Last update: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (26.04.2023)
Facultative exercise for the lecture NBCM160-Classical and quantum statistical physics of molecules. Suitable for
students of Biophysics and Chemical Physics..
Last update: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (26.04.2023)
Nepovinné cvičení rozšiřující témata přednášky NBCM160-Klasická a kvantová statistická fyzika molekul. Vhodné
pro studenty NMgr.směru FBCHF.
Aim of the course -
Last update: doc. Mgr. František Šanda, Ph.D. (26.04.2023)
Consolidation of basic concepts of classical and quantum statistical physics through exercises and practical examples of molecular modeling.
Last update: doc. Mgr. František Šanda, Ph.D. (26.04.2023)
Upevnění základních pojmů klasické a kvantové statistiky cvičením a praktické příklady molekulárního modelování
Course completion requirements -
Last update: doc. Mgr. František Šanda, Ph.D. (26.04.2023)
Conditions for obtaining credit:
1. 2/3 participation in exercises.
2. 60 percent of homework completed.
Last update: doc. Mgr. František Šanda, Ph.D. (26.04.2023)
Kontrola studia předmětu je prováděna zápočtem.
Podmínky pro získání zápočtu:
1. 2/3 účast na cvičeních.
2. Vypracovat 60 procent úkolů.
Literature -
Last update: doc. Mgr. František Šanda, Ph.D. (26.04.2023)
Tuckerman, Mark. Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation, OUP Oxford, 2010.
Materials Studio modeling environment, Accelrys, San Diego 2023, pdf verze.
Last update: doc. Mgr. František Šanda, Ph.D. (26.04.2023)
Central concepts of quantum statistics: density matrix (Wigner density, Bloch vector), quantum statistical distributions.
Evolution of quantum statistical systems: Liouville, quantum master and Bloch equations. Spectra of a simple molecule in electromagnetic field.
Central concepts of classical statistics: A priori probabilities, Liouville theorem, microcanonical and canonical ensemble,
partition function for ideal gas and harmonic oscillator, calculation of thermodynamic potentials.
Examples of molecular modeling: Parametrization of force fields, Monte Carlo passage through the phase-configuration space without and with the use of the Metropolis criterion.
Molecular dynamics and selction of parameters for calculations in the Materials Studio environment.
Last update: doc. Mgr. František Šanda, Ph.D. (26.04.2023)
Evoluce kvantových systémů: Liouvilleova, kvantové řídicí a Blochovy rovnice. Spektra jednoduché molekuly v elektomagnetickém poli.
Centrální pojmy klasické statistiky: Apriorní pravděpodobnosti, Liouvillův teorém, mikrokanonický a kanonický statistický soubor,
rozdělovací funkce pro ideální plyn a harmonický oscilátor, vyčíslení termodynamických potenciálů.
Příklady molekulárního modelování:Parametrizace silových polí, Monte Carlo průchod fázovým-konfiguračním prostorem bez a s využitím Metropolisova kritéria.
Molekulární dynamika a volby typů a parametrů pro výpočty v prostředí Materials Studio.