Cα a Cβ zhrubené modely pro studium struktury funkčních materiálů založených na peptidech
| Thesis title in Czech: | Cα a Cβ zhrubené modely pro studium struktury funkčních materiálů založených na peptidech |
|---|---|
| Thesis title in English: | Cα and Cβ based coarse-grained models for study of structures of peptide-based functional materials |
| Key words: | zhrubený model, struktura molekul, interakční potenciál |
| English key words: | coarse-grained model, molecular structure, interaction potential |
| Academic year of topic announcement: | 2024/2025 |
| Thesis type: | Bachelor's thesis |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Department of Physical and Macromolecular Chemistry (31-260) |
| Supervisor: | Ing. Lucie Nová, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 31.10.2024 |
| Date of assignment: | 31.10.2024 |
| Confirmed by Study dept. on: | 04.11.2024 |
| Date of electronic submission: | 15.05.2025 |
| Date of proceeded defence: | 05.06.2025 |
| Opponents: | Pablo Miguel Blanco Andrés, Ph.D. |
| Advisors: | prof. RNDr. Filip Uhlík, Ph.D. |
| Award: | Thesis was put forward for an award |
| Preliminary scope of work |
| Funkční materiály založené na peptidech nacházejí uplatnění například v medicíně při cílené dopravě a kontrolovaném uvolňování léčiv. Struktura těchto materiálů určuje jejich funkci, proto je zásadní této struktuře nejen porozumnět, ale umět ji i předpovědět. Pro tyto účely je vhodné molekulové modelování- molekulová dynamika. Modelování peptidických materiálů v atomistickém rozlišení je velmi výpočetně náročné, a proto často využíváme zjednodušené (zhrubené) modely. Náplní této práce je vývoj zhrubených (coarse-grained) modelů pro studium strukury funkčních materiálů založených na peptidech. Tyto modely budou založeny na interakcích mezi Cα nebo Cβ uhlíky peptidů. Student/ka bude na základě zákonitostí chování polymerních řetězců a s využitím známých dat o struktuře peptidů a proteinů vytvářet své vlastní silové pole skládající se z nevazebných a vazebných (úhlových a dihedrálních) potenciálů. Tuto první aproximaci silového pole bude dále zpřesňovat pomocí iterativní Boltzmannovy inverze. Výhodou je chuť samostatně programovat/kódovat. |