Practical course of molecular phylogenetics - MB160C21

• Title: Praktikum z molekulární fylogenetiky
• Czech title: Praktikum z molekulární fylogenetiky
• Guaranteed by: Department of Parasitology (31-161)
• Faculty: Faculty of Science
• Actual: from 2023 to 2023
• Semester: winter
• E-Credits: 1
• Examination process: winter s.:
• Hours per week, examination: winter s.:0/22, C [HS]
• Capacity: 24
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: English
• Additional information: http://web.natur.cuni.cz/~vlada/moltax/
• Note: enabled for web enrollment
• Guarantor: doc. Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D.
• Teacher(s): doc. Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D.; Mgr. Jiří Novák

Annotation

English

Annotation - Application of molecular biology techniques in taxonomy, epidemiology, forensic medicine, evolutionary biology, sociobiology. Basic laboratory techniques, sequencing, molecular fingerprinting, DNA hybridization, allozyme analysis, immunological techniques. Genetic distances, construction of phylogenetic trees, analysis of statistical support for the trees. See also http://web.natur.cuni.cz/~vlada/moltax/.

Last update: Hampl Vladimír, doc. Mgr., Ph.D. (02.09.2024)

Czech

Praktické cvičení ke kurzu B160P21 Molekulární taxonomie. Obsah: Praktické cvičení
zaměřené na seznámení posluchačů se základními programy využívanými v molekulární taxonomii a příbuzných oborech a
základními molekulárně biologickými technikami používanými v molekulární taxonomii a fylogenetice. Počet posluchačů
může být omezen. Více informací na http://web.natur.cuni.cz/~vlada/moltax/.

Last update: Hampl Vladimír, doc. Mgr., Ph.D. (02.09.2024)

Literature

Felsenstein J: Inferring phylogenies. Sinauer Associates, Inc., USA, 2004

Hillis DM, Moritz C a Mable BK: Molecular Systematics, second edition. Sinauer Associates, Inc., USA, 1996

Avise JC. Molecular Markers, Natural History and Evolution, second edition. Sinauer Associates, Inc., USA, 2004

Last update: Hampl Vladimír, doc. Mgr., Ph.D. (02.09.2024)

Requirements to the exam

Odevzdání samostatně vyřešené úlohy.

Last update: Hampl Vladimír, doc. Mgr., Ph.D. (02.09.2024)

Syllabus

Practicals will be held in room 311 (V7) on Thursdays at 14:50.

23. 11. – Database searches, sequence formats, alignment

30. 11. – Trees from the DNA sequences

7. 12. – Trees from amino acid sequences

14. 12. – Bayesian methods, molecular dating

21. 12. – Metabarcoding

Last update: Hampl Vladimír, doc. Mgr., Ph.D. (02.09.2024)