnosti, homogenizace, frakcionace, detergenty, rozpustnost, srážení, denaturace, koncentrace. Značení a derivatizace bílkovin. Separační metody – chromatografické (LC) a elektroforetické. Specifika přípravy vzorku pro proteomickou analýzu, digesce vzorku na peptidy, proteázy a chemické štěpení, čištění a separace peptidů.
HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE A IDENTIFIKACE PROTEINŮ
Principy hmotnostní spektrometrie. Instrumentace. Hmotnostní spektra. MS, MS/MS, typy ionizace, analyzátory, detektory, citlivost, rozlišení. Principy identifikace peptidů a proteinů, fragmentace peptidů, MS spektra, MS/MS fragmentační spektra a získání sekvenční informace, principy identifikace proteinu v databázích na základě naměřených dat. Bottom-up a Top-down analýza. Analýza post-translačních modifikací.
SBĚR DAT, SEPARACE a IDENTIFIKACE PROTEINŮ
LC-MS/MS v proteomice. Data-dependent analýza (DDA) versus data-independent analýza (DIA) a jejich využití. Databáze, False discovery rate.
KVANTIFIKACE PROTEINŮ v PROTEOMICE.
Label-free kvantifikace, cílené kvantitativní metody (MRM/SRM/PRM). Metody založené na značení stabilními izotopy - TMT, iTRAQ, SILAC, dimetylace.
DESIGN PROTEOMICKÉHO EXPERIMENTU, PRÁCE S DATY
Velikost souboru, výběr kontrol, statistika, bioinformatické nástroje a zdroje.
SPECIÁLNÍ METODY V PROTEOMICE
Proteomická analýza membránových proteinů. Metody studia dynamických změn proteomu a změn stability nebo lokalizace proteinů. Studium proteinových komplexů. Klinická proteomika, biomarkery, tělní tekutiny, deplece a specifika práce s lidským biologickým materiálem. Single-cell proteomika.