hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
Date of registration:
05.11.2024
Date of assignment:
11.11.2024
Confirmed by Study dept. on:
03.12.2024
Preliminary scope of work
Diplomová práce se bude zabývat rolí proteinu cGAS při infekci a pseudoinfekci lidským polyomavirem BK. Práce je rozdělena na tři cíle: 1) připravit experimentální systém pro studium lidského proteinu cGAS (cGAS-EGFP na pozorování lokalizace cGAS na živých buňkách v různých stádiích infekce BKPyV a cGAS-Bioease tag pro izolaci interakčních partnerů cGAS), 2) identifikovat jak jaderné, tak cytoplasmatické interakční partnery lidského cGAS během infekce BKPyV a 3) připravit pseudoviriony složené ze strukturních proteinů VP1, VP2 a VP3 BKPyV pomocí bakulovirového expresního systému pro následnou analýzu aktivity dráhy cGAS-STING (produkce cGAMP, fosforylace STING, fosforylace IRF3, exprese interferonu beta a interferonem stimulovaných genů) během pseudoinfekce.
Preliminary scope of work in English
The master‘s thesis will focus on the role of the cGAS protein in infection and pseudoinfection with human polyomavirus BK. The work is divided into three goals: 1) to prepare an experimental system for the study of the human cGAS protein (cGAS-EGFP conctruct for the localization of cGAS in life cells during various stages of BKPyV infection and cGAS-Bioease tag conctruct for the pull-down of cGAS interaction partners), 2) to identify both nuclear and cytoplasmic interaction partners of human cGAS during BKPyV infection and 3) to prepare pseudovirions composed of structural proteins VP1,VP2 and VP3 of BKPyV, using baculovirus expression system to analyze the activity of the cGAS-STING pathway (cGAMP production, STING phosphorylation, IRF3 phosphorylation, interferon beta and interferon-stimulated gene expression) during pseudoinfection.
- assigned and confirmed by the Study Dept.