Last update: RNDr. Klára Konečná, Ph.D. (16.02.2024)
The subject Microbiology belongs to biological disciplines, providing basic knowledge about biology, morphology, metabolism, genetics, and pathogenicity of microorganisms. The emphasis is put on fundamental aspects of the relationship between microorganism-host-environment and antimicrobial agents. During the study, the student will gain an overview of various microbial entities. Among other things, the most medically relevant pathogens of infectious diseases and the basic techniques for detecting microbial agents in microbiological laboratories are introduced. The issue of antimicrobial therapy is included in the overview, as well. Education aims to prepare students to extend the basic knowledge from the subject for subsequent studies and on the application of knowledge in medical practice.
Last update: RNDr. Klára Konečná, Ph.D. (16.02.2024)
Předmět mikrobiologie je součástí biologických disciplín, poskytující základní poznatky o biologii, morfologii, metabolismu, genetice a patogenitě mikroorganismů. Důraz v tomto předmětu je primárně kladen na podstatné aspekty vztahu mikroorganismus - hostitel - prostředí a ovlivnění tohoto vztahu antimikrobními látkami. Student během studia tohoto předmětu získá přehled o různých mikrobiálních entitách. Dále bude obeznámen s problematikou antimikrobní terapie. Mimo jiné, bude obeznámen s klinicky nejdůležitějšími původci infekčních onemocnění a se základními technikami průkazu mikrobiálních činitelů v mikrobiologických laboratořích. Cílem výuky je připravit studenty rozvíjet získané poznatky při dalším studiu a aplikovat je ve zdravotnické praxi.
Course completion requirements -
Last update: RNDr. Klára Konečná, Ph.D. (16.02.2024)
Credit conditions: - 100% attendance in laboratory practice (no unexcused absence) - specified in more deails in the folder Study materials.
- Average mark from protocols less than / equal to 2.0. Protocols submitted no later than the end of June.
Exam conditions: - Received credit.
- Successfully passed exam test (20 questions + short essay/open- ended questions).
- Oral exam.
Last update: RNDr. Klára Konečná, Ph.D. (16.02.2024)
Podmínky pro udělení zápočtu:
Žádná neomluvená absence na praktických cvičeních z mikrobiologie - blíže specifikováno ve složce Studijní materiály.
Průměrná známka z protokolů méně/rovno 2.0. Protokoly odevzdané nejpozději do konce měsíce června.
Podmínky zkoušky z mikrobiologie:
Získaný zápočet z praktických cvičení.
Úspěšné absolvování zkouškového testu (20 otázek + esej/vypisovací okruhy)
Ústní část zkoušky.
Literature - Czech
Last update: RNDr. Klára Konečná, Ph.D. (16.02.2024)
Povinná:
Buchta, Vladimír, Horáček, Jiří Horák, Vladimír, Jílek, Petr. Základy mikrobiologie a parazitologie pro farmaceuty. Praha: Karolinum, 1998, 192 s. ISBN 80-7184-565-5.
Jílek, Petr, Förstl, Miroslav, Buchta, Vladimír, Kubanová, Petra. Úvod do mikrobiologických vyšetřovacích metod ve zdravotnictví. Praha: Karolinum, 2002, 104 s. ISBN 80-246-0459-0.
Votava, Miroslav. Lékařská mikrobiologie obecná. Brno: Neptun, 2001, 247 s. ISBN 80-902896-2-2.
Goering, Richard V. Dockrell, Hazel M. Zuckerman, Mark A. Chiodini, Peter L.. Lékařská mikrobiologie. Praha: Stanislav Juhaňák - Triton, 2016, 568 s. ISBN 978-80-7387-928-0.
Doporučená:
Votava, Miroslav. Lékařská mikrobiologie. Brno: Masarykova univerzita, 2000, 309 s. ISBN 80-210-2272-8.
Votava, Miroslav. Lékařská mikrobiologie speciální. Brno: Neptun, 2003, 495 s. ISBN 80-902896-6-5.
Syllabus -
Last update: RNDr. Klára Konečná, Ph.D. (16.02.2024)
Introduction to microbiology, milestones in microbiology, relationships between human and microbes
Basic review of antimicrobial compounds
Antibiotics
Resistance to antibiotics
Microbial genetics
Microbial physiology, morphology and metabolism of prokaryotes
Introduction to pharmaceutical microbiology
Medically important grampositive bacteria
Medically important gramnegative bacteria
Medically important acid-fast bacteria
Parazitology - parasitic protozoa and hemlmints
Sexually transmitted diseases
Introduction to mycology and virology
Introduction to laboratory practice in microbiology laboratory.
Last update: RNDr. Klára Konečná, Ph.D. (16.02.2024)
· lectures, PPT presentations
· seminars – discussion on given topic
· practical classes – introduction to basic methods used in microbiological laboratories
Last update: RNDr. Klára Konečná, Ph.D. (16.02.2024)
· přednášky, PPT prezentace
· semináře - diskuse na dané téma
· praktická cvičení - úvod do základních technik využívaných v mikrobiologické laboratoři
Requirements to the exam -
Last update: RNDr. Klára Konečná, Ph.D. (16.02.2024)
Knowledge of discipline defined in sylabus of the subject.
TOPICS IN THE SUBJECT MICROBIOLOGY
Part: General microbiology
1. The subject microbiology – aim of the study, disciplines, special/applied disciplines.
2. The role of microorganisms in nature – ecological role, role in medicine.
3. Utilization of microbes in food industry, biotechnological processes, bioremediation.
4. Microbes - their metabolism and relation to oxygen (photoautotroph, photoheterotroph, chemoautotroph, chemoheterotroph, strict aerobe, anaerobe, facultative anaerobe, …, (source of energy/carbon, examples).
5. The growth curve and factors affecting the growth of microbes.
6. The role of microbes in ecosystems – destruent, saprophyte, parasite, pathogen. Relations among organisms – symbiosis, commensalism, mutualism, parasitism.
7. Taxonomy of microorganisms – nomenclature and classification, binomial nomenclature.
57. Antimicrobials – classification according ethiology, definition, application, classification according the effect/according the spectrum of activity.
58. Antibiotics – classification according to the target in microbes/mechanism of action.
59. Antibiotics – classification according to chemical structure.
60. Beta-lactam antibiotics – target, mechanism of action, spectrum, mechanisms of resistance, groups – penams, cephems, carbapenems, monobactams- examples; inhibitors of beta-lactamases.
61. Aminoglycosides – mechanism of action, spectrum, examples, mechanisms of resistance.
62. Tetracyclines - mechanism of action, spectrum, examples, mechanisms of resistance.
63. Chloramphenicol - mechanism of action, spectrum, examples, mechanisms of resistance, toxicity.
64. Glycopeptides - mechanism of action, spectrum, examples, toxicity.
65. Macrolides - mechanism of action, spectrum, examples.
66. Lincosamides - mechanism of action, spectrum, examples.
67. Quinolones - - mechanism of action, spectrum, examples – division into generations, contraindication.
68. Ansamycins - mechanism of action, spectrum, examples, resistance.
69. Sulphonamides - mechanism of action, spectrum, examples.
70. Nitrofurans/Nitroimidazoles - mechanism of action, spectrum, examples.
71. Antituberculotics - mechanisms of action, examples.
75. Sequels of microbial contamination/spoilage of pharmaceuticals, prevention of microbial degradation/contamination of pharmaceutical products.
76. Microbiological control in pharmacy – sterility control and testing, division of pharmaceutical products into categories, bacterial endotoxin/pyrogen testing.
Methodical approaches in the microbiological laboratory
26. Určování citlivosti na antimikrobní látky in vitro - diskový difúzní test, E-test, mikrodiluční bujónový test – MIC, MBC.
Klinická mikrobiologie
27. Klinicky významné Gram pozitivní koky - St. aureus, St. epidermidis, … (morfologie, kataláza, plazmakoaguláza, hemolýza, produkce toxinů, enzymů, infekce), MRSA, VRSA.
28. Klinicky významné Gram pozitivní koky – streptokoky, enterokoky, dělení streptokoků do skupin dle hemolýzy, dle antigenní struktury, dle patofyziologie, Streptococcuspyogenes, Str. agalactiae, viridující streptokoky, Str. pneumoniae, E. faecium, E. faecalis, … (onemocnění, produkce toxinů, enzymů, léčba).
29. Klinicky významné Gram negativní koky – meningokok, gonokok (Neisseria meningitidis, N. gonorrhoeae), onemocnění, cesta přenosu, klinický obraz, léčba, prevence, laboratorní diagnostika – oxidáza, kultivace.
76. Hlavní zdroje kontaminace surovin a farmaceutických produktů. Kritéria mikrobiologické nezávadnosti léků, jejich testování. Mikrobiální degradace farmaceutických přípravků.
77. Sterilní farmaceutické produkty. Kontrola sterility a kvality farmaceutických výrobků.
78. Aseptická příprava léků, boxy s laminárním prouděním, hygienická opatření a kontrola prostředí (správná laboratorní praxe).
Metodické přístupy v mikrobiologické laboratoři
- dezinfekce, předsterilizační příprava, sterilizace, stěrové metody
- mikroskopické techniky, nativní a barvený preparát
- kultivace, podmínky kultivace, typy kultivačních půd, využití kultivačních půd
- testování citlivosti mikroorganismů vůči antimikrobním látkám