Populačně genomická analýza adaptace v rodu Arabidopsis promocí nových sekvenačních metod
Thesis title in Czech: | Populačně genomická analýza adaptace v rodu Arabidopsis promocí nových sekvenačních metod |
---|---|
Thesis title in English: | Population genomic analysis of adaptation in wild Arabidopsis |
Academic year of topic announcement: | 2021/2022 |
Thesis type: | diploma thesis |
Thesis language: | čeština |
Department: | Department of Botany (31-120) |
Supervisor: | RNDr. Filip Kolář, Ph.D. |
Author: |
Preliminary scope of work |
Adaptace je jedním ze základních procesů, kterým se organizmy přizpůsobují rychle se měnícímu prostředí. Rychlýpokrok v nových sekvenačních metodáchotevřel zcela nové směry výzkumu genetické podstaty adaptace, který má široké uplatnění v ochraně přírody nebo šlechtění nových plodin. Rostliny jsou obzvláště vhodnými modely, protože výsledky z přírodních populacíje možné dáletestovat pomocí cílených kultivačních exeprimenrtů. Cílem práce bude odhalit genetickou podstatu adaptace klíčového rostlinného modelu Arabidopsis k výzvám prostředí. Arabidopsis arenosa, běžný obyvatel evropských skal a stepí, je obzvláště vhodný s ohledem na vysokou genetickou, ekologickou i morfologickou diverzitu i blízkost ke geneticky dobře prozkoumanému A. thaliana. Naše výzkumná skupina (https://botany.natur.cuni.cz/ecolgen/) shromáždila bezprecedentní dataset ~1000 sekvencí genomů z přírodních populací Arabidopsis a několik desítek genome assemblies, které mohou být k práci využity. Naší laboratoří je divoká příroda, v rámci práce je možné (ne však nutné) se zapojit i do terénních výzkumů. Během řešení práce získá uchazeč zkušenosti se state-of-the art analýzou genetické variabilitynapříč celým genomem, novými populačně genomickými a statistickými přístupy a jejich integrací s experimentálními daty. Tyto zkušenosti budou využitelné nejen pro základní výzkum v rámcipřípadnéhoPhD studia, ale např. i v biotechnologických nebo medicínských aplikacích. |