Dizertační práce se bude věnovat problematice druhového vymezení u lišejníků, především u makrolišejníků poměrně běžnému fenoménu rozporu fenotypu lišejníku a evoluce genů mykobiontů. Jako modelový příklad budou využívány červenoplodé dutohlávky (roc Cladonia, clade Erythrocarpae). Jedná se o skupinu, která má celosvětové rozšíření a v Evropě se vyskytuje 15 druhů. K řešení práce budou využity moderní fylogenomické metody (především metoda genome skimming). Dizertační práce má za cíl zodpovědět následující otázky: 1) Jaké jsou příbuzenské vztahy mezi druhy červenoplodých dutohlávek? 2) Jak je možné tyto druhy vymezit? 3) Jaké faktory určují fenotyp u této skupiny makrolišejníků? 4) Jaké faktory hrají roli v evoluci těchto druhů?