The course demonstrates basic techniques used for preparation of protist parasites for biochemical experiments. It demonstrates cell homogenization and fractionation using differential and isopycnic gradient centrifugation, spectrophotometric determinations of enzyme activities and liquid chromatography methods of protein purification.
Last update: Hrdý Ivan, doc. RNDr., Ph.D. (25.10.2019)
Praktikum seznamuje se základními technikami preparace jednobuněčných parazitů pro biochemické experimenty. Demonstruje různé metody homogenizace buněk, buněčnou frakcionaci a purifikaci organel za použití diferenciální a isopyknické centrifugace, spektrofotometrické stanovení kinetických parametrů enzymů, purifikaci a charakterizaci proteinů různými typy kapalinové chromatografie a další biochemické analytické metody. Praktikum nelze zapsat, pokud student zároveň nebo v předchozím studiu neabsolvoval přednášku B160P17. Počet studentů na praktiku je omezen maximálně na 10.
Last update: Hrdý Ivan, doc. RNDr., Ph.D. (21.03.2019)
Literature -
Relevant literature: M.P. Deutscher: Guide to Protein Purification. Academic Press 1990.
Detailed and up-to-date protocols will available for every projet during the course.
Last update: Hrdý Ivan, doc. RNDr., Ph.D. (25.10.2019)
Odborná literatura: M.P. Deutscher: Guide to Protein Purification. Academic Press 1990.
Podrobné tištěné a aktualizované protokoly jsou k dispozici ke každé úloze během praktika.
Last update: Hrdý Ivan, doc. RNDr., Ph.D. (25.10.2019)
Course assessment methods and requirements for successful completion, grading scheme -
Active participation on the course, mastering of the methods, calculation of kinetic and molecular parameters of the studied proteins, 100% attendance.
Last update: Hrdý Ivan, doc. RNDr., Ph.D. (25.10.2019)
Aktivní zvládnutí procvičovaných úloh, zvládnutí výpočtů kinetických a molekulárních parametrů studovaných proteinů, 100% docházka.
Last update: Hrdý Ivan, doc. RNDr., Ph.D. (25.10.2019)
Syllabus -
1. Cell homogenization methods
2. Methods of cell fractionation, isolation of organelles
Last update: Hrdý Ivan, doc. RNDr., Ph.D. (25.10.2019)
1. Techniky homogenizace buněk 2. Metody subcelulární frakcionace, izolace organel 3. Základní biochemické separační techniky 4. Metody stanovování enzymových aktivit 5. Výpočty kinetických charakteristik enzymů 6. Purifikace proteinů
Last update: Hrdý Ivan, doc. RNDr., Ph.D. (25.10.2019)
Learning outcomes -
After completing the course Practical Biochemistry of Parasites, students will be able to independently prepare cultures of unicellular parasites for biochemical analysis, including various methods of effective cell homogenization, cell fractionation, and organelle purification using differential and isopycnic centrifugation. Graduates will master spectrophotometric methods for determining enzyme kinetic parameters (e.g., Km, Vmax), purification and characterization of parasite's proteins using various types of liquid chromatography (e.g., gel filtration, ion exchange chromatography), and the application of other biochemical analytical techniques. Students will be able to interpret experimental data, identify sources of variability and errors, optimize protocols for specific parasites, and work safely with biological material in accordance with laboratory standards, enabling them to successfully pursue advanced biochemical research in parasitology.
Last update: Hrdý Ivan, doc. RNDr., Ph.D. (29.01.2026)
Po absolvování kurzu Praktikum z biochemie parazitů budou studenti schopni samostatně provádět přípravu kultur jednobuněčných parazitů pro biochemické analýzy, včetně různých metod efektivní homogenizace buněk, buněčné frakcionace a purifikace organel pomocí diferenciální a isopyknické centrifugace. Absolventi ovládnou spektrofotometrické metody pro stanovení kinetických parametrů enzymů (např. Km, Vmax), purifikaci a charakterizaci parazitárních proteinů různými typy kapalinové chromatografie (např. gelová filtrace, iontoměničová chromatografie) a aplikaci dalších biochemických analytických technik. Studenti budou schopni interpretovat experimentální data, identifikovat zdroje variability a chyb, optimalizovat protokoly pro specifické parazity a bezpečně pracovat s biologickým materiálem v souladu s laboratorními standardy, což jim umožní úspěšně navazovat na pokročilé biochemické výzkumy v parazitologii.
Last update: Hrdý Ivan, doc. RNDr., Ph.D. (29.01.2026)
