Diverzita a taxonomie rodu Trichoderma v České republice

• Thesis title in Czech: Diverzita a taxonomie rodu Trichoderma v České republice
• Thesis title in English: Diversity and taxonomy of Trichoderma in the Czech Republic
• Key words: druhová diverzita, mikroskopické houby, Hypocrea, Ascomycota
• English key words: species diversity, microscopic fungi, Hypocrea, Ascomycota
• Academic year of topic announcement: 2010/2011
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Botany (31-120)
• Supervisor: RNDr. Alena Kubátová, CSc.
• Author: hidden - assigned by the advisor
• Date of registration: 12.11.2010
• Date of assignment: 12.11.2010
• Date of electronic submission: 14.08.2013
• Date of proceeded defence: 11.09.2013
• Opponents: RNDr. Alena Nováková, CSc.
• Advisors: doc. Mgr. Ondřej Koukol, Ph.D.

Preliminary scope of work

Trichoderma je rod mikroskopických hub (Ascomycota, Hypocreales, teleomorfa Hypocrea) vyskytující se v přírodě běžně na opadu a v půdě. Zahrnuje ale také druhy ekonomicky významné (využití enzymů, ochrana před houbovými patogeny, oportunní patogen člověka, destruent v pěstírnách hub). Jde o taxonomicky obtížný rod. V uplynulých 2 dekádách byl rod intenzívně studován na molekulární úrovni, byly popsány nové druhy, takže v současné době je známo více než 100 druhů. Vzhledem k existenci homoplázie morfologických znaků je však dnes identifikace na základě morfologických znaků u většiny druhů nedostačující. Na našem území bylo zatím zjištěno jen 19 druhů rodu Trichoderma (většinou jen na základě morf. znaků).
Cíl práce: Přispět k prozkoumání druhové diverzity rodu Trichoderma na území České republiky, a to kombinací studia fenotypu a genotypu izolátů, a autekologie.
Materiál a metodické přístupy: Výchozím materiálem bude cca 250 izolátů rodu Trichoderma pocházejících z lokalit v ČR a izolovaných v letech 1988-2010. Studium fenotypových znaků (např. větvení konidioforů, tvar, velikost, ornamentace a pigmentace konidií, fyziologické nároky) s cílem rozřadit izoláty do morfotypů. Molekulární metody: UP-PCR fingerprinting pro základní rozdělení izolátů do skupin. Izolace DNA (ITS rDNA, tef1alpha, LSU rDNA, rpb2 a cal1, případně chit18-5). Analýza sekvencí pomocí identifikačních programů TrichOKEY a TrichoBLAST. Fylogenetické analýzy.
Výchozí literatura:
Druzhinina I. S., Kopchinskiy A. G. (2004-2008): Hypocrea/Trichoderma Biodiversity, International Subcomission on Trichoderma and Hypocrea Taxonomy. http://isth.info/biodiversity/index.php.
Druzhinina I. S., Kopchinskiy A. G., Kubicek C. A. (2006): The first 100 Trichoderma species characterized by molecular data. - Mycoscience 47: 55-64.
Jaklitsch W. M. (2009): European species of Hypocrea, Part 1: The green-spored species. ? Studies in Mycology 63: 1-91.
Samuels, G. J. (2006): Trichoderma: Systematics, the sexual state, and ecology. - Phytopathology 96: 195-206.