Subjects

The course is intended for students of the 3rd year of General Medicine, takes place in the summer semester and consists of seven lectures and seven practical sessions.

Last update: Brennan Kearns Pavla, doc. MUDr., Ph.D. (12.02.2025)

Kurz je určen pro studenty 3. ročníku všeobecného lékařství, probíhá v letním semestru a skládá se ze 7 přednášek a 7 praktických cvičení.

Last update: Brennan Kearns Pavla, doc. MUDr., Ph.D. (12.02.2025)

Participation in practical sessions. It is possible to miss one practical session for a serious reason.

Last update: Brennan Kearns Pavla, doc. MUDr., Ph.D. (12.02.2025)

Účast na praktických cvičení. Jedna absence je možná.

Last update: Brennan Kearns Pavla, doc. MUDr., Ph.D. (12.02.2025)

Kenneth J. Rothman, Epidemiology: An Introduction, 2nd edition , Oxford University Press , 2012. The

book can be obtained through this link: https://ebookcentral.proquest.com/lib/cuni/detail.action?docID=5763681

Last update: Brennan Kearns Pavla, doc. MUDr., Ph.D. (12.02.2025)

Kenneth J. Rothman, Epidemiology: An Introduction, 2nd edition, Oxford University Press, 2012. Knihu je

možné získat přes tento odkaz: https://ebookcentral.proquest.com/lib/cuni/detail.action?docID=5763681

Last update: Brennan Kearns Pavla, doc. MUDr., Ph.D. (12.02.2025)

The course ends with a written exam that takes place during the exam period. It is necessary to register for the exam via SIS, the dates will be announced during May. Bring an ordinary calculator (not a phone) and a pen

to the exam. The exam tests the achievement of the pre-defined intended learning outcomes and consists of 20 questions with 4 possible answers, only one of which is correct. One point is awarded for each correctly

answered question.

Final grade:

18, 19 and 20 points: 1

16 and 17 points: 2

14 and 15 points: 3

13 or less points: 4 (failed)

In the case of a "failed" result, it is necessary to re-register for the written exam via SIS. In case of failure on the second attempt, a third attempt follows, which will take place as an oral exam. The oral exam will also test achievement of the specified intended learning outcomes.

Quizes:

On Moodle, there are 6 voluntary quizzes available to encourage ongoing study. Each quiz is active during the odd-numbered week from Monday 8:00 AM to Thursday 8:00 PM. The correct answers to the quiz

questions will be displayed on Friday. Each quiz consists of 5 randomly generated questions covering material from the previous week. You have 15 minutes to complete the quiz. Quiz 1 is active in the 3rd

teaching week, Quiz 2 in the 5th week, Quiz 3 in the 7th week, Quiz 4 in the 9th week, Quiz 5 in the 11th week, and Quiz 6 in the 13th week. Each correct answer earns one point, meaning a total of 30 points can be achieved by completing all quizzes. These points can be added as a bonus to your first exam attempt as follows:

29-30 points from quizzes – 3 extra points on the written exam

27-28 points from quizzes – 2 extra points on the written exam

25-26 points from quizzes – 1 extra points on the written exam

Last update: Brennan Kearns Pavla, doc. MUDr., Ph.D. (12.02.2025)

Kurz je ukončený písemnou zkouškou, která se koná ve zkouškovém období. Na zkoušku je nutné se zapsat přes SIS, termíny budou vypsané na konci letního semestru. Na zkoušku si přineste obyčejnou kalkulačku

(nikoliv telefon). Zkouška testuje dosažení předem definovaných cílů učení a skládá se z 20 otázek se 4 možnostmi odpovědí, z nichž pouze jedna je správná. Za každou správnou odpověď je udělen 1 bod.

Výsledná známka:

18, 19 a 20 bodů: 1

16 a 17 bodů: 2

14 a 15 bodů: 3

13 a méně bodů: 4 (neprospěl/a)

V případě výsledku „neprospěl/a“ je nutné se znovu zapsat na písemnou zkoušku přes SIS. V případě neúspěchu při druhém pokusu následuje třetí pokus, který proběhne jako ústní zkouška u garantky kurzu.

Průběžné kvízy:

Na moodle je k dispozici 6 dobrovolných kvízů jako motivace k průběžnému studiu. Každý kvíz je aktivní v lichém týdnu, který následuje po výukovém týdnu, a to od pondělí 8:00 do čtvrtka 20:00. Správné odpovědi ke kvízovým otázkám se zobrazí v pátek. Kvíz je tvořen 5 náhodně generovanými otázkami, které testují učivo z předchozího týdne. Na vyplnění kvízu je 15 minut. Kvíz 1 je tedy aktivní ve 3. výukovém týdnu, kvíz 2 v 5. výukovém týdnu, kvíz 3 v 7. výukovém týdnu, kvíz 4 v 9. výukovém týdnu, kvíz 5 v 11. výukovém týdnu a kvíz 6 ve 13. výukovém týdnu. Za každou správnou odpověď se počítá jeden bod, tedy při vyplnění všech kvízů je možné dosáhnout 30 bodů. Tyto body slouží jako přilepšení k výsledkům z prvního pokusu zkoušky následujícím způsobem:

29-30 bodů z kvízů – 3 body navíc k písemné zkoušce

27-28 bodů z kvízů – 2 body navíc k písemné zkoušce

25-26 bodů z kvízů – 1 bod navíc k písemné zkoušce

Last update: Brennan Kearns Pavla, doc. MUDr., Ph.D. (12.02.2025)

Lectures:

1) Foundations of epidemiology and evidence-based medicine

Intended learning outcomes: Define the role of epidemiology. Evaluate the credibility of the evidence of individual types of descriptive and analytical studies according to the hierarchy in medical research. Contrast and explain the terms internal validity, external validity, and precision.

2) Association and causality

Intended learning outcomes: Explain the principle of randomization. Interpret the results of “intention-to-treat” and “per protocol” analysis. Contrast the concepts of allocation concealment and blinding. Apply Bradford-Hill criteria to the results of an observational study.

3) Principles of epidemiology of infectious diseases

Intended learning outcomes: Explain the concepts of the epidemic cycle and the process of disease transmission in a population. Define key terms and describe concepts in infectious disease epidemiology (e.g., attack rate, epidemic, pandemic, SIR model, reproductive number). Explain infectious disease surveillance and provide specific examples. List basic epidemiological measures and provide concrete examples of their practical application.

4) Epidemiologist in a healthcare facility

Intended learning outcomes: Explain the role of hygienists and epidemiologists in a healthcare facility. Describe the differences in the epidemic cycle within a hospital setting (e.g., variations in susceptible individuals, differences in hospital microbial flora, modes of transmission). Define healthcare-associated infections and list the most common pathogens, as well as surveillance

methods and epidemiological measures. Outline the role of a physician and the structure of consultations in travel medicine, providing examples of the most common infections addressed in this field.

5) Introduction to social epidemiology and health inequalities

Intended learning outcomes: Define what are social determinants of health using examples and describe multiple mechanisms by which they influence individual and public health. Understand ways of measuring inequalities (absolute vs. relative) and differences between disparity, inequity, and inequality. Explain the concept of natural experiment and quasi-experiment and describe how they may

contribute to establishing causal links in social epidemiology. Debate how social determinants of health may influence quality of care and what clinicians can do to limit their role.

6) Emerging and re-emerging infectious diseases

Intended learning outcomes: Explain the terms emerging and re-emerging infections and provide specific examples. Define risk factors for the occurrence of emerging and re-emerging infections. Using an example, describe methods that can be used to prevent the occurrence and transmission of these infections.

7) What is hot in infectious disease epidemiology

Intended learning outcomes: Describe trends in the incidence of selected infections in the Czech Republic and globally. Assess trends in the incidence of infections for which long-term vaccination programs are in place in the Czech Republic and worldwide. Describe the characteristics of selected infections and outline possible preventive and control

measures.

Practical sessions:

1) Parameters of disease occurrence and death

Intended learning outcomes:

Calculate a suitable indicator of the occurrence of a disease (chance, prevalence, risk, incidence rate,

attack rate) and death (mortality, case fatality rate).

Reflect on the appropriateness of using cumulative incidence and incidence rate on the example of

specific diseases.

Hypothesize a mechanism in the change of incidence / prevalence / mortality / case fatality rate.

2) Association parameters

Intended learning outcomes:

Calculate an appropriate relative (risk ratio, incidence rate ratio, odds ratio) or absolute (risk

difference, incidence rate difference, attributable risk, population attributable risk) indicator for the

association between a risk/protective factor and a disease.

Interpret the resulting association indicator in terms of its value and statistical significance.

3) Observational analytical studies

Intended learning outcomes:

Recognize the type of study and assess the strength of its evidence within the hierarchy.

Characterize main advantages and disadvantages of analytical studies.

Propose an appropriate analytical study design for a specific research question.

Calculate and interpret an appropriate indicator of association (relative risk, odds ratio).

4) Bias

Intended learning outcomes:

Determine individual types of bias (confounding, selection bias, information bias) and their effect on

the outcome of the study.

Contrast between a confounding factor, a mediator, and an effect modifier.

Apply various methods of eliminating confounding factors.

5) Journal Club

Intended learning outcomes:

Evaluate the overall quality, validity and precision of an observational study.

Interpret study results, including graphical displays (tables, graphs).

Recognize bias, its type and the direction, in which it distorts the results.

6) Evidence-based medicine I

Intended learning outcomes:

Formulate research and clinical questions using the PICO system.

Assess the overall quality, validity and precision of a randomized controlled trial.

Interpret result of a randomized controlled trial in terms of clinical and statistical significance.

Decide whether it is possible to apply result of a randomized controlled trial to a specific patient.

7) Evidence-based medicine II

Intended learning outcomes:

Assign a level of evidence (AD) for a study.

Evaluate validity of a systematic review (specificity of the question, search and selection strategy of

studies, evaluation of the risk of bias of primary studies).

Interpret a Forrest plot (value, precision, heterogeneity).

Assess the risk of publication bias in a systematic review / meta-analysis.

Last update: Brennan Kearns Pavla, doc. MUDr., Ph.D. (12.02.2025)

Přednášky:

1) Základy epidemiologie a medicíny založené na důkazech

Cíle učení: Definovat úlohu epidemiologie. Zhodnotit věrohodnost důkazu jednotlivých typů deskriptivních a analytických studií dle hierarchie v lékařském výzkumu. Kontrastovat a vysvětlit pojmy interní validita, externí validita a přesnost.

2) Asociace a kauzalita

Cíle učení: Vysvětlit princip randomizace. Interpretovat výsledky analýz „intention-to-treat“ a „per protocol“. Kontrastovat pojmy skrytá alokace a zaslepení. Aplikovat Bradford-Hillova kritéria na výsledky observační studie.

3) Principy epidemiologie infekčních nemocí

Cíle učení: Vysvětlit koncepty epidemický cyklus a proces šíření nákaz v populaci. Definovat základní termíny a charakterizovat koncepty v epidemiologii infekčních nemocí (např. attack rate, epidemie, pandemie, model SIR, reprodukční číslo). Vysvětlit surveillance infekčních nemocí a uvést konkrétní příklady. Vyjmenovat základní epidemiologická opatření a uvést konkrétní příklady jejich praktického užití.

4) Úvod do sociální epidemiologie a do nerovností ve zdraví

Cíle učení: Definovat sociální determinanty zdraví pomocí příkladů a popsat mechanismy, kterými ovlivňují zdraví jedince a společnosti. Kontrastovat způsoby měření nerovností (absolutní vs. relativní) a rozdíly mezi disparitou, neprávem a nerovností. Vysvětlit koncept přirozeného experimentu a kvazi-experimentem a popsat, jak mohou přispět k vytvoření příčinných vztahů v sociální epidemiologii. Diskutovat o tom, jak sociální determinanty zdraví mohou ovlivnit kvalitu péče a co mohou lékaři udělat k omezení jejich vlivu.

5) Epidemiolog ve zdravotnickém zařízení

Cíle učení: Vysvětlit činnost hygienika a epidemiologa ve zdravotnickém zařízení. Vysvětlit odlišnosti epidemického cyklu v nemocnici (např. odlišnosti u vnímavé osoby, odlišnosti

nemocniční mikrobiální flóry, možnosti přenosu). Definovat infekce spojené se zdravotní péčí a vyjmenovat nejčastější původce těchto infekcí, surveillance a epidemiologická opatření. Charakterizovat činnost lékaře a strukturu konzultace v cestovní medicíně a uvést příklady nejčastějších infekcí, které jsou v rámci cestovní medicíny řešeny.

6) Emergentní a re-emergentní nákazy

Cíle učení: Vysvětlit pojmy emergentní a re-emergentní nákazy a uvést konkrétní příklady. Definovat rizikové faktory pro vznik emergentních a re-emergentních nákaz. Na příkladu vysvětlit, jaké lze použít metody k zabránění vzniku a přenosu těchto nákaz.

Praktická cvičení:

1) Parametry výskytu nemocí a úmrtí

Cíle učení:

Vypočítat vhodný ukazatel výskytu nemoci (šance, prevalence, riziko, incidence rate, attack rate) a úmrtí (smrtnost, úmrtnost).

Reflektovat vhodnost použití kumulativní incidence a incidence rate na příkladu konkrétních nemocí.

Vytvořit hypotézu mechanismu při změně incidence / prevalence / úmrtnosti / smrtnosti.

2) Parametry asociace

Cíle učení:

Vypočítat vhodný relativní (podíl rizik, podíl měr incidencí, podíl šancí) nebo absolutní (rozdíl rizik, rozdíl měr incidencí, atributivní riziko, populační atributivní riziko) ukazatel asociace mezi rizikovým/ochranným faktorem a nemocí.

Interpretovat výsledný ukazatel asociace z hlediska jeho hodnoty a statistické významnosti.

3) Observační analytické studie

Cíle učení:

Rozpoznat typ studie a analyzovat sílu jejího důkazu v rámci hierarchie.

Charakterizovat hlavní výhody a nevýhody analytických studií.

Navrhnout vhodný design analytické studie pro konkrétní výzkumnou otázku.

Vypočítat a interpretovat vhodný ukazatel asociace pro analytickou studii (relativní riziko, podíl šancí).

4) Zkreslení

Cíle učení:

Určit jednotlivé druhy zkreslení (zavádějící faktor, výběrové zkreslení, informační zkreslení) a jejich vliv na výsledek studie.

Kontrastovat mezi zavádějícím faktorem, mediátorem a modifikátorem účinku.

Aplikovat různé metody eliminace zavádějících faktorů.

5) Journal Club

Cíle učení:

Zhodnotit celkovou kvalitu, validitu a preciznost observační studie.

Interpretovat výsledky studie včetně grafických zobrazení (tabulky, grafy).

Rozpoznat bias, jeho druh a směr, jakým zkresluje výsledky.

6) Medicína založená na důkazech I

Cíle učení:

Formulovat výzkumné a klinické otázky s použitím systému PICO.

Zhodnotit celkovou kvalitu, validitu a preciznost randomizované kontrolované studie.

Interpretovat výsledek randomizované kontrolované studie z hlediska klinické a statistické významnosti.

Rozhodnout, zda je možné aplikovat výsledek randomizované kontrolované studie na konkrétního pacienta.

7) Medicína založená na důkazech II

Cíle učení:

Přiřadit úroveň důkazu (A-D) pro výsledek studie.

Zhodnotit validitu systematického přehledu (konkrétnost otázky, strategie vyhledávání a výběru studií, zhodnocení rizika zkreslení primárních studií).

Interpretovat Forrest plot (hodnota, přesnost, heterogeneita).

Zhodnotit riziko publikačního zkreslení v systematickém přehledu/metaanalýze.

Last update: Brennan Kearns Pavla, doc. MUDr., Ph.D. (12.02.2025)