The course is intended for students of the 3rd year of General Medicine, takes place in the summer semester and consists of six lectures and seven practical sessions. Lectures and practical sessions have specific intended learning outcomes (see the syllabus on the following pages).
Last update: Brennan Kearns Pavla, doc. MUDr., Ph.D. (16.02.2024)
Kurz je určen pro studenty 3. ročníku všeobecného lékařství, probíhá v letním semestru a skládá se ze 6 přednášek a 7 praktických cvičení. Přednášky a praktická cvičení mají definované specifické cíle učení (viz sylabus).
Last update: Brennan Kearns Pavla, doc. MUDr., Ph.D. (16.02.2024)
Course completion requirements -
Participation in practical sessions: It is possible to miss one practical session for a serious reason, please let your teacher know.
● Successful completion of the online course "Vaccination - from Theory to Practice and Beyond” by 24.5.2024. The course is available on moodle: https://dl1.cuni.cz/course/view.php?id=4434. To successfully complete the course, you must achieve
at least 15 points in the self-test. You have 3 attempts.
Last update: Brennan Kearns Pavla, doc. MUDr., Ph.D. (16.02.2024)
1) Účast na praktických cvičení. Ze závažného důvodu je možné vynechat jedno praktické cvičení, omluvu prosím komunikujte svému kroužkovému učiteli.
2) Úspěšné absolvování online kurzu „Očkování – od teorie k běžné praxi a za rámec výuky“ do 24.5.2024. Kurz je dostupný na moodle: https://dl1.cuni.cz/course/view.php?id=4434. Pro úspěšné splnění kurzu je třeba dosáhnout alespoň 15 bodů v autotestu.
Na autotest máte 3 pokusy.
Last update: Brennan Kearns Pavla, doc. MUDr., Ph.D. (16.02.2024)
Literature -
Kenneth J. Rothman, Epidemiology: An Introduction, 2nd edition , Oxford University Press , 2012. The
book can be obtained through this link: https://ebookcentral.proquest.com/lib/cuni/detail.action?docID=5763681
Presentations from lectures and practical sessions and other study materials are available on moodle at this
Last update: Brennan Kearns Pavla, doc. MUDr., Ph.D. (16.02.2024)
Requirements to the exam -
The course ends with a written exam that takes place during the exam period. It is necessary to register for the exam via SIS, the dates will be announced during May. Bring an ordinary calculator (not a phone) and a pen
to the exam. The exam tests the achievement of the pre-defined intended learning outcomes and consists of 20 questions with 4 possible answers, only one of which is correct. One point is awarded for each correctly
answered question.
Final grade:
18, 19 and 20 points: 1
16 and 17 points: 2
14 and 15 points: 3
13 or less points: 4 (failed)
In the case of a "failed" result, it is necessary to re-register for the written exam via SIS. In case of failure on the second attempt, a third attempt follows, which will take place as an oral exam. The oral exam will also
test achievement of the specified intended learning outcomes.
Last update: Brennan Kearns Pavla, doc. MUDr., Ph.D. (16.02.2024)
Kurz je ukončený písemnou zkouškou, která se koná ve zkouškovém období. Na zkoušku je nutné se zapsat přes SIS, termíny budou vypsané na konci letního semestru. Na zkoušku si přineste obyčejnou kalkulačku
(nikoliv telefon). Zkouška testuje dosažení předem definovaných cílů učení a skládá se z 20 otázek se 4 možnostmi odpovědí, z nichž pouze jedna je správná. Za každou správnou odpověď je udělen 1 bod.
Výsledná známka:
18, 19 a 20 bodů: 1
16 a 17 bodů: 2
14 a 15 bodů: 3
13 a méně bodů: 4 (neprospěl/a)
V případě výsledku „neprospěl/a“ je nutné se znovu zapsat na písemnou zkoušku přes SIS. V případě neúspěchu při druhém pokusu následuje třetí pokus, který proběhne jako ústní zkouška u garantky kurzu.
Last update: Brennan Kearns Pavla, doc. MUDr., Ph.D. (16.02.2024)
Syllabus -
Lectures
1) Foundations of Epidemiology and Evidence-Based Medicine
Intended learning outcomes:
Define the role of epidemiology.
Evaluate the credibility of the evidence of individual types of descriptive and analytical studies
according to the hierarchy in medical research.
Contrast and explain the terms internal validity, external validity, and precision.
2) Association and causality
Intended learning outcomes:
Explain the principle of randomization.
Apply Bradford-Hill criteria to the results of an observational study.
3) Principles of epidemiology of infectious diseases
Intended learning outcomes:
Define and characterize basic concepts (epidemic, pandemic, epidemiological triangle, surveillance,
Differentiate between direct and indirect type of transmission and list relevant examples.
Explain the SIR (susceptible-infectious-removed) framework.
Calculate the potential necessary vaccine coverage for a given disease based on vaccine efficacy and
basic reproductive number.
4) Epidemiology of non-communicable diseases
Intended learning outcomes:
Describe trends in the occurrence of non-communicable diseases (cardiovascular, mental,
neurological, oncological diseases and diabetes mellitus).
List and explain the role of risk factors in the development of non-communicable diseases.
Propose effective measures to promote prevention of non-communicable diseases.
5) An introduction to social epidemiology and health inequalities
Intended learning outcomes:
Define what are social determinants of health using examples and describe multiple mechanisms by
which they influence individual and public health.
Understand ways of measuring inequalities (absolute vs. relative) and differences between disparity,
inequity, and inequality.
Explain the concept of natural experiment and quasi-experiment and describe how they may
contribute to establishing causal links in social epidemiology.
Debate how social determinants of health may influence quality of care and what clinicians can do to
limit their role.
6) Emerging and re-emerging infectious diseases
Intended learning outcomes:
Explain biological mechanisms for the emergence and re-emergence of infectious diseases.
Assess the risk of emerging and re-emerging infections, interpret trends in their occurrence and
identify risk factors for their occurrence and spread.
Specify social causes for the emergence and re-emergence of infectious diseases.
1) Parameters of disease occurrence and death
Intended learning outcomes:
Calculate a suitable indicator of the occurrence of a disease (chance, prevalence, risk, incidence rate,
attack rate) and death (mortality, case fatality rate).
Reflect on the appropriateness of using cumulative incidence and incidence rate on the example of
specific diseases.
Hypothesize a mechanism in the change of incidence / prevalence / mortality / case fatality rate.
2) Association parameters
Intended learning outcomes:
Calculate an appropriate relative (risk ratio, incidence rate ratio, odds ratio) or absolute (risk
difference, incidence rate difference, attributable risk, population attributable risk) indicator for the
association between a risk/protective factor and a disease.
Interpret the resulting association indicator in terms of its value and statistical significance.
3) Observational analytical studies
Intended learning outcomes:
Recognize the type of study and assess the strength of its evidence within the hierarchy.
Characterize main advantages and disadvantages of analytical studies.
Propose an appropriate analytical study design for a specific research question.
Calculate and interpret an appropriate indicator of association (relative risk, odds ratio).
4) Bias
Intended learning outcomes:
Determine individual types of bias (confounding, selection bias, information bias) and their effect on
the outcome of the study.
Contrast between a confounding factor, a mediator, and an effect modifier.
Apply various methods of eliminating confounding factors.
5) Journal Club
Intended learning outcomes:
Evaluate the overall quality, validity and precision of an observational study.
Interpret study results, including graphical displays (tables, graphs).
Recognize bias, its type and the direction, in which it distorts the results.
6) Evidence-based medicine I
Intended learning outcomes:
Formulate research and clinical questions using the PICO system.
Assess the overall quality, validity and precision of a randomized controlled trial.
Interpret result of a randomized controlled trial in terms of clinical and statistical significance.
Decide whether it is possible to apply result of a randomized controlled trial to a specific patient.
7) Evidence-based medicine II
Intended learning outcomes:
Assign a level of evidence (AD) for a study.
Evaluate validity of a systematic review (specificity of the question, search and selection strategy of
studies, evaluation of the risk of bias of primary studies).
Interpret a Forrest plot (value, precision, heterogeneity).
Assess the risk of publication bias in a systematic review / meta-analysis.
Last update: Brennan Kearns Pavla, doc. MUDr., Ph.D. (16.02.2024)
Přednášky:
1) Základy epidemiologie a medicíny založené na důkazech
Cíle učení:
Definovat úlohu epidemiologie.
Zhodnotit věrohodnost důkazu jednotlivých typů deskriptivních a analytických studií dle hierarchie v lékařském výzkumu
Kontrastovat a vysvětlit pojmy interní validita, externí validita a přesnost.
2) Asociace a kauzalita
Cíle učení:
Vysvětlit princip randomizace.
Aplikovat Bradford-Hillova kritéria na výsledky observační studie.
3) Principy epidemiologie infekčních nemocí
Cíle učení:
Vysvětlit proces šíření nákaz v populaci.
Definovat základní termíny a charakterizovat koncepty v epidemiologii infekčních nemocí (např. infekční dávka, kolektivní imunita, epidemie, pandemie, surveillance, reprodukční číslo).
Vyjmenovat základní epidemiologická opatření a uvést konkrétní příklady jejich praktického užití.
4) Úvod do sociální epidemiologie a do nerovností ve zdraví
Cíle učení:
Definovat sociální determinanty zdraví pomocí příkladů a popsat mechanismy, kterými ovlivňují zdraví jedince a společnosti.
Kontrastovat způsoby měření nerovností (absolutní vs. relativní) a rozdíly mezi disparitou, neprávem a nerovností.
Vysvětlit koncept přirozeného experimentu a kvaziexperimentem a popsat, jak mohou přispět k vytvoření příčinných vztahů v sociální epidemiologii.
Diskutovat o tom, jak sociální determinanty zdraví mohou ovlivnit kvalitu péče a co mohou lékaři udělat k omezení jejich vlivu.
5) Epidemiologie nepřenosných onemocnění
Cíle učení:
Popsat trendy ve výskytu neinfekčních onemocnění (kardiovaskulární, duševní, neurologická, onkologická onemocnění a diabetes mellitus)
Vysvětlit roli rizikových faktorů v rozvoji neinfekčních onemocnění.
Navrhnout účinná opatření k podpoře prevence neinfekčních onemocnění.
6) Vynořující se a znovu se objevující nákazy
Cíle učení:
Zhodnotit trendy ve výskytu vybraných nákaz (alimentárních, antropozoonóz, přenášených kapénkami, vektorem, biologickými materiály) v České republice.
Zhodnotit trendy ve výskytu nákaz, proti kterým se v České republice dlouhodobě očkuje.
Popsat charakteristiky vybraných závažných nákaz v České republice a uvést možnosti preventivních a represivních opatření.
Praktická cvičení:
1) Parametry výskytu nemocí a úmrtí
Cíle učení:
Vypočítat vhodný ukazatel výskytu nemoci (šance, prevalence, riziko, incidence rate, attack rate) a úmrtí (smrtnost, úmrtnost).
Reflektovat vhodnost použití kumulativní incidence a incidence rate na příkladu konkrétních nemocí.
Vytvořit hypotézu mechanismu při změně incidence / prevalence / úmrtnosti / smrtnosti.
2) Parametry asociace
Cíle učení:
Vypočítat vhodný relativní (podíl rizik, podíl měr incidencí, podíl šancí) nebo absolutní (rozdíl rizik, rozdíl měr incidencí, atributivní riziko, populační atributivní riziko) ukazatel asociace mezi rizikovým/ochranným faktorem a nemocí.
Interpretovat výsledný ukazatel asociace z hlediska jeho hodnoty a statistické významnosti.
3) Observační analytické studie
Cíle učení:
Rozpoznat typ studie a analyzovat sílu jejího důkazu v rámci hierarchie.
Charakterizovat hlavní výhody a nevýhody analytických studií.
Navrhnout vhodný design analytické studie pro konkrétní výzkumnou otázku.
Vypočítat a interpretovat vhodný ukazatel asociace pro analytickou studii (relativní riziko, podíl šancí).
4) Zkreslení
Cíle učení:
Určit jednotlivé druhy zkreslení (zavádějící faktor, výběrové zkreslení, informační zkreslení) a jejich vliv na výsledek studie.
Kontrastovat mezi zavádějícím faktorem, mediátorem a modifikátorem účinku.
Aplikovat různé metody eliminace zavádějících faktorů.
5) Journal Club
Cíle učení:
Zhodnotit celkovou kvalitu, validitu a preciznost observační studie.
Interpretovat výsledky studie včetně grafických zobrazení (tabulky, grafy).
Rozpoznat bias, jeho druh a směr, jakým zkresluje výsledky.
6) Medicína založená na důkazech I
Cíle učení:
Formulovat výzkumné a klinické otázky s použitím systému PICO.
Zhodnotit celkovou kvalitu, validitu a preciznost randomizované kontrolované studie.
Interpretovat výsledek randomizované kontrolované studie z hlediska klinické a statistické významnosti.
Rozhodnout, zda je možné aplikovat výsledek randomizované kontrolované studie na konkrétního pacienta.
